0种，主要是雉类、鹰雕类，尤其是雉科鸟类达11种之多，数量也较大，它是重要的狩猎鸟类。在保护区内，仅食虫鸟类就达69余种，另外还有苍鹰、鸮类等。
　　爬行类
　　本区爬行类共有14种，隶属于2目5科，其中蜥蜴类三种即蝘蜒、康定滑蜥和白条草蜥；蛇类11种即美姑脊蛇、横斑锦蛇、紫灰锦蛇、颈槽游蛇、斜鳞蛇、翠青蛇、福建颈斑蛇、乌梢蛇、丽纹蛇、菜花烙铁头、山烙铁头等。其中美姑脊蛇、横斑锦蛇仅见于四川，可能是四川盆地西缘山地的特有种。区内爬行类均属东洋界成分。
　　大部分蛇类均分布于海拔2500米以下的地区，菜花烙铁头是有毒蛇，在保护区内为优势种。蝘蜒、斜鳞蛇、颈槽游蛇等为常见种。
　　两栖类
　　　本区两栖类共有10种，隶属于2目4种，其中有尾目一种即西藏山溪鲵；无尾目九种，即沙坪角蟾、多顶齿突蟾、宝兴齿蟾、华西蟾蜍、沼蛙、日本林蛙、花臭蛙、理县湍蛙、四川湍蛙等。
　　就上所述两栖类的区系成分来看，均为东洋界成分，其中沙坪角蟾、金顶齿突蟾和理县湍蛙是四川特有种。沙坪角蟾目前仅分布于四川盆地西缘山区，金顶齿突蟾早在三十年前首次在峨眉山金顶发现，这里是它的第二个分布区。北方山溪鲵、华西蟾蜍、四川湍蛙主要分布于西南区；宝兴齿蟾目前仅分布于四川、甘肃；其余种类主要分布于华在区、华南区。
　　鱼类
　　有6种，即齐口裂腹鱼、重口裂腹鱼、细尾条鳅、石斑鮡及两种未定名的条鳅，隶属于2目3科。
　　区内河流短、比降大、瀑布多、水流湍急、水温低、饵料生物贫乏，故鱼类资源不丰富，无渔业价值。由于自然条件与人为活动的影响，上述六种鱼在保护区内的分布各不相同。在三江六种鱼均有分布；而在中河、西河的中游，只有石斑鮡和两种条鳅的分布，其上游水流湍急，目前尚未发现鱼类。
　　六种鱼都是定居型鱼类，就其区系从属关系看，两种裂腹鱼和三种条鳅属于中亚高原山区区系复合体，是高寒冷水性鱼类，属古北界成分；石斑鮡属于中印山区区系复合体，是适应急流水域的典型代表，属东洋界成分。所以保护区的鱼类应属古北界，但有个别东洋界的种类渗入。

发展规划

　　卧龙自然保护区始建于1963年，面积2万公顷，是中国最早建立的综合性国家级保护区之一。1974年3月面积扩大到20 万公顷。1980年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中 心。1 983年3月经国务院批准，将卧龙保护区内汶川县的卧龙、耿达两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部，省双重领导体制，由林业厅代管。同年7月，省政府，原林业部联合作出了将四川省汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局合署办公的综合管理体制。
　　国家和四川省命名卧龙自然保护区为“科普教育基地”“爱国主义教育基地”。
　　多年来，卧龙自然保护区着眼于建设一流的国家自然保护区目标，坚持保护和合理利用的方针，积极开展保护、科研、社区建设等工作，使大熊猫为主的野生动植物资源和高山生态系统得到有效保护。特别是大熊猫的研究取得了突破性进展，1990年至2001年已成功地人工繁殖大熊猫34胎，51仔、成活42仔，并在全世界范围内开展了大熊猫认养活动，保护区积极寻求对外合作，建立合作开发机制，现已同山东鲁能信谊旅游集团签订开发协议，力争实现2005年前建成大熊猫生态旅游胜利的目标。目前，区内经济得到有效发展，人民生活水平显著提高。基础设施建设发生根本性改善，保护区的建设和发展向符合中国国情的良性循环方向发展。

旅游指南

　　景点门票
　　进山费：15 大熊猫馆：30 小熊猫馆：5 英雄沟：25