1937年10月，梁希(左)与金善宝在重庆

　1932年2月，金善宝学成回国。他先后在杭州浙江大学农学院和南京中央大学农学院任副教授、教授。1937年7月以后，日本侵略者的铁蹄步步向我国内陆腹地逼近，当时在中央大学农学院农艺系任教授的金善宝，随校西迁到重庆沙坪坝。他和我国杰出的林学家、中华人民共和国第一任林业部部长梁希教授，一起住在临时建筑的一间十多平方米的平房里，室内两张单人床，一张两屉木桌，每人用一个抽屉。他俩年龄相差一轮，朝夕相处，情同手足，经常一起去听《新华日报》社组织的时事报告，有时直接聆听中共中央周恩来副主席的演讲或参加座谈。
　　抗日战争胜利后，在举世瞩目的1945年国共两党重庆谈判期间，金善宝和在渝的几位进步教授一起，被邀请到嘉陵江边的张治中公馆，中共中央主席毛泽东亲切地会见了他们。这次难忘的会见，使他从黎明前的黑暗中看到了光明，更加坚信一个崭新的中国一定会在中国共产党的领导下建立起来。
　　1946年3月，他随中央大学迁回南京。国民党政府的腐败没落，更加激发了他积极投入反饥饿、反内战、反迫害的斗争和营救进步学生的活动。1948年，正当国共两党全面展开激烈战斗的第三次国内革命战争时期，大江南北人心惶惶，台中农学院突然发来了正式聘书，聘请金善宝去任教，他断然拒绝，却应荣毅仁先生之聘，去无锡江南大学农学院任农艺系教授兼主任。此时，他心中何去何从，已十分坚定。
　　1949年4月23日，南京解放了！在旧社会度过半个世纪的金善宝，从此获得了新生。7月他应邀出席了周恩来在北平主持召开的40多位著名科学家、教授参加的科学技术座谈会。会后又参加了以竺可祯教授为团长的科学考察团，到东北解放区进行参观和农业考察。当报纸上发表原中央大学改组为南京大学，金善宝被任命为南京大学农学院院长的新闻时，他正在哈尔滨的考察途中。1950年11月，他又被任命为华东军政委员会农林部副部长。1952年，中央人民政府主席毛泽东颁发了任命他为南京市副市长的任命状。在身兼多项重要的行政职务和从事繁忙的社会活动中，作为一名农学家、教授，他的主要精力还是集中在钻研小麦与粮食增产和教书育人方面。
　　1956年2月12日，他光荣地参加了中国共产党，成为中华人民共和国建立后入党较早的老科学家之一，为后来的高级知识分子追求进步，争取入党做出了表率。
　　1957年3月，中国农业科学院成立，金善宝兼任副院长，次年9月从南京来北京任职。1964年末，他继丁颖教授之后担任中国农业科学院第二任院长。“文化大革命”期间，他被“勒令”交权，“靠边站”了。粉碎“四人帮”后，他继续担任中国农业科学院院长。1982年末退居二线，国务院任命他为中国农业科学院名誉院长。
　　他是中国科学院生物学部委员（院士），一级教授，第一、二、三、四、五、六届全国人民代表大会代表。曾兼任中国科学技术协会第三届副主席、九三学社副主席、国务院学位委员会委员、农业部科学技术委员会主任委员、中国农学会副会长、中国作物学会第一、二届理事长、中国农业科学院学术委员会主任委员和研究生院院长等职。

勤奋耕耘育良种，老骥伏枥写专著

　　

金善宝正在进行学术研究

　金善宝从南京高师农科毕业之后，就开始注重小麦研究。1928年和1929年先后发表了《中国小麦分类之初步》和《小麦开花之时期研究》。从美国留学回来后，为了发掘祖国小麦种质资源，选优利用，他从广泛搜集的790多份小麦品种中，经过试种观察、整理和筛选，鉴评出“江东门”、“武进无芒”、“南京赤壳”和“姜堰黄皮”等一批优良地方品种，在生产上推广利用，发挥了增产效益。1934—1935年，发表了3篇与深化当时国内主要大田作物育种工作密切有关的文章，即《近代玉米育种法》、《用统计方法比较籼粳糯米之胀性》和《大豆几种性状与油分、蛋白质之关系》。
　　金善宝结合自己在国内外的科研实践和多方搜集到的文献资料，撰写了10多万字的专著——《实用小麦论》，1934年由上海商务印书馆作为大学丛书出版。这是我国第一本既有理论又联系小麦生产实际的农业书籍。30年代、40年代乃至50年代，它不仅是国内许多大专院校农学专业学生的重要参考书，也是许多有成就的小麦专家、教授启蒙必读的教科书。
　　抗日战争初期，在重庆沙坪坝境遇十分困难的情况下，由于贫病交加，不足50岁的金善宝已经鬓发皆白，有一次带病授课竟昏倒在讲台上。尽管当时体力如此虚弱，他始终没有间断过选育小麦良种的工作。1939年，他和助手们从国内外引进的3000多份小麦材料中，通过系统选择方法，选出了适于四川盆地和长江中下游地区种植的优良品种——“中大2509”（又名“矮立多”）和“中大2419”（后改名为“南大2419”）。这两个品种从1942年在四川省开始推广，到中华人民共和国成立前近7年的时间，只种植百万亩左右。1950年以来，由于政府的重视和翻身农民生产积极性的空前高涨，这两个品种很快在我国南方冬麦区扩大应用于生产。“南大2419”推广面积最大的年份曾达到7000多万亩，主要分布在湖北、江苏、安徽、四川和河南南部小麦产区；云南、贵州和陕西南部有较大面积的种植；江西、湖南、广西、青海和甘肃也占有一定的比重。这个小麦良种在我国50年代、60年代的小麦增产上立了大功，到1983年不完全统计，它在长江流域的种植面积还有百万亩左右，品种寿命长达40多年，实属难能可贵。
　　金善宝选育的“南大2419”小麦良种，具有早熟、抗条锈病、抗吸浆虫、秆强抗倒、穗大粒饱、适应性广和一般配合力好等优点，因此，不仅是中华人民共和国建立后长江中下游冬麦区第一次品种更换时，种植面积最大的良种，而且是30多年来我国小麦杂交育种中最主要的亲本之一。根据《中国小麦品种及其系谱》一书的记载，它的直接和间接衍生品种有98个，分布在我国7个大的麦区，其代表性品种中，冬麦有“石家庄34”、“徐州14”、“郑州3号”、“内乡5号”、“大丰1087”，“万年2号”、“安徽9号”、“蜀万8号”、“绵阳4号”、“鄂麦6号”、“凤麦13”，春麦有“京红4号”、“科春5号”、“甘麦7号”、“藏春6号”等。
　　金善宝潜心于小麦科学研究，在丰富和发展我国小麦科学上做出了重要建树，特别是在我国的小麦种类及其地理分布方面钻研很深，有不少新的发现；对我国小麦区划和生态型的研究，也从理论与实践相结合的角度提出一些精辟见解，有些是前人所未探讨过的新问题、新内容。关于我国小麦的种类，国内外学者曾做过一些调查研究，而所得结果都不够全面。从1911年法克斯贝格（Faksberger）的报告、1923年瓦维洛夫的著作、1942年蔡旭的研究，到1954年木原均的论述，综合国内外报道，我国小麦分属4个种和52个变种。但早在1937年，金善宝从云南省征集的小麦品种中，就发现一种无芒、白壳、穗轴坚硬而易折断，小穗紧靠穗轴，所成角度甚小，小穗从穗节茎部折断，颖壳紧包籽粒难于分离，种子夹面呈三角形的新类型。它既与一般普通小麦有较多差异，也不同于斯卑尔脱小麦。后来经进一步观察确认其染色体数目为2n＝42，与普通小麦杂交没有问题；与硬粒小麦杂交也能获得成功。这在世界已有的小麦分类学文献中还未见报道过，很难找到与它相匹配的植物学分类地位。金善宝和他的助手们经多方研究，把这个“云南小麦”定为普通小麦的一个亚种（Triticum aestivum Subsp. yunnanense King）。