1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年，更名为北京医科大学。2000年与北京大学合并，组建了新的北京大学，北京医科大学成为北京大学医学部。

北京大学医学院历史沿革

　　北医前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府开办的第一所国立医学院校。是民国早期九所著名“国立”高校之一。其历史渊源可以上溯到1903年－1907年之间曾经存在过的京师大学堂医学实业馆。1913年国立北京医学专门学校首批学生72人，到1917年首批毕业学生共22人。
　　1923年北京医学专门学校更名为北京医科大学，1927年奉系军阀张作霖率安国军进入北平，进京后的张作霖改组高等教育，把当时北平“国立”九校合并为“京师大学校”，北医更名为京师大学校医科；1928年国民党的北伐大军兵临城下，张作霖离开北京，之后一些高校复校，包括北医在内未复校的高校成为北平大学的一部分，北医成为北平大学医学院。
　　1937年卢沟桥事变爆发后，北平各高校纷纷西迁南迁，北平大学大部撤离到了古都西安并在那里和北洋大学等华北名校一起组成了西北联合大学。与此同时，部分未撤离北平的医学院教师在日占区继续行医、教学，并组建了北京大学医学院，院长为鲍鉴清。太平洋战争后北京大学医学院吸收了美属北平协和医学院的部分师资。如林巧稚，诸福堂等均曾在这任过职。有人也把1937-1945年这段时期称为“伪北京大学”医学院。
　　1945年，国民政府教育部决定在国立北京大学、国立浙江大学、国立山东大学和国立武汉大学四所高校设立医学院。原北京大学医学院改组为北平临时大学补习班第六分班，该班连同附属医院(北大医院)再次组成北京大学医学院。院长为马文昭。部份原医学院教授遭解职。而新聘师资中云集了一大批欧美留学博士。这些人代表当时学界最高水平，后来均成为学界泰斗。如
　　基础学科有：组织马文昭,神经解剖臧玉洤，解剖刘其端，免疫陶善敏、颜春辉，细菌学谢少文、方亮，生化刘思职、张昌颖，医史李涛，寄生虫冯兰洲，病理林振刚，秦光煜；药理李钜，生理沈寯淇，公卫林宗扬、严镜清, 药学薛愚，王序等。
　　临床学科有：传染病吴朝仁，热带病钟惠澜，肾脏病王叔咸，胃肠陈国桢，心脏病马万森，脑外科关颂韬，泌尿外科谢元甫，骨科孟继懋、陈景云，胸外王大同，肿瘤外科司徒展，儿科诸福棠，皮肤花柳病胡传揆，神经精神病许英魁，眼科毕华德、刘家琦，耳鼻喉科刘瑞华、张庆松、徐荫祥，放射汪绍训，谢志光，口腔毛燮均、钟之奇、胡郁斌教授等。
　　原北平大学医学院的师生未回北平，而是留在西安建立了西安医科大学（现为西安交通大学医学院）。
　　1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。
　　1954年，北京医学院成为全国六所重点院校之一。
　　1958年，原中央医院并入北医，成为第二附属医院(现北京大学人民医院)。从北大医院，建工医院和平安医院新组建了北医三院。
　　1959年，北京医学院成为全国十六所重点院校之一
　　1960年，北京医学院组建北京第二医学院(现首都医科大学)。同时大批骨干师资西行洛阳，兰州，内蒙，酒泉等地支援地方建设。
　　1985年，更名为北京医科大学。并成为全国10所重点建设院校之一。
　　1996年，成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。
　　2000年4月3日，与北京大学合并，组建了新的北京大学，北京医科大学成为北京大学医学部。
　　目前，北京大学医学部地处北京市海淀区中关村科技园区，集教学、科研、医疗为一体，以本科教育、研究生教育为主，学科覆盖基础医学、临床医学、口腔医学、药学、预防医学、护理学等六大门类、专业齐全，临床医学和口腔医学实行八年制。现有9个本科专业：基础医学、临床医学、口腔医学、药学、应用药学、预防医学、护理学、英语（生物医学英语方向）、医学实验学，1个专科专业：护理学 。成人高等医学教育本专科专业9个。现有12个一级学科博士、硕士授权点，47个二级博士学位授权点和59个二级学科硕士学位授权点，6个博士后流动站。北医是国家“211工程”和“985工程”首批建设的高等学校之一。
　　北医设有6个学院：基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、公共教学部、医学网络教育学院，8家附属医院和13家教学医院，承担临床医学的教学、实习任务和向社会提供医疗保健服务。
　　北医拥有大批国际、国内知名的医学教育、研究、临床方面的专家，其中具有高级职称1866人，11位两院（中国科学院、中国工程院）院士，国务院学位委员会学科评议组成员9人， 17位长江学者，博士生导师276人，国家有突出贡献专家16人，入选人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人，入选教育部“新世纪人才支持计划”19人。
　　学校目前拥有24个国家级重点学科，1个国家重点实验室，9个部级重点实验室。1981-2006年的25年间，承担了国家“六五”、“七五”、“八五”、“九五”、“十五”、“十一五”国家科技攻关的重点项目、国家自然科学基金研项目及“863”、“973”等相关重点项目，获得多项国家级和省、部级科研成果，“十五”期间，医学部承担国家和省部级科研项目1099项，总经费达3.827亿元人民币；发表的SCI收录论文1347篇，连续数年在全国医学学科领域排名第一。在国际顶尖级杂志如《Nature》《Science》及其系列杂志、国际著名医学期刊（New Engl. J.Med 、Lancet、British Medical Journal）发表了一批高水平论文或综述，在基础医学、临床医学、公共卫生和预防医学及药学等学科领域取得了多项标志性成果。多门课程被评为国家级和北京市级精品课程。
　　北医与国际上著名的大学和科研机构在人才培养、科学研究、学术研讨等方面开展了广泛的交流与合作。如互派人才进修与交流、举办大型国际学术会议、邀请国外、境外知名学者作各类学术报告、与国外著名大学和