9年上海解放前夕，他与中央研究院动物研究所的全体职工一起，不顾国民党特务的威逼利诱，挫败了将研究所迁往台湾的阴谋，从而翻开了自己历史新的一页。
　　

伍献文先生被任命为水生生物研究所副所长

　上海刚刚解放不到两个月，伍献文就接到了参加新中国第一次自然科学工作者代表大会筹备会议的通知。漂泊半生的伍献文感到无比激动，他决心将自己的后半辈子完全献给新中国的科学事业。他参加了中国科学院的筹建工作。中央研究院动物研究所及植物研究所的藻类专业人员，于1950年联合组成了中国科学院水生生物研究所，并先后分设青岛、厦门两个海洋生物研究室和太湖淡水生物研究室。伍献文被任命为水生生物研究所副所长兼太湖淡水生物研究室主任。1954年，青岛海洋生物研究室独立直接隶属中国科学院领导，而水生生物研究所及其所属太湖淡水生物研究室一起搬迁到武汉市武昌的东湖之滨，成为以淡水生态学为主的我国水生生物学研究中心，伍献文一直主持该所鱼类学的研究工作。在科学研究为国民经济建设服务的方针指引下，中国科学院水生生物研究所的研究工作，一直围绕着如何加速淡水渔业发展这个中心内容进行，鱼类学研究的重点也逐步转移到生态学领域。
　　

伍献文先生当选为中科院院士

　自从1950年担任中国科学院水生生物研究所副所长以后，伍献文陆续又担任了许多职务。1955年被聘为中国科学院学部委员，担任过中国科学院武汉分院院长、水生生物研究所所长和国家科委水产组副组长。他还是中国人民政治协商会议全国委员会的常务委员，九三学社中央常委，又是湖北省人民代表大会常务委员会的副主任。虽然领导工作和各项兼职占去了伍献文的许多时间，但他始终没有忘记自己是一个科学家，主要的任务是科学研究。他决心为调查祖国丰富的淡水鱼类资源作出新的努力。历经20多年的标本收集、资料整理和悉心研究，图文并茂的《中国鲤科鱼类志》上、下卷分别于1964年和1977年出版。
　　《中国鲤科鱼类志》下卷出版时，伍献文虽已78岁高龄，但壮志未衰，又作出了一个赶超世界先进水平的战略部署。他对助手们说：“我们的这部书在中国的鲤科鱼类的种类及其分布的记录上是有很大的增加，但是在鲤科及其所属各类群的系统和宗系发生关系上，仍不脱前人之窠臼。下一步的工作重心应该转到研究鲤亚目鱼类的系统发育上去。”经过无数个不眠之夜，伍献文和他的助手们取得了丰硕的成果——提出了鲤亚目鱼类的新分类系统，占领了这个领域的世界前沿。
　　从1924年伍献文在厦门大学季刊上发表《浙江瑞安所产蛇类初志》的第一篇研究报告开始，60年来，他在国内外科学刊物上发表论文及专著共计80余篇（册）。其中有关鱼类学论文45篇，有关线虫及其它蠕虫的论文16篇，有关节肢动物和爬行类、两栖类等其它动物的论文11篇，还有关于海洋及湖泊调查、鱼类考古学研究的报告多篇。

杰出的鱼类学家

　　伍献文是站在中国近代鱼类学高峰上的少数几位科学家之一，他一生的学术进展反映了中国鱼类学的发展。从20世纪20年代到30年代，是他奠定鱼类学的坚实基础和初露锋芒的时期。在这一时期，他有关鱼类学的研究虽说比较零散，然而却卓有成效。他的第一篇鱼类学论文《厦门鱼类之调查》发表于1928年，是中国研究鱼类的早期著作之一。其后，在他留学法国巴黎期间，发表了博士论文《中国比目鱼类的形态学、生物学和系统学的研究》（1932），并以此初步确立了他在鱼类学研究中的地位。这篇论文记载了分布于中国的比目鱼类5科33属65种，对比目鱼器官系统的解剖和生物学作了详尽的描述。这些工作不仅在国内同期同类研究中处于领先地位，也受到国外同行的推崇。
　　40年代，是伍献文科学生涯的第二个时期。由于当时恶劣的战争环境，伍献文不得不将研究工作的重点从野外调查转移到实验室内，而这个转变导致了我国鱼类学研究史中出现了以鱼类生理学和功能形态学为主的新局面。在40年代之前，有关鱼类的生理学及其结构与功能的研究尚属空白。从1940年到1947年，伍献文及其早年的学生，我国著名的鱼类学家刘建康、张孝威等人，连续发表了多篇有关黄鳝气呼吸机理的研究报告，比较详尽地从形态学、组织学及生理学的角度探讨黄鳝的气呼吸器官的结构与功能。还进行了纹胸鮡的吸着器的组织学、鲤鲫鱼杂交实验、鳑鲏鱼的胚动现象等有关鱼类生理学和功能形态学的研究工作。这一大批印在当时内地土制毛边纸上的科学文献，既象征了我国早年鱼类学家们的艰辛历史，也显示出我国鱼类学研究的一个新的进步。
　　中华人民共和国成立以后，伍献文开始了他的鱼类学研究的第三个时期。祖国的统一，国家建设的需要，使他得以实现30年前被战争中断了的研究设想，即系统地调查祖国丰富的淡水鱼类资源，全面开展鱼类分类区系的工作。他所直接领导的鱼类分类组的科技人员，按照他的规划，爬山涉水，足迹遍及祖国的江河湖泊。从东北的三江平原到海南岛的五指山畔，从青藏高原的冰川雪河到东海之滨的溪流沟涧，采回了大批鱼类标本，在水生生物研究所建立了收藏有30余万号标本的规模宏大的淡水鱼类标本室。他们用大量由模式标本产地采来的地模标本代替流散在国外的中国鱼类的模式标本，基本摆脱了只有依靠“洋人洋书”才能研究中国鱼类的被动局面。在拥有大量标本的基础上，伍献文以占中国淡水鱼类一半的鲤科鱼类作为研究对象，同他的助手一起开始了艰巨的整理工作。1964年，《中国鲤科鱼类志》上卷由上海科学技术出版社印行，在国内引起了较大的反响，国外学者发表了专文评论，给予高度评价。“文化大革命”差一点毁灭了这一科学著作的后半部，但就是在他遭受迫害的这段时间，他也一直将写完这部书作为自己的努力目标。就在他获得自由的第一天，他提出的第一个要求就是：“请允许我拿起笔，我要将《中国鲤科鱼类志》写完。”从此以后，无论白天黑夜，节日假日，人们都能看到这位年逾古稀的老人，关在自己的办公室内，时而观察和测量标本，时而查阅文献，时而俯首疾书。慢性支气管炎等老年性疾病一直缠绕着他，但为了挽回被耽误的时间，他即使感到身体不适，也仍坚持到实验室工作。1976年，《中国鲤科鱼类志》下卷终于出版了。《中国鲤科鱼类志》全书共70余万字，系统地描述了分布于我国的鲤科鱼类113属412种，并附有精美的图版。它不仅是研究中国淡水鱼类的必备文献，也是研究全世界鲤科鱼类的重要资料。日本学者已将上卷译成日文出版，下卷也在翻译之中。欧美的许多鱼类学家也来信建议出版英译本。这部著作在1978年全国科学大会上得到大会奖励，1982年被评为国家自然科学奖二等奖。
　　伍献文在不断提高科学研究理论水平的同时，还十分注意科学研究为国民经济建设服务。在60年代，他极其关心三峡工程对长江鱼类资源的影响问题，坚持开展长江鱼类资源调查及其变动规律的研究。在葛洲坝工程建设中，他发表的关于救鱼措施的正确意见，为国家节约了一大笔投资。
　　

1982年伍献文在淡水鱼类博物馆观察标本

　伍献文学术生涯的第四个时期开始于他78岁高龄之后，工作重心是研究鲤亚目鱼类的系统发育。鲤亚目是现有淡水鱼类中最大的一个类群，共计约有250个属2500余种，广泛分布于亚洲、欧洲、非洲和北美。近百年来，许多鱼类学家尝试提出的分类系统，尚无一个能令人满意。中国是鲤亚目鱼类最丰富的国家，约有145属580种，具有研究鲤亚目鱼类系统发育的得天独厚的条件，能做许多外国学者想做而不能做的工作。伍献文和他的助手解剖和观察了鲤亚目中有代表性的78属123种鱼类的骨骼，并引进和使用了国外在70年代才发展起来的分支系统学的原理和分析方法，对观察结果进行了比较分析。他