名列第60名和59名，保持西部地区第10名的位置。
　　自然科学中的理学：西南大学理学在《中国大学评价》编制的2008、2009年中国理学100强排名中分别名列第33名和27名，列西部地区第四名，西南大学的理学尤以生物（生命科学）和化学为强势，全国前列。
　　自然科学中的农学：西南大学农学在《中国大学评价》编制的2007年、2008、2009年中国农学30强排名中分别名列第11名、11名和14名。西南大学农学连续数年列全国第10名左右，西部地区第2名。西南大学的农学居西南地区榜首位置，是西部地区和西南地区最优秀的农科院校之一，西南大学的农学尤以蚕桑学等为强势，无论是民间机构排名还是教育部的学科评估排名，西南大学蚕学（特种经济动物饲养）均居全国第一名，世界领先。
　　自然科学中的工学：该校在《中国大学评价》编制的2009年中国大学工学100强排名中名列第94名。