迫停课。
经过一阵惊心动魄的革命，清帝宣统于西元一九一二年三月三十日退位，中华民国建立。民国成立之后，将「清华学堂」改名为「清华学校」，于五月一日重行开课，并裁撤「游美学务处」，使之隶属外交部。任命唐国安为清华学校第一任校长，周诒春为教务长。十月，任命周诒春为副校长。清华学校为将来扩充规模起见，在民国二年春请政府将毗连校西之「近春园」（俗称四爷园，为道光帝赐第四子咸丰帝奕之赐园）并入校址。近春园西隅有「长春园」，旧名水磨村等邻近地亩，亦并入。清华之有充裕经费，又得景致悠美的园林以为校园，学习环境得天独厚。非但如此，清华学校对学生的要求较当时之其他学校深具特色。譬如：希望学生有强健的体魄，所以对于学生体育特别重视。除平日积极提倡外，当学生毕业前，必须通过最低标准之五项运动（游泳、百码、跳高、跳远、掷铁球），如有任何一项不及格，扣发毕业文凭，取消出洋资格。值得一提的是，民国二年二月曾派选手参加在菲律宾马尼拉举行之第一届远东运动会，开我国学校参加国际竞技之先河。另外，学校亦不时请名人学者来校讲演，像民国三年冬，梁启超先生来校演讲，以「君子」为题。其引述易经中之「天行健，君子以自强不息」及「地势坤，君子以厚德载物」勉励同学，学校遂将「自强不息、厚德载物」采为校训。
民国二年三月初，唐国安校长病逝校内寓邸。外交部令周诒春继任校长。周校长任内，因财政比较宽裕，故对外设法扩充留美学额；对内一面增加在校学生数目，一面添置设备与建筑。而自民国三年起，更间年选派专科女生十名（有时不足额）留美，由公开考试决定。民国七年一月四日周校长以力微任重，劳顿成疾，恳请辞职，外交部批准。
自周诒春校长辞职以后，清华校长之人选几经更迭。起先外交部派张煜全为校长。张因体弱多病，终日与药瓶为伍，学生大为不满。民国八年元月张煜全校长以学风（上年十二月廿三日学生会开成立大会，张加以干涉，发生风潮，至于罢课。）理由辞职获准。外交部继派罗忠诒继任，但同学对罗表示拒绝，致未能到校而请辞；因当时无人被允任为清华校长，故董事会选其主席严鹤龄为代理校长。同年八月，外交部派金邦正为清华校长；金邦正校长在民国十一年向外交部辞职。四月，部令派曹云祥为代理校长，十月六日，曹云祥正式署理校长，在任约六年。曹校长任内，清华的学术规模有了巨大之突破。如在民国十四年春成立国学研究所，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任、李济诸先生为导师。同时，也开始招收大学部学生，分文、理、法三院，并附设研究所。设立大学部之目的，在于由国内造就国家需要之人才，而不仅是为出国留学作预备。且考虑到退还庚款有限期，恐日后难以为继。略带一提，在民国十六年由汪鸾翔（字巩庵）撰词，何林一夫人作曲，清华始有中文校歌。
国立清华大学
民国十七年曹校长辞职获准。严鹤龄再度被任命为代理校长，于一月十四日到职，四月请辞。外交部派温应星继任校长，仅二月，因北伐成功，北京政府消灭，温亦离职。八月，国民政府改「清华学校」为「国立清华大学」，任命孙科为校长，孙不就，改任罗家伦为校长。罗校长于九月十八日就职，对校内组织，多所改易。当国民政府统一北方时，原属外交部之清华董事会因之消灭，而清华之隶属问题又起，大学院欲收归辖下，但外交部则借口外交关系不肯放手，终由二机关会辖，另由二单位合组一董事会治理。董事会之存在一直为人所诟病，主要是因为清华之整体发展常因董事会之权限过大而处处受阻。所以民国十八年四月三十日，国民政府行政院议决，将清华基金经整理后，改由「中华教育文化基金董事会」管理。 「清华校务及游美学务基金保管委员会」在南京开会通过上项议决案。民国十九年五月，清华学生对罗校长有不满表示，罗亦以学风为理由而辞职。罗氏离校后，清华校长虚悬达十一月之久，其间校务由校务会议维持。另一方面，董事会问题因罗校长的努力，终使大学院及外交部合派之董事会撤销，清华遂直隶于教育部。
之后，于民国二十年三月十七日国民政府任命吴南轩为校长，四月十六日就职。又因与师生不合，而于六月二十五日离开北平。教育部在清华师生的压力下，委派翁文灏教授代理校务。翁文灏于七月起开始代理校务，但于九月中旬即辞去代理兼职，教授会与学生会开会挽留无效。最后，由于范源濂的极力推荐，中央决定派梅贻琦为校长。梅贻琦校长终能获得清华师生的充分支持，一直续任至一九四八年底才离开。一九五五年在新竹复校后，又继任校长，直到一九六二年五月病逝为止，前后共三十一年之久。
民国二十六年七月七日芦沟桥事变，抗日战争爆发，未几平津沦陷。八月，清华大学奉令与北京大学、南开大学在长沙合组「国立长沙临时大学」，任命蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓三校长为临大校务委员会常务委员，共维校务。十月十日，临大正式开课，校址设长沙小吴门外韭菜园圣经书院，理工学院在长沙对岸岳麓山岳麓书院上课，文学院在衡山上课。但是，战况吃紧，容不下一张书桌。二十七年一月，上海战事恶化，南京沦陷，政府迁都重庆，不得已只得再将临大迁往云南昆明。第一学期结束后，除器材书籍，已陆续分批运往昆明外。全校师生，分海陆两途入滇：（一）海线：自长沙乘粤汉铁路至广州，以广州珠江对岸之岭南大学为招待站，然后分批自广州乘船至香港，由港乘轮至安南之海防，再自海防乘滇越铁路，分三日抵达昆明。 （二）陆路：组织「湘黔滇旅行团」，由政府派陆军中将黄师岳担任团长，率领师生三百余人，于二月十九日自长沙出发。由长沙至益阳系搭船，再由益阳步行经过湘西抵达沅陵。由沅陵至晃县系乘卡车，乘卡车是顾及当时湘西局势不靖，为师生安全起见，有必要快速通过。嗣后穿越云贵高原，直达昆明，完全步行。于四月廿八日平安抵达，沿途历时六十八日。临时大学迁滇之后，即奉令改名「国立西南联合大学」。
西南联大的领导体制和行政组织系统是沿袭长沙临大原有的体系，并遵照国民政府在民国二十七年颁发的《大学组织法》之规定施行的。常务委员会为学校最高权力机构，以清华梅贻琦校长任常务委员会主席。三校校长中，北大校长蒋梦麟和南开校长张伯苓同时在重庆任职，所以较少来校，而清华校长梅贻琦常驻昆明，是实际掌理校务者。
民国二十七年五月一日联大在昆明、蒙自两地开课。文、法商两学院在蒙自上课，理、工学院在昆明上课。理学院租借西门外昆华农业学校为校舍，工学院租借拓东路迤西会馆、江西会馆、全蜀会馆，总办事处设在城内崇仁街，同时在城西三分寺附近购地一百二十余亩建筑校舍。一学期后，文、法商学院迁回昆明，租借昆华工业学校为校舍。新设的师范学院（民国二十七年十二月十二日成立）租借昆华中学为校舍，总办公室迁至才盛巷二号，继而迁至昆华工业学校。民国二十八年春校舍落成，总办公室及文、理、法商学院集中至新校舍。二十九年日军侵入越南，重庆政府欲联大迁往四川，而联大只在四川叙永暂设分校。一年级新生及先修生在叙永上课，校本部仍留昆明不动。次年夏，局势趋向稳定，叙永分校便告结束，学生六百余人迁返昆明上课。
在
教学条件上，远较战前清华为差。由于战事影响，大部分仪器设备未能迁出，沦于敌手，迁出的部分贵重图书亦在北碚毁于日机之轰炸。此一时期，不仅仪器设备差，图书亦十分缺乏，学生阅读的指定参考书或者没有，或者只有很少几本，学生要上图书馆排长队挤借，形成“抢”风，馆门屡次被挤破。因抢借参考书或过期不还而被记过的学生，占联大受校纪处分的学生的大多数。这种现象在教育史上应是难得一见的吧！而清华研究院方面，在抗战爆发后曾一度停办。二十八年度开始恢复文
科研究所。二十九年起，先后恢复法
科研究所与理
