1996 年初，当时的国家科委副主任徐冠华同志在视察武汉白鱀豚馆时提议，为了给白鱀豚和江豚的研究和保护工作提供一个较为稳定的经费补充来源，最好能够成立一个白鱀豚保护基金会。不久，武汉东湖新技术开发区管委会和中国科学院水生生物研究所联合向人民银行武汉市分行提出成立武汉白鱀豚保护基金会的申请。 1996 年 9 月，经人民银行总行批准，武汉市分行以 “ 武银非银 [1996]60 号 ” 文，批复同意成立武汉白鱀豚保护基金会。同年 12 月，武汉市民政局以 “ 武民政 [1996]199 号 ” 文批准成立武汉白鱀豚保护基金会，并登记注册。 1996 年 12 月 25 日，在武汉东湖新技术开发区管委会大楼举行了武汉白鱀豚保护基金会成立新闻发布会。 1997 年 1 月 25 日，在武汉杂技厅举行的白鱀豚保护专场晚会上正式向社会宣布武汉白鱀豚保护基金会成立。基金会的主管单位是武汉东湖新技术开发区管理委员会和中国科学院水生生物研究所，办公地点设在水生所白鱀豚馆内。基金会成立之初，基金会筹备组便在广泛征求意见的基础上，拟定了《武汉白鱀豚保护基金会章程（草案）》，并确定了理事会组成人员名单，该名单得到了东湖新技术开发区管委会和中科院水生所的同意。《章程（草案）》对基金会的性质、宗旨、目标、任务，以及组织和管理等作了明确的规定。基金会理事会成员和负责人主要由水生所和东湖新技术开发区管委会等单位负责人兼任，刘建康院士被邀请担任理事长。理事会还邀请了部分知名人士担任名誉理事长、名誉理事和科学委员会委员。 1997 年，基金会通过了人民银行武汉市分行的现场稽核和人民银行湖北省分行的财务审查。 1999 年 4 月，湖北省民政厅根据国务院《社会团体登记管理条例》和《湖北省清理整顿社会团体实施方案》的有关规定，对我会进行了严格审查，并以 “ 鄂民社发 [1999]5 号 ” 文同意我会予以保留，并完成了重新注册和登记工作（登记证书号：鄂社证字第 598 号）。 1999 年 4 月，由理事长建议，经主管单位同意和民政厅社团处批准，基金会法人代表由副理事长王丁担任。 2001 年，基金会通过了省民政厅社团处年检，并按《社会团体章程示范文本》重新拟定了《武汉白鱀豚保护基金会章程（草案）》。 2002 年 9 月，基金会理事会在白鱀豚馆召开会议，选举了新一届理事会，并选举了理事长、副理事长和秘书长。会议还通过了《基金会章程》。 2005 年基金会通过了湖北省民政厅的“换证审查”，换发了新的《基金会法人登记证书》（鄂基证字第 14 号）， 并按照新的《基金会管理条例》拟定了《武汉白鱀豚保护基金会章程》（草案）。