困难是湖权问题，即是对湖区人类活动的限制权。如渔业、牧业、割草、农业生产等，这使保护区只具禁猎区之实。为了解决这个问题，在目前，虽无严格限制区内人类生产活动的必要，但某种形式的控制，以防止将来活动过滥则属必需，特别是因为区附近人口增长较快而收入低，可能导致将来人们要求更多土地或资源供开发使用。
　　江西省人民政府已将大湖池和沙湖这两个国营渔场置于保护区直接管辖，保护区管理处可控制这两湖区中的捕鱼、割草、放牧等活动。但是，保护区要对其它的湖泊行使管理权限任务还是很艰巨的。
　　保护区面临的另一个困难是分属三个县管辖，这样需要与三个政府机构联系。目前保护区在周围三县成立了联防委员会，以协助保护区的工作，但联防工作需要进一步加强。
　　目前，当地人从保护区的设立方面获益尚少。群众对保护区似乎采取合作态度，而偷猎也基本上停止，若保护区对群众的利益更广泛易见，对未来的管理肯定有帮助。
　　区内的血吸虫病对管理造成一定的阻力，任何未来的工作必须考虑对血吸虫的中间宿主，即钉螺的控制，在研究解决方法时亦须有卫生机关参与其事。
　　交通闭塞和通讯落后问题，影响了保护区的工作发展。同样，职工的素质与培训水平亦须予提高以保证能全力执行任务。
　　保护区生态方面的资料还不齐全，这给选择管理工作方式带来很大困难，需要高水平的协调研究。
　　目前土地利用情况
　　除了少数几个小山头外，保护区的其它地区夏季都被几米深的洪水淹没，人类的活动局限于捕鱼、打草、放牧、耕作、植树、采药和狩猎。
　　（1）渔业
　　整个保护区内都有捕鱼活动。在夏季，由于水深，捕鱼采用抛网、拖网，也有部分利用鸬鹚。到了秋季水位逐渐下降，人们就开始放水捕鱼。冬天，这些湖水很浅，几乎所有的鱼都被捕尽，也有一些人在湖的四周滩地拥挖黄鳝，而大多数人则是在河里网捕鱼类，也捕大量的虾、贝等。
　　从60年代以来，整个鄱阳湖的水产量日渐减少。由于采取了保护措施，1988年渔业产量有所上升：
　　时间 60年代初 60年代末 70年代末 1988年
　　产量(吨) 22670 15400 12720 25000
　　保护区内各种捕鱼量也逐年减少(图10)，大鱼占的比例从1977年的80％－90％下降到1983年的25％－50％。
　　目前有关渔业生产的法规有渔政渔业管理法，这些规定包括使用最小网眼的规定，捕鱼方法，禁渔期(每年3月20日－6月20日)。蚌湖和沙湖是鲤鲫鱼产卵场所，在60年代至70年代之间，广泛使用农药灭杀钉螺，可能是渔业减产的一个原因。但毫无疑问，严重的过度捕捞，是渔业产量下降的主要原因，它还造成了－鱼、雷氏银鱼、太湖短吻银鱼、乔氏短吻银鱼在鄱阳湖灭绝的危险。通过近几年保护法的宣传和对违法渔具的取缔，一度绝迹的银鱼，1989年又重新出现，并有一定的产量。
　　（2）割草
　　湖岸高处草洲水草丰富，每年秋末冬初，在保护区内都有人割草作燃料，芦苇作为造纸原料。割草采用手工，用船运载。割草期间人类活动频繁，几乎整个保护区无淹水地区都有人类活动，草洲分给各家各户，每年都在同样的地方。割草时人们在野外搭起临时性的棚子，往往住上数月。
　　以前在一些地方种植过芦苇用于造纸，现在仅存180余公顷。收割期与割草期相同，1987年保护区内总的芦苇产量为364吨。
　　在春天，人们割足嫩草作为绿肥。估计草洲每公顷产草量为2250-3000公斤。
　　（3）放牧
　　保护区周围村庄大约有2500头水牛，冬季几乎所有的水牛都在保护区内放养，夏季涨水季节则在高处放牧，一旦夏末水落时水牛便随湖放养，100-500头的牛群很常见。
　　（4）家畜
　　保护区周围村庄养猪约5500头，只有很少的猪放养在村庄周围。对保护区的影响微乎其微。同样，当地农民和渔民也养鸭子与鹅，看不出它们暂时对保护区有什么影响。
　　（5）耕种
　　保护区内的大湖池渔场、沙湖渔场以及蚌湖与沙湖之间的草洲，有一些地方被耕作为菜园，其它地方没有耕作。
　　（6）植树
　　保护区范围内，水修县林业局和星子县林业局从1985年开始共种植了1000公顷意大利杨(附录10)，10年以后可以成材或作为造纸原料。只有海拔17米以上的地方种植杨树才可以成活。1989年蚌湖在海拔14-25米的地方种植的杨树死亡率很高。
　　（7）采药
　　本地区至少有39种药用植物，并且其中18种有经济价值。在梅西湖边的沙山上生长的蔓荆子有退热解毒作用，藜蒿的嫩茎可作蔬菜，带有特殊的芳香味，一般人说叶子可以驱蚊，但由于缺乏加工业，没有被利用。
　　（8）狩猎
　　a．保护区内禁止狩猎，但仍有用天网和毒饵偷猎雁鸭的事件。
　　b．在1988-1989，1989-1990，1990-1991三年的冬季，九江市林业局在征询江西省自然保护区管理办公室的意见后，授权永修县林业局给当地渔民发放狩猎证，允许在保护区以外地区捕猎5000只不属保护种类的雁鸭(1990－1991年冬，水修、星子两县各准猎捕5000只)，狩猎工具仅限天网，狩猎时间定于10月中旬以前和3月以后，以免干扰珍禽越冬。主要狩猎种类为斑嘴鸭、绿头鸭、针尾鸭和绿翅鸭。捕猎人员皆为老猎户。水修县林业局工作人员进行监督，受保护的种类捕到后即释放，在1989－1990年间大部分鸟都在春天捕到。
　　（9）周围地区的土地利用
　　保护区周围的作物主要是水稻、西瓜、油菜和－头。本地还有一些小型的人工杉树林和茅竹林。当地出产物见表6。
　　吉山附近具有丰富的沙土资源。