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美国首次绘制人类基因组的3D图谱

文章来源:生物谷 作者:佚名 发布时间:2012年02月09日 点击数: 字号:
    

  由美国南加大华裔生物科技教授陈林发表的最新研发结果,可透过新生物技术深入细胞核,取得人体基因的3D结构图,为相关疾病研究打开一扇新窗口,可提供基因的3D立体结构图像,让医学研究者进一步探索基因结构及变异,以助找出导致病变的真正原因。该研究以网络版形式发表在12月25号的《Nature Biotechnology》上。

  日前,科学家首次开发出了一种方法以生成一个细胞的全部DNA链—即基因组—的精确3D模型。基因组在几乎所有人类细胞的功能中发挥着核心的作用,而在其结构上的缺陷则被认为是导致各种疾病包括癌症的罪魁祸首。.

  一种新的方法使得研究人员可以仔细产看一个细胞的细胞核内部,并可能有助加深对癌症成因的理解。该研究将先以网络版形式发表在12月25号的Nature Biotechnology上。

  了解基因组的结构对于从全局上理解其功能来说至关重要,南加州大学的分子生物学教Lin Chen如此说道。

  “任何生物学的事物都是以3D形式来运作的,”Chen说。“因此,要彻底了解一个事物,你必须了解其3D结构。”你可以把一个细胞内的基因组想象成一碗天使面。不同的细胞就像每碗都不同的天使面,其中的面条以不同的方式组织在一起,不过它们还是具有一些共同的特征。

  对于试图了解在正常细胞核不健全细胞中的基因组的科学家来说,存在关键的技术难题。而该研究的最有可能的应用就是可以基于细胞内基因组的结构缺陷而识别出潜在的癌症细胞,Chen说道。

  “希望在将来,这些研究可让科学家们更好的理解基因组与疾病的关系以及在那些情况下如何调节它的功能,”Chen说。

  由于基因组非常小却异常的长,因此要创建其3D图像并不像拍张照那么简单。打个比方,把细胞核看成是一个足球,则在其中的DNA链的舒展开后足有30英里长。生物学家用来研究生物大分子结构的所有方法都无法用于人类基因组研究。

  DNA在细胞内揉成一团,彼此之间形成数以亿计的接触。使用一种新的技术,南加州大学的研究人员描绘出了各个DNA-DNA接触点,并利用复杂的计算机算法对结果进行3D建模。

  “它向你呈现了关于基因组的全新的展望,”Chen说。通过分析不同细胞间的基因组结构的异同,科学家可以发现3D组织的基本规则。此外,该技术使得科学家可以看到每个基因相对于其他基因所处的位置,并了解这种排列对于细胞功能的重要性。

  南加州大学所使用的这种方法考虑到了细胞间的细微差别——DNA并非总是以同样的方式进行缠绕。

  “没有单一结构的基因组,”南加州大学计算生物学副教授Frank Alber说道。Chen和Alber领导了这项研究,他们的团队成员还有Reza Kalhor,Harianto Tjong及Nimanthi Jayathilaka。

  通过对许多基因组进行的统计分析,他们可以确定DNA链所偏好的姿势,提出DNA链最可能呈现的样子。

  据美国《世界日报》报道,迄今许多疾病如精神分裂症、自闭症的肇因仍是解不开的谜,但25日由美国南加大(USC)华裔生物科技教授陈林(Lin Chen)发表的最新生技研发,可透过新生物技术深入细胞核,取得人体基因的3D结构图(Three-Dimensional Map of The Human Genome),为相关疾病研究打开一扇新窗口,可提供基因的3D立体结构图像,让医学研究者进一步探索基因结构及变异,以助找出导致病变的真正原因。

  47岁的陈林最新发表撷取人体基因3D图像的新研发,是他与来自伊朗、德国的两位研究生,从2005年开始进行的研究计划,直到今年才突破研发瓶颈,首创可取得人体基因的3D立体结构图像技术。

  陈林表示,过去医学界研究癌症及精神遗传疾病,都认为是遗传基因突变所造成,但经过病患大规模细胞基因研究,仍无法找出肇病的原因及原理,显示单研究线性的基因组序列图谱,还是无助研究突破,仍然无法找出疾病基因变异的原因。

  2005年前,陈林与研发团队成员即已不断探索基因组序列图谱及相关研究,最后陈林觉得这些基因序列图谱只能展现线性关系的信息,因而促发撷取基因3D立体结构图像的想法。

  陈林指出,人体细胞核内的基因,就像细胞的蛋白质一样,是实体存在的细胞物质,本身有立体及空间结构,他认为基因结构体及结构空间之间,仍有探索空间,也许一些目前无法找出病因的疾病,在病患基因的立体结构研究中,可找出真正答案。

  来自中国大陆的陈林,1994年取得哈佛大学化学博士,1994年至1996年在哈佛大学进行结构生物学博士后研究。1999至2006年在北科罗拉多大学教授生物化学,2006年开始迄今在南加大生物系担任教授。


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