科研究所。除了文、法、理科研究所外，清华尚有特种研究所。特种研究所是清华利用庚款基金利息单独举办的，包括农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所。农业研究所成立于民国二十三年，航空研究所于二十五年设于南昌。无线电、金属研究所则于二十六年筹办于长沙。抗战后，农业、航空、无线电研究所也先后辗转迁滇，并在昆明正式成立金属研究所，又与社会部合作，成立国情普查研究所。除了航空研究所设于白龙潭外，其它四个研究所均设在大普吉。二十八年，政府宣布庚款暂行停付，清华之特种研究所仍设法在昆明继续维持。三十二年五月，废除不平等条约，庚子赔款止付，自此清华经费改由国库拨给。特种研究所亦仍在昆明继续工作。随着抗战胜利，清华复员北上，五个研究所相继结束了它们的工作，其设备、人力等均分别并入有关各系。

国立清华大学夜景

民国三十四年八月，日本无条件投降，西南联大暂时仍在昆明继续课业。三校复员工作开始筹备。十一月，梅校长飞返北平，接收清华园校舍。日军占领下之清华园，因以校舍供作军营，八年蹂躏，面目全非，需大事修缮得以复校。翌年，五月四日西南联大结束，特在昆明立碑以纪念三校在抗战八年中的艰苦合作。而联大师范学院则改为国立昆明师范学院。三校分别复员，清华园修葺整理，颇费周章，于十月十日才恢复上课。 　　三十七年冬，清华还在上课，解放军突由南口进至北平西郊，与国军战于学校墙外。不久国军退守城内，处在郊外的清华园，于是落入解放军的势力范围。梅校长适于前一日因公入城，当时城郊交通断绝，校长只可留在城内，校政暂由校务委员会主持。政府眼见局势日非，于是派遣专机迎接梅校长去南京。次年，梅校长先赴欧，后往美纽约与中华教育文化基金董事会会商清华基金保管及运用事宜。自“民国四十年”开始以清华基金利息协助在美学人研究，并以学术书刊仪器赠送台湾专科以上学校。 　　民国四十四年，“中美合作研究原子能和平用途协定”正式签字，“政府”决定设立原子科学研究机构，发展原子科学之研究，乃电召梅贻琦校长返国筹议。并于同年十二月，由“行政院”组设清华大学研究院筹备委员会，以“教育部长”张其昀，清华大学校长梅贻琦，“国防”、“外交”、财政、经济四部代表，暨蒋梦麟、浦薛凤、钱昌祚，陈雪屏、钱思亮、金开英、洪绅诸先生为委员。 　　决定：（一）校址设于新竹赤土崎。 　　（二）先设原子科学研究所，招收研究生。 　　（三）开办费及建筑费请政府核发，图书仪器费由清华基金支付。 　　翌年一月，即在台北成立筹备处，以陈可忠为主任；清华在台复校工作由此开始。名为复校，实为建校，因为除了梅校长本人外，并无一物自北平搬来。择地、建屋、购置图书仪器、装配实验室，一切都得从头做起，历尽艰辛。 　　清华复校的校址设于新竹，是由中国石油公司所拨让的新竹市赤土崎土地约四十二甲，连同新竹县政府赠送土地约三十四甲，又陆续收购民地，总校址面积达八十六甲有奇，约合一千三百市亩。接收之后，即着手兴建校舍，其建筑先后依次为办公大楼及东院教授宿舍、天然气柜、物理馆、新南院教授宿舍、单身教授宿舍、反应器馆、核工馆、科仪馆。建设校舍之同时，亦着手准备招生授课。四十五年九月，即招考原子科学研究所首届研究生，录取廿一人，先假台湾大学上课。课程为二年制，毕业授理学硕士学位。次年，首批校舍（办公室、教授住宅及职员、学生宿舍）完工，秋季即开始在新竹上课。 　　在筹备仪器设备方面，梅校长于民国四十五年赴美洽聘教授的同时，亦洽订原子反应器及订购仪器，并洽拨基金年息。同年，向美国订购范氏加速器，于四十七年七月开始安装，次年春安装完成。当时原子科学研究所最重要的设备为清华开池反应器，于五十年四月十三日达到临界。这座反应器系于四十七年三月和美国奇异公司签约，“四十七年”冬开始兴建，五十年十二月二日在台北举行正式落成典礼，共耗资美金一百零五万元。值得一提是此项水池式反应器（俗称原子炉）土木工程由华泰建筑师张昌华设计，装置工程乃由清华自行设计施工，机件装置时，由中国石油公司、台湾电力公司、台FW铝业公司分别派员操作，并得经济部联合工业研究所之协助，为国内工业界与学术界首次密切合作之成果。对于原子炉之兴建，梅校长不遗余力，所以梅校长于五十一年五月十九日病逝于台大医院后；为纪念梅校长，特命名反应器实验馆为「梅贻琦纪念馆」 。 　　整体而言，新竹清华是起自原子科学研究所一所，而后慢慢滋长扩展，逐渐成为理工大学，进而进入人文科学园地，成为较为完整之大学。因此在发展上，除了原科所外，民国五十一年夏，因鉴于数学之重要性与日俱增，国内大专学校师资至为缺乏，为培植数学研究人材，充实大专数学师资，并加强原子科学研究之数学课程，增设了数学研究所，于五十二年春季招考第一届研究生。五十三年，恢复大学部，先设置核子工程及数学两系，参加联合招生。五十四年，增设物理学系，五十五年又增设化学系。同年七月，成立物理研究所，隔年设立博士班。五十七年成立化学研究所，招收第一届研究生。后犹继续成立各种所系，并将原有所系分设三学院，即理学院、工学院、原子科学院。自“七十三学年”度起更增设人文社会学院，将六十九年设的中国语文学系与七十一年设的外国语文学系纳入，并成立经济系。翌年，增设历史研究所硕士班，为清华人文社会学院的第一个研究所。清华历史研究所是以中国思想史为教学研究之重心，同时配合清华理工科之特色，亦注重科技史之研究。八十一年七月，增设生命科学院，将生命科学系、生命科学研究所及生物医学研究所隶属之。八十六年二月成立教育学程中心，提供中小学师资之职前教育课程。八十七年二月，增设电机资讯学院，将资讯工程学系、电机工程学系、电子工程研究所改隶电资院。 　　九十年八月，增设天文研究所硕士班、资讯系统与应用研究所硕士班。九十一年八月，增设微机电系统工程研究所硕、博士班、台湾文学研究所硕士班，人文社会学士学位学程，生命科学院调整为生命科学系、分子与细胞生物研究所硕、博士班、分子医学研究所硕、博士班、生物资讯与结构生物研究所硕、博士班、生物科技研究所硕、博士班。九十二年八月，资讯工程学系学士班新增第3班、物理系学士班增设光电物理组、成立光电工程研究所硕、博士班及工业工程与工程管理硕士在职专班。九十三年八月，成立经济学系博士班及社会学研究所博士班。九十四年，本校获教育部补助「迈向顶尖大学计画」前两年每年新台币10亿元；二月，电机资讯学院产业研发硕士积体电路设计专班成立，八月，宜兰园区筹备处成立；增设资讯系统与应用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工学院产业研发硕士光电科技专班；经济学系由人文社会学院改至科技管理学院。九十五年六月，材料科学中心与奈米微系统中心合并为奈微与材料科技中心；八月，原子科学系更名为生医工程与环境科学系，成立台湾研究教师在职进修硕士学位班、理学院学士班、科管院学士班。九十六年八月，微机电系统工程研究所更名为奈米工程与微系统研究所，成立核子工程与科学研究所、国际专业管理硕士班、工学院院招生、人文社会学院院招生；增设计量财务金融学系硕士班、科技管理研究所硕士在职专班。九十七年二月，本校获教育部补助「迈向顶尖大学计画」后三年每年新台币12亿元。现本校设有七个学院，十七个学系、二个学士学位学程、二十一个独立研究所及四个在职专班。 　　清华大学还有一项值得讲述的特色，是民国五十八年与国立交通大学联合举办的「梅竹锦标对抗赛」（包括球类比赛、接力、拔河、棋桥、中英文演讲及辩论等项目） 。梅竹锦标赛，系分别纪念清华与交大有卓越贡献之清华前校长梅贻琦先生与交大前校长凌竹铭先生，『梅』代表清华大学，『竹』代表交通大学，以梅竹冰清高洁，并立于岁暮严寒，代表两校友谊永固及合作无间，克服困难之精神。多