类，有少量的古北界种类和广布种。生态地理动物群落是由季负区亚热带阔叶林和林灌动物群组成。半树栖生活的有南亚热带的云豹，暖温带的猕猴，中亚热带的藏酋猴，亚热带的红腹锦鸡，广泛分布的鸢，以及古北界的雀鹰、松雀鹰、红脚隼、领鸺鹠、斑头鸺鹠等猛禽类，林灌型动物有季风区的豹、黄喉貂，北亚热带的金猫，中亚热带的大灵猫、小灵猫，南亚热带的豺和水鹿。山溪水栖的有以鱼类为食的水獭，游禽类的鸳鸯和珍贵稀有的凶猛鱼类－川陕哲罗鱼。
　　（２）适温性南北动物群：分布于海拔2000－2600米的针阔混交林带。动物的区系组成与上带比较，东洋界种类开始减少，而季风区古北界种类有所增加，生态地理动物群落是由适温性针阔混交林灌动物群组成，树栖种类有西南特有的古老动物金丝猴，猛禽类除金雕和鸢等广布种外，主要是古北界种类，如雀鹰、松雀鹰、普通鵟、棕尾鵟、秃鹫、乌雕、红脚隼、雕鸮、灰林鸮等，半树栖的有南亚热带的云豹，中温带的黑熊和北亚热带的金猫等猛兽，东洋界的红腹角雉，古北界的勺鸡、血雉等。林灌生活的主要是喜马拉雅横断山脉型的大熊猫、小熊猫、林麝等，还有南亚热带的水鹿，季风区的黄喉貂等，林缘峭壁活动的主要是北亚热带的鬣羚。
　　（３）寒温性北方动物群：分布于海拔2600－3600米的针叶林带。区系组成中，兽类的东洋界成分与古北界成分混杂掺半，而鸟类则主要是古北界种类，树栖种类主要是古北界种类，如斑尾榛鸡、血雉、雕鸮、灰林鸮、松雀鹰、棕尾鵟、普通鵟、乌雕等，另外还有少量的东洋界种类，如金丝猴、红隼等和广布种金雕等。林灌生活的主要是大熊猫和小熊猫，林缘有高地型的马熊、马麝，林缘峭壁、峰林和岩石间活动的有鬣羚、斑羚、岩羊等。
　　（４）耐寒性高地动物群：分布于海拔3600－4400米的高山灌丛草甸带。区系组成主要是古北界的种类，除少量西南地区和北方种类外，主要是青藏高原的高地型动物，西南山地的种类有扭角羚、绿尾虹雉、藏马鸡等，青藏高原高地型的种类有白唇鹿、白臀鹿、雪豹、马麝、岩羊、雉鹑等，北方型的有石貂，中亚型的有兔猕等，另外还有古北界的普通鵟、兀鹫、胡兀鹫等大型猛禽。
　　（５）耐高寒的青藏高原动物群：分布于海拔4400米以上的流石滩稀疏植被带。如雪豹、白唇鹿、白臀鹿、岩羊、雪鹑、藏雪鸡等。它们全属青藏高原向东延伸的种类。
　　２、动物资源
　　（１）物种多样性：卧龙自然保护区曾与西华师范大学生物系珍稀动植物研究所合作考察，记录在案的动物有2200种左右，其中昆虫约1700多种，脊椎动物437种。有兽类7目23科109种或亚种，占四川种数的50％；鸟类13目43科281种3亚种，占四川种数的52％；爬行类1目5科21种；两栖类有2目5科18种；鱼类有3目5科11种。
　　（２）珍稀濒危动物：卧龙自然保护区由于特殊的自然环境与地理位置，保存了不少古老子遗动物，是我国大熊猫的主要分布区，大熊猫的数量约占全国总数的10％，列为国家重点保护的珍稀濒危的高等动物有57种，其中一级保护的有大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）金丝猴（Rhinopithecus roxellanae）等13种。二级保护的有猕猴、藏酋猴等44种。
　　（3）资源动物：卧龙自然保护区动物不仅种类繁多，而且很多种类都有相当大的数量，具有很高的经济价值，按用途可分为以下几种类型：
　　a. 观觉动物：这类动物的体色彩的明快或形太可爱，兽类如大熊猫、小熊猫、金丝猴等，鸟类如红腹锦鸡、红腹角雉等，昆虫如多种凤蝶等。还有些动物的角或羽毛可制作装饰品。
　　b. 毛皮用动物：这类动物毛皮等制作裘皮、皮革、羽绒等，如毛冠鹿、香鼬、黄喉貂、羚牛，以及多种鸟类、蛇类等。
　　c. 药用动物：许多名贵中药村都来自动物，如麝香、鹿茸、熊胆、豹骨、猴头、燕窝、蛇胆等，卧龙有丰富的贮产量。
　　d. 肉用动物：绝大多数脊椎动物都有食肉价值。野味珍品果子狸、斑鸠等在卧龙不但分布广，而且数量多。　
　　e. 其他有益动物：主要是一些食鼠类如猛禽类、蛇类等和食虫类动物，如一些食虫兽类、鸟类、两栖类、爬行类等，这些动物对防止鼠害和森林病虫害等有很大作用。
　　3、重要物种
　　兽类
　　　有86种，录属7目24科，其中啮齿目7科26种，食肉目7科23种，食虫目3科14种，偶蹄目3科12种，翼手目2科6种，兔形目1科2种，灵长目1科3种。
　　区系组成复杂，它既有北方的种类（如全北界特有的鼠兔科、跳鼠科及主要分布于全北界的鼹鼠科），也具有南方的种类（如旧大陆热带－亚热带特有的竹鼠科及主要分布于这一地区的猴科、灵猫科和豪猪科），更具有横断山脉－喜马拉雅山脉特的有或主要分布于这一地区的兽类，如大熊猫、小熊猫、四川水麝鼩、蹼鼩等。
　　从兽类的区系从属关系来看，可以分为以下几个类型：
　　（1）古北种：主要或完全分布于古北界的种类，共26种，占保护区已知兽类种数的30.21％，如狼、狐、藏鼠兔和岩羊等。
　　（2）东洋种：主要或完全分布于东洋界的种类，共54种，占62.79％，台马铁菊头蝠、短尾猴、猕猴、金猫、云豹、大熊猫、小熊猫、四川短尾鼩和毛冠鹿等。
　　（3）广布种：广泛分布于古北界、东洋界的3种，即香鼬、野猪和小家鼠，占保护区的3.5％。
　　（4）区系从属关系不明者3种，占3.5％。
　　由于本区地势相对海拔高度变化大，兽类垂直分布差异明显。其趋势是随着海拔高度的增加，各垂直带的兽类种数递减，古北种逐渐增加，东洋种、广布种逐渐减少。除高山灌丛草甸带外，各带中占优势的是东洋种，占种数的75％以上，而古北种均在21％以上。
　　兽类中不少种类是我国特产或主产的珍稀动物，其中属于国家一类保护动物的有熊猫、金丝猴、牛羚和白唇鹿等四种，其数量除白唇鹿外均较大；属于国家二类保护动物的有猕猴、短尾猴、小熊猫、兔狲、金猫、猞猁、云豹、豹、雪豹、林麝、马麝、毛冠鹿、水鹿、白臀鹿等14种；属于国家三类保护动物的有石貂、大灵猫、小灵猫、斑羚、鬣羚、岩羊等六种。
　　除国家规定的保护动物外，毛皮兽和制革用的动物种类共22种，如黄鼬、赤狐、黄喉貂、貉、果子狸、豹猫、小鹿、豺和猪獾等。药用动物的种类也较多，其中许多属于国家保护动物，如林麝、马麝、水鹿和白唇鹿等；此外如猴、豹、鬣羚和斑羚等的角或骨均可入药。
　　鸟类
　　　本区共有鸟类232种和另3亚种，隶属13目38科，其中繁殖鸟212种，非繁殖鸟20种。在繁殖鸟中，其区系从属关系可分为三个类型：
　　（1）古北种：有113种，占繁殖鸟种数的53.3％；
　　（2）东洋种：有85种，占40.1％；
　　（3）广布种：有14种，占6.6％。
　　本区鸟类在区系组成上，古北界与东洋界的种类互相渗透，混杂十分明显。例如有属于古北界华北区的雨燕，有属于典型的青藏高原种类的雪鹑、雪鸡、雉鹑、岩鹨、林岭雀、高山岭雀和多种朱雀等；有属于北方型的旋木雀、牛采伯劳等；有属于东洋界而为西南区特有的种类如血雉、绿尾虹雉、斑尾榛鸡等；也有在东洋界特别繁盛而分布在本区的画眉类、山椒鸟和太阳鸟等；还有主要分布于华中区的红腹锦鸡。
　　各垂直带的鸟类其种群替代现象明显，从亚热带常绿阔叶林带到高山灌丛草甸带，古北种的种数及其占繁殖鸟类种数的百分率逐渐增加，各带东洋种的种数及其占该带繁殖鸟类种数的百分率随海拔的增高而降低；广布种的种数及其所占百分率也是随海拔的增高而明显地降低。
　　在保护区内珍稀鸟类也不少，属于国家二类保护动物的有红腹角雉、绿尾虹雉、藏马鸡等三种；属于国家三类保护动物的有金雕、蓝马鸡、血雉三种。区内有我国特产的鸟类29种，占全国特产鸟类的50％，如斑尾榛鸡、雉鹑、绿尾虹雉、橙翅噪鹛、酒红朱雀等。羽用鸟类有2