任务后，她又去新疆塔里木盆地考察。她在对各油田及石油勘探区中、新生代地层及生物群的沉积特征和生活环境有了系统的了解后，逐渐形成了新的研究课题，探讨各地区地层顺序及化石组合，进一步考虑介形类动物群横向的地理分区和纵向的演化等等，常常与各地区兄弟单位同行共同发表论文和专著，这样做既创造了新的成绩，又帮助了基层同行友人的进步与提高，从而把中国整个介形类古生物学推进到更新的阶段。
　　侯祐堂不但是中国科学院古生物研究所介形类专业组的组织管理者，而且是全国介形类古生物学界的学科带头人。她对于业务工作的提高，特别注意了几个方面。首先，要急国家之所急，承担生产中的研究任务，进行深入系统的研究。其次，要带着生产中提出的问题，到有利于解决问题的地区和单位，系统观察采集，搜罗第一手材料，针对问题，进行研究。第三，切忌单打一，因为单一学科研究发展到一定程度就难以再深入发展下去，所以，必须创造条件使多学科、多手段相互渗透，综合研究，针对重大关键问题，联合攻关，才能取得突破，产生更大效益。这些也正是她们专业组的成功之道。
　　侯祐堂十分注意介形类古生物学知识在广大地质古生物工作者中的普及。1951年，当她刚开始学习和研究介形虫化石时，就把自己初步心得体会写成《介形虫的简单介绍》一文，发表在《地质论评》上。为了满足大规模地质普查勘探工作的急需，中科院古生物研究所于1957年编辑了一套《中国标准化石•无脊椎动物》，侯祐堂撰写了其中第三分册的节肢动物门甲壳纲鳃足亚纲及介形虫亚纲。此书简明扼要，文图并茂，在当时的地质实践中起了很大作用。中国科学院古生物研究所编辑出版的系列通俗《古生物小丛书》中，侯祐堂、陈德琼、黄宝仁、何俊德撰写的《介形虫化石》一书于1963年出版，对于从事介形类古生物学研究的初学者来说是入门的好向导。

侯祐堂-学术舞台

　　侯祐堂及其专业组十分重视国际学术交流。他们与国外同行学者、友人在出版品（论文抽印本、专著等）方面从未间断过交流，从而使他们随时能掌握本学科研究的世界动态。她本人和专业组人员也多次以访问学者身份出国考察、参观、学习、交流，参加国际会议，以及从事协作科研。
　　1960年，她去苏联访问了4个月，主要去了莫斯科苏联科学院古生物研究所及全苏石油地质勘探研究所，了解其对微体化石分析处理方法和实验室设备。也了解他们对各时代介形类研究的现状。前苏联在对介形虫分析处理方面有“单杯法”、“双杯法”、“苏波金娜法”，值得我们学习。1975年，她曾去阿尔巴尼亚地拉那大学等4个单位考察，并观察野外剖面。她又去罗马尼亚地质地球物理研究所参观、访问，并去野外看剖面。1980年，她去美国也访问了4个月，主要访问了美国联邦地质调查所（USGS）的索恩教授和特拉华州立大学地质系的斯维因教授，并参观了几个地区的有关单位，重点观察了美国中、新生代非海相模式标本及发表的标本，与有关学者讨论化石属种鉴定问题。并参观他们的实验室，了解先进仪器设备的使用，以及介形虫化石切片的处理操作等等。趁机她收集了若干专业书刊资料，补充自己的不足，丰富本所图书馆的藏书。侯祐堂与美国斯维因教授合著的《某些有用的非海相中生代介形类的地层时代分布》一文就于1982年在美国得克萨斯州休斯敦召开的“第8届国际介形类会议”上宣读并出版。
　　1979年，第7届国际介形类会议在南斯拉夫贝尔格莱德举行，侯祐堂与耿良玉、曹美珍等提交了论文《中国中、新生代介形虫研究之进展》，后在该会议论文集上出版。1985年，侯祐堂出席了在日本静冈举行的第9届国际介形类会议。会间还去东京湾现场采集标本。1986年她又出席了在澳大利亚瓦加瓦加举行的第2届浅海特提斯会议，并去野外观察剖面。通过一系列的国际交流，找出我们与发达国家业务技术上的差距，找到了迎头赶上国际水平的研究方向。同时，也向国际同行友人展示了中国介形类古生物学突飞猛进的光辉成就，弘扬了我们的优势和特长，提高了中国在国际学术舞台上的地位。
　　作为一名共产党员，侯祐堂有着十分明确的人生观、世界观、价值观。她深知一个正直的人必须要做对国家和人民有益的事，以报答党、国家和人民对自己的培育之恩。她回想起新中国建立以后，妇女地位提高，自己有幸进入科研人员行列，并选择了介形类古生物学为自己主攻方向，本单位又为自己创造了一切必要的条件，自己就兢兢业业，勤勤恳恳，为之奋斗终身。她胸襟坦荡，志向宏伟，从不在名利场上角逐，只是埋头于自己的三尺办公桌，在这一方科学净土上脚踏实地，默默耕耘。她一心琢磨的就是为党、为国家“出成果，出人才”，也就是多发表论文、专著，多教导、培养晚进后学者。虽然她没有获得科学界更高的荣誉和头衔，但她毫无怨言，从不计较，她始终对比自己获得更高荣誉的人十分尊重，虚心学习别人的优点。正因为如此，她高尚的人品赢得了更多人真心实意的尊敬和拥戴。