识界鸣放时，陶孟和提出意见，认为“旧知识分子之未得其用……以中国干部之缺乏，有材者不用，而无材者充数，以致酿成许多混乱。”后来在反右斗争的高潮中，在批判费孝通等所谓“恢复资产阶级社会学和经济学的政治阴谋”的大会上，陶孟和直言不讳地说：在社会主义社会里，人们相互间的关系和社会的进步，依靠的是友爱，而不是仇恨，知识分子应发挥他们的作用，而不应当受到敌视。他还有过知识分子在政治运动中遭受“浩劫”这类的惊世骇俗的言论。后来他曾被内定为右派分子，中国科学院副院长的地位使他受到了保护，没有受到多少冲击。
　　1960年4月，陶孟和抱衰病之躯赴上海参加中国科学院第三次学部会议，抵上海后第三日，突发急性心肌梗塞，经抢救医治无效，于4月17日中午逝世，享年73岁。4月28日，在北京中山公园中山纪念堂举行了公祭，灵堂中摆有党和国家领导人刘少奇、周恩来等送的花圈。
　　陶孟和一生中克己奉公，廉洁自律。妻子沈性仁在抗战时逝世于兰州，身边一直无亲人。女儿陶维正、陶维大远在美国，儿子陶渝生是大连石油所（后改称化学物理所）的研究人员，他从未要求予以照顾调来北京工作。陶孟和逝世后，儿子陶渝生遵照父亲生前的遗愿，将其全部图书赠给中国科学院图书馆，留下的18000余元捐赠给了中关村小学和科学院幼儿园作办学费用，一切家具赠送中国科学院行政管理局，后发送到灾区救济灾民。留存于后世的，是他为中国社会学奠基的著述，他心血浇灌的编译出版事业和图书馆事业，以及他那无畏无私的风范^[2]。