保护区有国家重点保护动物猕猴、穿山甲、蟒蛇、虎纹蛙等生存繁殖。特别是猕猴，共有10群300多只，每当人们上岛旅游时，既可观赏山色海景，又可海浴逗猴，饶有趣味。
　　潮间带鱼类有36种，两栖、爬行类20多种。
　　弹涂鱼(图4)
　　图4
　　也称“跳跳鱼”、“泥猴”。鱼纲，弹涂鱼科。身体稍侧扁，长约10厘米，淡褐色，体侧散布暗色小斑。眼上位，能突出。腹鳍愈合成—吸盘，胸鳍基部具肌肉柄。常出水跳跃，退潮时常匍匐或跳动于海滨泥滩上觅食，可以食用。
　　灌木丛中彩蝶飞舞(图5)
　　图5
　　八、其他资源
　　陆上的植物、水中的动物、空中的鸟类自然形成一体，使海湾成为一个具有特殊科学研究价值的重要区域，得天独厚的自然资源为保护区开展生态旅游提供了优越的条件。保护区在保护的前提下求得自身的发展，突出经济特区的特色，为国家保存下这一不可替代的宝地。
　　九、交通情况
　　一、内伶仃岛区域：
　　内伶仃岛外部交通靠船运，在北湾建有码头，是岛外航运的衔接点，每星期有2次运输船来往岛上运送供应物资；岛内已有公路3条，全长16公里。现只有北湾码头通往蕉坑湾和南湾的路段约5公里汽车可通行，其余路段则需维修才能通行车辆。
　　二、福田红树林区域：
　　紧靠深圳市中心福田区，交通方便。深南大道由东向西横贯福田中心，广深高速公路和滨海大道由东向西从红树林区的边缘经过。
　　十、地质地貌
　　1、内伶仃岛是一个大陆型的岛屿，地质特征与深圳陆岸非常相似，据分析其四周的海陆下显示在第四纪时期才发生的，其岩性组成主要有震旦纪变质岩、燕山期花岗岩和花岗长岩，还有少量的第四纪洪、坡积和海积而成的松散沉积物。也是一个丘陵海岸基岩岛，地势东高西低，最高的尖峰山海拔340.9米；海拔200米以上的山峰有南峰坳和东角山，分别在岛的中部和东南部；其余山丘大部分在海拔100米以下。岛内地势起伏较大，坡度在20º-50º之间，局部岩石裸露，怪石嶙峋，海岸线长约11公里。
　　2、福田红树林地处深圳湾河口西北侧，与河口南侧香港米埔红树林共同形成一个半封闭的、且与外海直接相连的沿岸水体，并具河口和海湾的性质。该处河海相互作用，咸淡水混合，并有潮汐作用，还有丰富的细物质沉积和肥沃的水质，为红树林湿地的发育提供了良好的地貌与物质环境。本地区主要地貌类型有：冲积平原、沿海沙堤、红树林滩涂、泥质光滩涂、滩涂潮沟水道等类型。