Discovery Studio™ (简称DS), 基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质结构功能研究，以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境，DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。 　　建立在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上的DS让数据的共享和交流变得更为方便和简洁。DS中的部分功能流程(protocols)可以在Pipeline Pilot中进行编辑和组合，编辑组合而得的新流程可以导入 Discovery Studio中使用，这样使得科研流程的方便共享成为可能。同时，Pipeline Pilot这个开放平台技术还为使用者整合自己的或第三方的软件工具提供了接口。科研人员可以在一个统一的平台上完成从基因到先导化合物设计的一系列工作，并且可以通过web形式共享研究成果。 　　DS的服务器-客户端模式使得科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享。 　　DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。DS可以应用于生命科学以下研究领域：新药发现，生物信息学，结构生物学，酶学，免疫学，病毒学，遗传与发育生物学，肿瘤研究。

Discovery Studio功能模块简介

　　- 基本界面和显示模块 　　Discovery Studio Standalone 　　Discovery Studio Visualizer Client 　　- 蛋白质模拟模块 　　DS MODELER 　　DS Protein Refine 　　DS Protein Health 　　DS Protein Families 　　DS Sequence Analysis 　　- 基于结构的药物发现和设计模块 　　DS Flexible Docking 　　DS LigandFit 　　DS LigandScore 　　DS LibDock 　　DS CDOCKER 　　DS Protein Docking 　　DS Ludi 　　DS De Novo Evolution 　　DS LigandFit CAP/ DS Ludi CAP 　　DS GOLD interface 　　- 基于药效团的药物发现和设计模块 　　DS Catalyst Conformation 　　DS Catalyst Hypothesis 　　DS Catalyst SBP 　　DS Catalyst Score 　　DS Catalyst Shape 　　DS Catalyst DB Build 　　DS Catalyst DB Search 　　DS De Novo Ligand Builder 　　HypoDB 　　PCDB (PharmaCoreDB) 　　- 基于小分子的药物发现和设计模块 　　DS QSAR 　　GFA Component 　　VAMP Descriptors Component/ DMol3 Descriptors Component 　　DS Library Design 　　DS ADMET 　　DS TOPKAT 　　- 分子力学和分子动力学计算模块 　　DS CHARMm 　　DS CHARMm Lite 　　DS CFF (高级II类力场) 　　DS MMFF (Merck Molecular Force Field) 　　- 分析模块 　　DS Biopolymer 　　DS Analysis

基本界面和显示模块

　　·Discovery Studio Standalone 　　可视化界面，是利用Discovery Studio软件进行分子设计和模拟的基础，支持服务器-客户端安装在同一台机器上的运行模式。与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。 　　·Discovery Studio Visualizer Client 　　是服务器-客户端运行模式中、客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端的Discovery Studio软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server协同工作，为用户提供无与伦比的数据、工作流程和计算资源共享。

蛋白质模拟模块

　　·DS MODELER 　　只要给出未知结构序列与另一个已知三维结构蛋白的比对，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型。对于靶标发现及蛋白家族功能结构分析，MODELER是一个理想的解决方案。用MODELER还可以模拟蛋白突变，进行loop区模建及基于结构的比对并构建有配体结合的蛋白结构模型。结合Sequence Analysis模块，可以全自动完成抗体Loop区模建。结合Discovery Studio里模拟及以结构为基础的药物设计的功能模块，用MODELER还可以深入研究蛋白结构及功能的关系。 　　·DS Protein Refine 　　利用CHARMm对模建好的蛋白质进行侧链和loop区的优化，提高蛋白质模型的准确性。 　　·DS Protein Health 　　蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health模块运用Profiles 3D方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外界环境相比较，获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过Protein Health模块的分析，用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域。 　　·DS Protein Families 　　通过分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上的保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。Protein Families的简单易用的流程（protocols），也可一步步地引导用户进行分析，从蛋白家族的序列或者结构比对，到进化踪迹分析。而进化踪迹分析包括用分层聚类的方法来建立蛋白家族系统树图以及把这些得到的功能注释信息画到你的三维结构上去。进行序列比对时，允许根据需要对比对结果添加约束，提高活性部位关键残基的比对效果。 　　·DS Sequence Analysis 　　与功能已知的其它蛋白的序列进行比对，是确定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以让用户通过通用的BLAST及PSI-BLAST算法来搜索本地数据库或者NCBI网上数据库，确定蛋白序列的同源区域。结果在交互的报告格式里面显示以方便进行进一步的分析及在其它Discovery Studio模块里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95数据库时，结果文件中可以显示输出蛋白质的SCOP ID, Ligand ID以及X射线分辨率等信息。

基于结