1908年，精通汉学的法国考古学家伯希和在得知莫高窟发现古代文物后，立即赶到敦煌。他在洞中拣选了三星期，最终以600两银两为代价，获取了1万多件堪称菁华的敦煌文书，后来大都入藏法国国家图书馆。

    除了藏经洞文物受到瓜分，敦煌壁画和塑像也蒙受了损失。伯希和于1923年到来的哈佛大学兰登·华尔纳先后利用胶布粘取了大批有价值壁画，有时甚至只揭取壁画中的一小块图像，严重损害了壁画的完整性。

    除了斯坦因等人，沙俄的鄂登堡、日本的桔瑞超等人的偷窃和掠夺，都使莫高窟的文物蒙受重大损失。国学大家陈寅恪有言：“敦煌者，吾国学术之伤心史也。”

    经过数十年的洗劫，上世纪40年代，国民政府将莫高窟收归国有，设立敦煌艺术研究所，由留学法国归来的油画家常书鸿任首任所长，延聘一些画家和学者，走上了敦煌石窟文物保护、研究漫长而艰巨的道路，改变了莫高窟无人管理的混乱状态。

    1950年，敦煌艺术研究所改名为敦煌文物研究所，依然由常书鸿主持，确定了保护、研究、弘扬的基本工作方针。20世纪50年代以来，包括莫高窟北区在内，保护部门在莫高窟实施了六期加固工程。