路军驻重庆办事处找林柏渠同志要求去延安，林伯渠同志为他做好了一切安排，由于突发意外事件未能成行。后来，得知延安正开展大生产运动，他认为这正是他从事的农业科学研究为延安做贡献的时候。他立即将多年搜集的小麦品种，又经过整理、鉴定选出最好的品种，包装好送到《新华日报》社，请转交延安。半个月后，邓颖超同志告诉金善宝：“延安收到了你送去的种子，同志们感谢您。”
　　1946年3月，金善宝随中央大学迁回南京，继任教授。1948年解放战争期间，大江南北形势动乱，台湾台中农学院聘他去任教，他断然拒绝，而应荣毅仁先生之聘赴无锡江南大学农学院任农艺系教授兼主任。
　　1949年4月南京解放，7月他应邀来北京出席周总理主持召开的自然科学工作者座谈会。会后，国务院组织与会的40多位代表前往东北三省参观。正当在哈尔滨参观时，《人民日报》发表公报，国务院任命金善宝教授为南京大学农学院院长。1950年11月，国务院又任命他兼华东军政委员会农林部副部长。1952年，国务院又任命他兼南京市副市长。
　　金善宝受到党和政府的信赖，社会工作重任在身，工作十分繁忙，但他坚持小麦科研工作，从未放松。我国是世界小麦起源的中心之一，种植小麦的历史已有四五千年，而且种植面积之广，可以说无处不有，小麦生产在农业生产和人民生活中具有极其重要的位置。他认为要改变我国小麦科研和生产的落后面貌，首先要摸清种植在千差万别的生态小环境中的地方小麦品种，然后根据其优劣点和实地小麦生产特点，有目的的改良品种，推广应用到生产中去。金善宝和同事们跋山涉水，历尽千辛万苦，从全国各地搜集到小麦地方品种5544份。经过经济性状观察、鉴定、形态分类和生态分类研究，他们把这些品种分为普通小麦、密穗小麦、圆锥小麦、硬粒小麦和云南小麦五个种，其中云南小麦被定为一个新种。这对进一步研究中国小麦的起源、进化与分布具有重要意义，也是对世界小麦研究的一个贡献。云南小麦目前已定名的变种有16个，最先定名的6个变种皆是由金善宝所鉴定和定名。我国种植的小麦品种，主要属于普通小麦种，其下已定名的变种有100个，其中有22个变种是金善宝定名。
　　1952年，中央大学农学院与金陵大学农学院合并成立南京农学院，金善宝任院长。1955年他被选聘为中国科学院学部委员（院士）。1956年2月12日，金善宝光荣地加入了中国共产党。1957年3月1日，中国农业科学院成立，丁颖任院长，金善宝任副院长。1964年10月丁颖院长逝世，金善宝接任院长职务至1982年末退居二线，后被国务院任命为名誉院长。金善宝一生潜心于小麦科学研究，为我国的农业生产做出了巨大贡献。他根据我国幅员辽阔，地跨热带、温带和寒带的优越自然条件，提出小麦异地加代繁育的设想。他和助手们经过五年努力实验，取得了成功。一年可繁育三代，把春小麦新品种选育的时间从十年左右缩短到三四年，成为我国小麦育种工作的一个里程碑。“南繁北育”成为农业科技界广泛应用的术语和育种方法。
　　金善宝和他的学生、助手们先后培育出京红1号、2号、3号、4号、5号、6号、7号、8号、9号及京春6082等优良品种，推广面积最高年份达百万亩以上，其中京红7号、8号、9号平均单产超过当时风靡世界的墨西哥小麦品种的一、二成。该项成果获1978年全国科学大会奖。
　　从1973年起，金善宝和助手们针对黄淮海地区小麦生产中存在的问题，开始了培育耐迟播、抗病性强、稳产、高产、适应性广的小麦新品种的工作。黄淮海流域是我国冬小麦的主要产区，历年小麦的播种面积约占全国总播种面积的40%以上。20世纪60年代后期，黄淮海地区耕种方式和作物品种发生较大变化，致使冬小麦晚播面积比例逐渐增大，平均单产大幅度下降，影响全国的粮食总产量，这个问题的解决成为黄淮海地区农业生产的当务之急。为此，金善宝带领一批科学家，做了大量工作。经过几年的努力，培育出中7606、中7902号小麦新品种，增产效果非常显著。经过四年试种，一般可比当地推广品种增产20%左右，最高单产达800多斤。晚播时间约在15—45天之间，深受广大农民欢迎。这两个品种适应在山区、丘陵地、平原区广泛种植。小麦质量也有很大提高，蛋白质含量比一般小麦品种高20%左右，赖氨酸含量为10%以上。晚播小麦品种培育的成功，打破了冬小麦的常规栽培规律，是小麦育种的一个大突破。
　　金善宝自撰或组织编撰了大量论著。1961年他主编了《中国小麦栽培学》，起到开篇启后的作用。1964年，他与刘定安主编了第一部为我国现代小麦栽培品种立传的历史性文献《中国小麦品种志》。1983年，金善宝任主编、庄巧生任副主编，出版了《中国小麦品种及其谱系》，1984年获全国科技图书一等奖、1985年获农牧渔业部科技进步一等奖。金善宝任主任委员、庄巧生、李竟雄、卢良恕任副主任委员，组织编写了《中国农业百科全书·农作物卷》，该书225万字涉及多种作物、多个学科，具备辞书性质，是我国农业科技发展史的一个里程碑。
　　金善宝自1928年至1958年，先后在浙江劳农学院、浙江大学、南京中央大学、无锡江南大学、南京农学院任教，1958年至1982年任中国农科院副院长、院长。金善宝忠于职守，严于治学，培养了大批优秀人才，他们或在我国农业科学和教学中承担着重要的研究与教学工作，或在农业管理部门担任领导职务。其中获得研究员、教授者多名。还有的也已当选为中国科学院院士和中国工程院院士。
　　金善宝曾任第一、二、三、四、五、六届全国人大代表，全国科协第三届副主席、荣誉委员、九三学社副主席、国务院学位委员会委员、农业部科技委主任委员、中国农学会副会长、中国作物学会第一、二届理事长。金善宝是全苏列宁农业科学院通讯院士。1986年成为“美国农业服务基金会永久荣誉会员”。
　　1997年6月26日，金善宝院士逝世，享年102岁。