模式研究与实践》获2004年北京市教学成果一等奖，《全面改革医药专业化学实验教学模式、课程体系和内容，培养高素质创新人才》获2004年北京大学教学成果一等奖，《药学院新生导师制的创建与发展》获2004年北京大学教学成果二等奖。目前承担着十几项教育教学立项课题研究，其中包括“十一五”高等教育教学改革课题立项5个。
　　学院的科学研究主要集中在“三大疾病”即心脑血管疾病、肿瘤、老年性疾病；以及在核酸、寡糖、多肽和微量元素 “四大内源性物质”和天然药物等领域的基础研究。以国家重点实验室（天然药物与仿生药物国家重点实验室）为核心，重点学科（药物化学、生药学、药理学）为依托，在核酸化学、多肽化学、糖化学、生物无机化学等方面积累了较雄厚的基础，取得了国内领先、国际上有影响的成绩，有些研究已处于国际前沿水平。在分子药理、细胞化学、药物设计、筛选等基础研究和应用基础研究也达到与国际同步水平。目前承担着多项国家自然科学基金重点项目、国家“863”项目、“973”项目、国家科技攻关项目以及省部级科研项目，参与了“九五”211工程和“十五”“211”工程项目的建设。
　　近五年发表论文965篇，其中被SCI收录的416篇；获各级各类科研成果奖30项，其中国家级4项，部、委、局、北京市级26项；获国家各级名类科研经费（“纵向”）4500万元。
　　药学院与国际国内科研院所、制药企业有着广泛的合作与交流。与美国 、英国、法国、德国、日本、荷兰等国家及港、澳、台地区等十几所大学或公司建立了友好合作关系，聘请外籍名誉教授4名、客座教授11名，对内、对外交流的扩大和加深促进了药学院整体地位与水平的稳步提高。
　　北京大学药学院今后几年的奋斗目标是：逐步发展为一所学科齐全、具有国际一流水平的药学院。

历任领导

　　北京医科大学历任校(院)长、主任 (1912―2000年)
　　
　　姓 名 名 称 职 务 任职时间 备注
　　汤尔和 国立北京医学专门学校 校长 1912.10--1915.12
　　葛成勋 国立北京医学专门学校 校长 1915.12--1916.08
　　汤尔和 国立北京医学专门学校 校长 1916.08--1922.04
　　周颂声 国立北京医学专门学校 校长 1922.04--1923.12
　　洪式闾 国立北京医科大学校 校长 1924.01--1925.08
　　张黼卿 国立北京医科大学校 校长 1925.08--1926.01
　　孙柳溪 国立北京医科大学校 校长 1926.01--1927.08
　　孙柳溪 国立京师大学校医科 学长 1927.08--1928.11
　　徐诵明 国立北平大学医学院 院长 1928.11--1932.08
　　吴祥风 国立北平大学医学院 院长 1932.08--1937.09
　　鲍鉴清 国立北京大学医学院 院长 1938.03--1945.08
　　马文昭 北平临时大学第六分班 班主任 1945.09--1946.09
　　马文昭 国立北京大学医学院 院长 1946.09--1947.08
　　沈寯琪 国立北京大学医学院 院长 1947.08--1948.08
　　胡传揆 国立北京大学医学院 院长 1948.08--1952.12
　　胡传揆 北京医学院 院长 1952.12--1968.08
　　阎登山 北京医学院革命委员会 主任 1968.09--1973.12 军宣队
　　薛伟民 北京医学院革命委员会 主任 1975.06--1977.09
　　胡传揆 北京医学院 名誉院长 1979.11--1986.03
　　马 旭 北京医学院 院长 1979.11--1983.01
　　曲绵域 北京医学院 院长 1983.01--1985.05
　　曲绵域 北京医科大学 校长 1985.05--1991.06
　　王德炳 北京医科大学 校长 1991.06--2000.03
　　韩启德 北京大学医学部 主任 2000.04--
　　北京医科大学党组织负责人(1952－2000年)
　　姓 名 名 称 职 务 任职时间 备注
　　王 琦 国立北京大学医学院 总支书记 1950.03--1950.09
　　彭瑞骢 国立北京大学医学院 总支书记 1950.09--1954.04
　　秦德远 北京医学院 总支书记 1954.04--1955.04
　　阎 毅 北京医学院 党委书记 1955.04--1956.07
　　曲 正 北京医学院 党委书记 1956.07--1959.03
　　曲 正 北京医学院 党委第一书记 1959.03--1959.12
　　杨 纯 北京医学院 党委书记 1960.01--1962.06
　　杨 纯 北京医学院 党委书记 1962.06--1966.02
　　马 旭 北京医学院 代理书记 1964.11--1966.06
　　阎登山 北京医学院 党委书记 1971.06--1973.12 军宣队
　　薛伟民 北京医学院 党委书记 1975.06--1976.10
　　薛伟民 北京医学院 党委书记 1976.10--1977.09
　　李资平 北京医学院 党委书记 1977.11--1980.11
　　彭瑞骢 北京医学院 党委书记 1980.11--1985.05
　　彭瑞骢 北京医科大学 党委书记 1985.05-1987.02
　　彭瑞骢 北京医科大学 党委书记 1987.02--1993.07