年 85岁
　　2月，中国科学院地理研究所与中国地理学会为庆贺黄秉维85华诞举行“黄秉维先生学术思想研讨会”。国务委员宋健、中国科学院院长路甬祥、国际地理联合会主席B. 麦斯里教授、秘书长、司库爱勒斯教授等发来了贺电和贺信。
　　5月，钱正英、张光斗致函黄秉维，建议将中国水资源短缺问题立项研究。同月，出席由钱正英主持的该项目立项研讨会。
　　6月，就陆地系统综合研究问题，参加在北京师范大学召开的973项目论证讨论会。
　　9月，因病住院手术。
　　11月，就开展自然区划研究和热带界线问题，率员赴广州调研。
　　本年，参加香山会议第89次学术讨论会，作“关于西部农业发展”的发言。
　　在《科学》上发表《地理学与跨学科的综合研究》。
　　年底，因病住北京温泉胸科医院治疗。
　　1999年 86岁
　　4月，受聘为《中华地理通志》顾问。
　　8月，参加钱正英主持的水土保持讨论会。
　　9月，参加水利部召开的水土保持讨论会。
　　因眼疾住院治疗。
　　11月，中国地理学会第八次全国会员代表大会在北京召开，黄秉维再次当选为名誉理事长。
　　本年，与郑度共同倡议并提出“加快黄土高原水土保持”项目的建议，在国家水利部正式立项。
　　《陆地系统科学与地理综合研究——黄秉维院士学术思想研讨会文集》出版。
　　2000年 87岁
　　2月，中央电视台《东方家园》栏目播放《二十世纪著名地理学家——大地之子黄秉维》。
　　同意为百名“院士丛书”写一本科普书，并审阅提纲。
　　5月，在钱正英主持的“西部大开发与水资源座谈会”上，作了题为《加强基础研究，正确估价森林的作用》的发言。该发言稿编为给中央的简报。
　　7月，会见应郑度邀请来访的美国生态区划专家贝利(R.Bailey)教授。
　　9月，中国科学院地理科学与资源研究所第一届学术委员会成立，黄秉维当选为科学顾问。
　　9月30日 生病。
　　10月 1日 病重，于凌晨3点住进北京大学第一附属医院。
　　12月8日 医治无效于11时48分辞世，享年87岁。
　　12月16日 9时在八宝山革命烈士公墓举行黄秉维遗体告别仪式；中华人民共和国政治协商会议全国委员会副主席钱正英等400多人前来吊唁，国内外250多个单位和个人发来唁电、唁函。