色玄武岩上的珊瑚较多，也较茂盛。
　　气候条件
　　保护区属于热带季风气候区，日照充足，年平均气温较高，四季不明显；降雨充沛，年际变化率较大；雨热同季，干湿季较分明。
　　潮汐与潮流
　　潮汐：徐闻海岸带潮汐现象主要是太平洋潮波进入南海后形成的。徐闻县与海南岛南北相对，之间的琼州海峡东西走向，略似条带形的内陆航道，东西两个出口分别连着七洲洋和北部湾，加上每年东南、西南、东北的季风和海峡沟底凹凸不平地形的影响，形成无规则的混合潮。保护区主要受北部湾不规则全日潮控制。
　　潮流：保护区内的潮流分布不均匀，南端与琼州海峡相连海区及水尾角西部海区的流速较大，而在湾内东场以西一带海面，流速很小，甚至不明显。
　　表层环流
　　保护区的表层环流主要受北部湾表层环流的控制，冬季受琼州海峡西向的表层环流影响较强，其环流方向以北向和西北向为主。夏季受西南季风吹送和琼州海峡东向环流的影响较强，其环流方向以东南向和南向为主。
　　水温
　　保护区海域最低水温在每年的1月，约为18℃左右。最高水温出现在7月，约为30.5℃，年平均水温为26℃左右。
　　灾害性天气
　　主要受热带气旋及台风、冰雹、龙卷风和寒潮影响。
　　

生物资源

　　珊瑚资源
　　保护区海域已查明腔肠动物门珊瑚虫纲共3目18科65种，其中，软珊瑚目7科27种，在软珊瑚目中，有柳珊瑚类5科23种，软珊瑚类2科4属4种；群体海葵目1科1属1种；石珊瑚目10科23属37种，这37种石珊瑚全部为国家Ⅱ级重点保护动物，并列入世界CITES公约《濒危野生动植物种国际贸易公约》。在石珊瑚目中，除木珊瑚科筒星珊瑚属的猩红筒星珊瑚和锥形珊瑚属的群栖锥形珊瑚为非造礁珊瑚外，其余种类均为造礁石珊瑚。整个海区以石珊瑚的种类最多，占总种数的57%；其次是软珊瑚，占总种数的42%；群体海葵的种类最少，占总种数的1%。
　　礁栖无脊椎动物
　　珊瑚礁生物群落是海洋环境中种类最丰富，多样性程度最高的生物群落，几乎所有海洋生物的门类都有代表生活在珊瑚礁中各种复杂的栖息空间，生活方式多样。据调查，保护区内礁栖无脊椎动物主要有：环节动物门(ANNELIDA)11个科12种，棘皮动物门(ECHINODERMATA)?6个科7个种，节肢动物门(ARTHROPODA)7个科19个种，软体动物门(MOLLUSCA)19个科33个种。除上述门类外还有腔肠动物门的海葵、海鳃及海绵动物门的若干种类。