但溅到婕娜脸上的血使杰森通过追踪找到了绝地武士的基地舍度·玛德。紧接着，联邦在战役中失败。达斯·凯度斯阵亡，他的徒弟塔希莉·薇拉被俘。绝地武士和贾格德·费尔，以及加入他们阵营的莫夫评议会一道，与同盟开始了谈判。他们重组了银河联盟，并任命先前隶属于帝国的娜塔希·达拉为国家元首。达拉有能力恢复稳定和秩序，并认识到索罗对于星系和平的梦想。
　　--新的帝国与奥修斯计划--
　　在第二次银河内战结束后的几年，新绝地武士团重新加入了联邦，而帝国残余也重新获得了一些从前力量和声望。在费尔王朝的领导下，残余部渐渐地再一次开始将自己重建为帝国。
　　过了一些时候，银河联盟开始了三巨头的执政方式。联盟还着手一项野心勃勃的新工程——奥修斯计划。在新绝地武士团的支持下，由科尔·天行者和遇战疯塑造者内·林种姓领导的奥修斯计划，旨在测试通过塑造科技来恢复行星的生态系统。结果获得了成功，奥修斯创造了一个绿荫环绕的丛林星球。
　　一百个星系被联盟选中参与这个重塑工程。然而，一个死灰复燃的西斯组织破坏了计划，使这些星球的居民非常痛苦和愤怒。绝地立刻怀疑是有人破坏，但无力证明。就在很多地方都开始怀疑是遇战疯使工程失败的时候，绝地武士团敦促银河联盟支持Vong，反对批评者。这些愤怒的星球开始宣布中立，或从联盟独立。
　　--西斯-帝国战争--
　　

安塞科斯星球

死而复生的帝国利用了奥修斯计划失败后的时势，趁机拉拢联邦的成员星球。在签署了安纳克塞斯协定之后，新帝国向银河联盟宣战。由于内部分|裂分子在一些地区的活动，联盟的力量遭到了削弱。联盟和绝地武士团开始不断失去领土。
　　在战争的第二年，达斯·克雷特和西斯组织与帝国结盟。经过三年的战斗后西斯-帝国战争最终以联盟在卡马斯战役的失败，以及帝国对科罗桑的占领而结束。帝国立刻成为银河政|府的首要执政者，并向重要的星球转移政府席位。
　　联盟剩下的部分行星向帝国投降。但在短时期内，他们仍由现存的联盟领导，只是名义上归属帝国霸权。征服者的长远计划是将联盟的官僚制度同化为帝国的政府机器。
　　（都不怎么好听- - ）
　　--银河联盟残余--
　　后来，联盟剩余的军事力量仍以银河联盟中央军的形式活跃。联盟的舰队指挥官，杜罗斯人上将加·斯塔基，仍继续与克雷特的帝国军作战。在联盟投降后的七年里，斯塔基上将的舰队一直在打游击战。因为供给紧张，且总要做到比帝国军抢先一步，银河联盟残余的境况就像是当年为了恢复共和国的联盟残余一样。
　　（这句话很纠结，不太明白。到底是像叛军联盟还是后来又出现过的的某个联盟啊？不过反正只是个比喻，能看懂意思就行。）
　　

威尔(Wheel)空间站

在ABY 137年，被废的皇帝罗安·费尔想与联盟代表谈判，达成同盟以共同对抗西斯。斯塔基上将被委派在威尔的会议上代表银河联盟残余，但是计划破产了：西斯的破坏者使斯塔基相信帝国穿梭机向他开火。在一次短暂的交火后，双方都被空间站的管理者波·特姆勒令离开威尔，因为签署条约明显无从谈起。
　　尽管达斯·克雷特在名义上统治了整个星系，但仍有许多属于银河联盟的地区没有被征服。这些星球或星域为斯塔基上将的银河联盟中央军提供材料和资源。
　　考虑到西斯缺乏耐心，还有联盟军几乎成了一支海盗舰队，斯塔基计划俘虏一艘位于蒙·卡拉马利的最新横行级歼星舰，横行号，这样舰队以后就可以做更大规模的攻击行动。尽管这实际上是德鲁·瓦兰上将为消灭他而设置的陷阱，但斯塔基仍然成功窃取了横行号，并摧毁了蒙·卡拉马利三分之一的造船厂。这迫使西斯解散了卡拉马利议会。
　　然而，联盟和西斯都不知道的是，帝国武士已经在横行号上放置了炸弹，一旦星舰启动武器系统就会爆炸。不过最后炸弹还是被拆除了。而斯塔基考虑了与费尔的结盟，之后将这艘先进歼星舰重命名为“联盟号”。
　　

罗提尔战役

在达斯·克雷特死后，斯塔基上将领导一支巨大的联盟舰队与费尔的部队共同参与了罗提尔战役。在战斗之后，皇帝费尔与斯塔基讨论了战果。在一次关于他们所处的位置的简短争论后，费尔为芬尼尔的行为道歉。他说他原以为芬尼尔是理解这个情况的。
　　在自毁系统被一次齐射消灭后，坚定号被给予了费尔的部队，作为信任的象征。斯塔基已经证明了自己作为一个均衡的政治家，能在短时间内控制住费尔的威胁。联邦与费尔帝国的同盟持续了下去，尽管斯塔基也不知道它实质上还能持续多久。把联盟的武装力量整合到一起的任务落到了斯塔基的肩上。同时还要确保他的新盟友们不会降低身份到使用一些西斯帝国部队的策略。
　　（以上内容均翻译自Wookieepedia星战百科）