导的全新配体构建工具。它采用一种新颖而独特的基于片段的药物设计方法（FBDD），片段放置的位置受药效团支配。这样产生的化合物不仅与蛋白活性位点互补，而且化合物之间的互补性有利于产生新的先导化合物。这个有力的工具能用于迅速产生许多包含与特定靶标结合必需特征的化合物。 　　·HypoDB 　　药效团数据库，包含分属于187个独立靶标的1846个药效团模型，HypoDB可被完全整合于Discovery Studio环境下，可被搜索和选择性地给出模型。HypoDB与Discovery Studio结合，可以应用于化合物毒副作用评价或虚拟筛选。 　　·PCDB (PharmaCoreDB) 　　PCDB是由北京大学联合上海药物所、创腾科技有限公司和中国医学科学院药物所、四川大学及华东理工大学，共同推出的一个具有自主知识产权的，面向生命科学和药物研发领域的药效团数据库(该数据库的研发得到了国家863课题的资助)。PCDB 1.0版本提供了超过1700个基于靶标结构的药效团（包含排斥体积）和近3000条相关的文本信息，并按照靶标类型、蛋白来源、相关疾病、治疗领域、生化类型等方面进行了分类，其中的大多数药效团都经过检查并根据需要进行手工修正，具有很高的可靠性。相关研究结果表明该药效团数据库可以地应用于活性分子的筛选、多靶标多配体结合研究、中药多组分协同作用机理研究等药物研究的热点领域，同时在发现现有药物的新用途方面也有的应用前景。

基于小分子的药物发现和设计模块

　　·DS QSAR 　　定量构效关系研究工具。可以计算几百种与生物活性或ADME/T性质相关的描述符，包括分子拓扑描述符、分子指纹在内的一系列基本性质。还提供了多种统计工具，如Bayesian模型、多元线形回归、最小二乘法等，用于对各种复杂数据进行建模和数据挖掘。 　　·GFA Component 　　遗传算法建模组件，可通过DS QSAR或Pipeline Pilot调用。 　　·VAMP Descriptors Component/ DMol3 Descriptors Component 　　使用半经验量子力学程序VAMP及DFT量子力学程序DMol3进行化合物性质描述符计算的组件。 　　·DS Library Design 　　大规模组合化学库的构建和分析工具。Library Design模块提供了一整套专为化学库设计而定制的分子相似性和多样性聚类分析方法。用户可以快速地构建各种组合化学库，应用强大的统计学分析和显示工具对组合化学库的各种性质进行分析和比较，在化学库设计过程中使用Pareto优化方法优化多种性质等，以达到用户按实际需要对化合物库进行整理和改造的目的。 　　·DS ADMET 　　提供了从化学结构预测吸收、分布、代谢、排泄（ADME）和毒理性质的6个计算模型。优化ADME/T性质在药物研发过程中是非常关键的，因为据统计超过80%的新化学实体在新药研究的后期被淘汰。初步估计这些失败的原因有一半是由于ADME/T性质不符合要求。ADMET模块提供了计算ADME/T预测值的工具，能够在药物发现的早期阶段就对可能有问题的新化学实体进行预测。运用这些模块将显著地降低药物发现的费用，同时节省了成功候选药物发展和评估的时间。DS ADMET现在包含了血浆蛋白结合、肝毒性、人细胞色素P450 2D6酶结合、被动的肠内吸收性、血脑屏障穿透性、250C下的水溶性等6个模块。建立这些模块的数据来源于大量文献报道和实验的数据，同时这些模型都得到了广泛的验证。它们可以用来分析和设计虚拟组合库，也可以用来分析单个分子。 　　·DS TOPKAT 　　化合物毒理性质预测工具。通过化合物的二维结构信息构建高质量的QSTR（定量结构-毒性关系）模型，并对各类有机化合物的诸如急性毒性、慢性毒性、诱变性、再生性等毒理性质进行预测，同时还可以考虑化合物对环境毒性的影响，大大节省实验的时间和投入。DS TOPKAT的专利技术——“最佳预测空间”评估验证技术（OPS – Optimum Prediction Space），以及高效的批处理预测能力，使得它可以对大批量的有机化合物的毒理性质进行快速而准确的预测，满足各类企业和研究机构对化合物进行毒理研究的需求。

分子力学和分子动力学计算模块

　　·DS CHARMm 　　利用这个工业标准的分子力学及动力学程序，研究多种分子（从小分子配体到多组分的复合物）的热力学及动力学特性。基于哈佛的CHARMM模拟引擎，CHARMm不断开发升级并增加最新的功能。另外，因为CHARMm也可在同一界面用于Discovery Studio里基于结构的药物设计模块中，因此很容易进行蛋白、配体、蛋白和配体复合物的计算及分析，也可以更加灵活地利用CHARMm的编程功能，加快药物发现。基于CHARMm的对接算法CDOCKER用于柔性分子对接，在此基础上，利用CHARMm还可以进行考虑药效团限制的分子对接。同时通过熵的计算可以进一步提高MM-GBSA和MM-PBSA受体-配体结合自由能计算的准确性。CHARMm带有的stand-alone输入工具，可让用户在批处理模式下利用CHARMm力场及自动参数预测功能确定整个化合物库中化合物的力场类型。合适的力场，PME静电模型和溶剂化时添加对应离子的能力确保准确的核酸模拟研究。用户可以使用CHARMm组件定制复杂的模拟流程，也可以将该流程与其它计算应用软件整合在一起使用。 　　·DS CHARMm Lite 　　用CHARMm Lite预测配体与受体亲合力，可得到配体更加精确的打分及排序。CHARMm Lite也可用经过验证的CHARMm、CFF或MMFF力场及其它几个优化算法进行原位的配体优化，它的应用还可扩展到大量配体的高通量分析。所有的工作都可以在后台并行计算。 　　·DS CFF (高级II类力场) 　　优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型得到一个较高可信度的模型以进行下一步的计算。在CFF里的力场参数是通过计算1768个不同分子，19432个分子结构得来的，得到的健壮及多样的参数集可以应用于大部分的生物分子及小分子计算。 　　·DS MMFF (Merck Molecular Force Field) 　　来自于从头算和实验数据的第二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用而设计，用于配体或有机小分子的模拟研究。

分析模块

　　·DS Biopolymer 　　DS Biopolymer模块整合了Delphi功能，为用户提供操作简单易学而且实用的模型搭建以及静电势分析工具。DS Biopolymer可用于搭建和修饰蛋白质和小肽分子、将蛋白质复合物分成不同的组分、快速产生肽类或蛋白质分子的性质分析报告、计算大分子和小分子的静电势分布和溶剂化能以及蛋白氨基酸残基pK值的计算等方面。DS Biopolymer产生的小分子以及生物大分子模型可以在Discovery Studio其他模块中进行进一步的分析。 　　·DS Analysis 　　结果分析和显示模块。能够分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹文件，包括对轨迹进行主成分分析，计算径向分布函数等。可以将蛋白质、蛋白质-配体复合物的轨迹文件以动态、曲线图和表格的方式表现出来。Analysis模块可以帮助用户地理解酶催化机制、受体激活以及细胞信号转导过程中分子构象与能量间的相互影响。在研究受体-配体相互作用时，能够对分子对接的结果进行快速聚类分析。

Discovery Studio可以运行的硬件平台

　　Windows 　　x86 (32-bit, Intel CPU安装32-bit操作系统) 　　Microsoft® Windows® 2000, SP4 Rollup 1 　　Microsoft Windows XP Professional, SP2 　　Microsoft Windows 2003 Server, SP1 　　Microsoft Windows Vista, Business and Enterprise Editions 　　Linux 　　x86 (32-bit, Intel CPU安装32-bit操作系统) 　　Red