为这位老前辈对当时的新技术是表示怀疑的（微量分析仅用３至５毫克）。于是庄长恭将这一样品送给德国两家著名的微量分析实验室验证。事隔一个月，德国两家分析的报告寄回来，和黄耀曾的结果完全相同！因此改正了贝母生物碱的经验式（福田昌雄和我国一位老前辈的经验式都是Ｃ１９Ｈ３０ＮＯ２，黄耀曾改正的经验式为Ｃ２７ ，Ｈ４５ＮＯ３）。２０多年以后，朱子清便是根据新的经验式，进一步研究贝母生物碱的结构，知道它是甾体生物碱，以后并由国外学者合成得到证实。从此，有机微量分析在我国站稳了脚跟。这一新技术以后逐渐传播至国内其他单位。有机化学所的微量分析现在还承接澳大利亚、香港等地的样品。
　　另一件崭露头角的事，是关于有机合成的。黄耀曾在做有机微量分析的同时，还跟庄长恭做甾体有关化合物的全合成。一次庄长恭叫他依照Ｒ．鲁宾逊（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ）爵士的路线制备４－（ｍ－甲氧苯基）丁酸（３）。这个化合物是庄长恭设计合成女性激素的必要原料，黄耀曾认为鲁宾逊的路线过长（需２０步），提出另一
　　条路线，即从易得的原料（４），经硝化、还原、重氮化、甲基化制成（５），然后用克莱门森还原而制得目的物（３）。当田遇霖放大合成，顺利地制得（５）以后，克莱门森还原发生了问题，粗产物纯化很难。于是黄耀曾征得庄长恭的同意，先制得缩氨基脲（６），再用浓烧碱液处理，实验中放出氨气，取出少量反应物，用酸酸化，有二氧化碳逸出，黄耀曾很兴奋，估计实验做成了。但产物做定性分析时，含有氮！摆在他面前的是继续探索，还是就此歇手。黄耀曾没有气馁，经过一夜思索，猜想氮未逸出，产物是（５）的腙。于是在次日重复实验，加高反应温度，果然于当晚得到（３）。此事被庄长恭大加赞许。这是１９３６年的事。数年后（１９３９年）美国Ｗ．Ｅ．巴哈门（Ｂａｃｈｍａｎｎ）发表了第一个甾体激素——雌马甾醇的全合成文章，和庄长恭曾经设计的路线完全相同，并且引用了前面所述的化合物（２）水解成一元酸的结果。
　　面向经济、面向国防的几项成就
　　“活着总得为人民做点好事，天生我材必有用”，这是黄耀曾的座右铭。中华人民共和国成立后，他转入中国科学院上海有机化学研究所为研究员。华东农林部交下一个任务，有机汞杀菌剂“西力生”的剖析和试制。他了解到华东地区小麦的黑穗病、棉花的红腐病和立枯病危害剧烈，使农作物减产达５０％以上。黄耀曾毅然接受这一任务。他和王有槐研制“西力生”合成，并且打破前人的框框，制得样品。并与沈青囊合作放大生产移交给沈阳化工厂，以两万吨规模供销市场，基本上消灭了这些病害。黄耀曾又为了节约外汇，与上海鱼品加工厂协作，和涂通源一起研制成功维生素Ａ的改进合成方法，这一方法迄今还在上海第六制药厂继续生产。
　　５０年代国际上的抗菌素除青霉素外，还有金霉素、土霉素、链霉素，后几个品种当时就占了抗菌素产值的４０％，我国都依赖进口。黄耀曾在全国抗菌素委员会的领导下，负责金霉素的提取纯化。由于摸清金霉素对酸、碱的变化，他和戴立信、倪大男等和第三制药厂合作改进了金霉素的提取路线，得到了金霉素的结晶，并迅速投产。
　　金霉素研究中第二项工作是它的结构。在汪猷、黄耀曾领导研究结构的同时，美国的Ｒ．伍德沃德（Ｗｏｏｄｗａｒｄ）等发表了一篇土霉素结构的文章。汪猷、黄耀曾和丁宏勋等于１９５４年在北京召开的国际抗菌素会议上报告了他们的成果。概括起来有三点：（１）直接从金霉素通过锌粉蒸馏得到并四苯，在他人的工作中则有开环的可能，有机所的工作更为直接；（２）关于二甲胺基和角羟基的位置作了进一步的肯定；（３）把金霉素脱氯以后的降解物和土霉素降解物进行比较，终于从化学上把这两个抗菌素的结构沟通起来，因而也证明了金霉素的结构；（４）金霉素在碱性条件下易于开环变成异金霉素，而在酸性条件下易于变成脱水金霉素。正是由于了解了金霉素在各种酸碱度时的变化，所以金霉素的提取纯化才能迅速完成。
　　在金霉素的全合成中，做了下列的研究：（１）伍德沃德的合成选择脱羟脱甲基金霉素作为目标，黄耀曾的研究组选择脱水金霉素作为合成目标。两年以后，国外完成了从脱水金霉素转化为金霉素的化学反应，说明黄耀曾的研究组当时选定的目标是对的。（２）多环化合物如何形成，各官能团如何安排，研究组做了许多模型试验，设计的路线与伍德沃德后来发表的有多处类同，也与英国Ｄ．Ｈ．Ｒ．巴顿（Ｂａｒｔｏｎ）爵士后来发表的有多处类同。说明我国的这项研究已接近国际水平。金霉素的研究曾获１９５６年中国科学院奖。
　　黄耀曾领导的多环化合物研究组，正值进行攻坚，胜利在望的时候，却被领导宣布停顿，让他改行做国防科研。对于金霉素全合成的下马，他不无遗憾，因为他曾为此付出过大量心血。但是，作为一个爱国科学家，黄耀曾对于国防科研的上马，又感到责任重大，于是他又全身心地投入于国防科研的新的研究领域。“活着总要为人民做点好事”，他始终未忘却自己的座右铭。
　　黄耀曾和其他研究工作者一起，在我国首先应用元素氟来氟化碳氢化合物，并在研究氟塑料、氟表面活性剂、新型粘结炸药等领域中为国防科研做出了重要贡献。
　　他对于接受国防任务是全力以赴的。有几件他最兴奋的事。一次张劲夫、钱学森来到有机所，提出要把元素氟的车间建立起来，因为当时希望发射液氢、液氟火箭，而我国已有了一般的火箭推进剂。这是一项重要的国防任务。黄耀曾和戴行义等先在上海化工研究院，后在有机所的实验厂建立元素氟车间。虽然以后计划改变，但是这个车间的建立对以后氟油任务的完成影响很大。因为当时苏联专家已撤走，分离同位素用的全氟润滑油等关键材料也已运走，我国科研人员只好自己干。由于这项工作以及萃取剂、离子交换树脂等工作受到有关部门很高的评价。在一次全院大会上，钱三强把有机所党委副书记和黄耀曾拥抱起来，说感谢有机所的工作，使我国原子弹的爆炸提前了一年。这是使黄耀曾兴奋不已的第一件事。
　　第二件事是研制新一代核武器所需特殊炸药的问题。有机所当时参予承担这一任务，在黄耀曾领导下，有４０多位同志与西安、兰州有关研究所协作，干了３年多时间。当时有几个方案在另外几个单位同时进行，研制出来的产品要经过严格考核，考评的项目很多。最后兰州化学物理所与有机所的方案被选上了。这个方案以后正式在武器上得到实际应用。
　　第三件让他难忘的事是公安部曾经交给有机所一个任务，剖析外国特务的密写纸，要求弄清其中的特殊化学成分，并要求密写后的无色字迹显出颜色来。当时，仅有的几张密写纸在别的研究单位剖析中都未得出结果而报废了，手头上只剩下半张纸。成败在此一举。这项任务落到黄耀曾身上后，他应用各种分析手段精心剖析，冥思苦想，终于弄清了密写纸药剂的特殊成分，又把无色的字迹显出颜色来。１９８４年公安部某研究所所长，赞扬有机所为破获重大案件做出了杰出贡献。自从密写纸被识破以后，就再没特务敢在中国使用这种密写纸了。为此黄耀曾常说：“只要对国家对人民有利的科研项目，我们应当积极承担，并且应当全力以赴，争取出色地完成”。
　　由于这些工作，黄耀曾获得了国防科技工作委员会颁发的“献身国防科技事业”奖章。