究项目。来自基础学科、技术学科和临床学科等不同学科背景的研究者积极努力合作，创造研究条件和建立跨学科的实验室，取得了许多重要的跨学科的研究成果，诸如“单个分子光学检测肾上腺素受体分子在活细胞内动态行为的研究”，“国人盆腔三维图象的建立及其在肿瘤外科中的应用”，“SPECT人脑阿片受体显像剂合成与临床前研究”，“抑制肿瘤转移新药的研究和发现”，“多靶标抗HIV新药的设计、合成、活性及协同作用机制研究”，“纳米复合材料的生物医学效应研究”等，都取得了显著成果。这些研究不仅促进了生物医学跨学科研究，而且得到学术界和工业界的认可好评，为获得国家和社会的支持创造了条件，例如“单分子与纳米生物医学”项目2002年发展成为国家自然科学基金重大项目“单分子技术在生命科学中的应用”；“环境与健康——北京大气细微颗粒物对健康的影响”项目发展为2003年自然科学基金重点项目“沙尘暴细颗粒物的理化特征及其对人体健康的影响”等；环境科学跨学科合作者参加并负责编制了国家中长期发展规划“环境污染控制与治理”－“环境污染与人体健康”，在国家重大决策中发挥了重要作用，等等。 　　跨学科人才培养是跨学科研究中心的另一重要任务。2001年起，《中心》协助北大研究生院设立了两个跨学科研究生班，培养具有交叉学科背景的新型复合型人才。到2005年，已招收跨学科研究生89名。“生物信息学研究生班”的研究生在生命科学、化学、物理学、数学、医学（药学）等众多学科的优秀导师的指导带领下，开展生物信息学／系统生物学／理论与计算生物学等方面的教学和科学研究，形成了新的学科力量和重要的学科方向。“生物医学工程研究生班”的导师们分别来自北大的理学部、信息与工程学部、医学部和多家附属临床医院，研究生们既有来自生命科学、物理化学、基础医学等基础学科，也有来自电子学、计算机技术、生物医学工程、临床医学等众多应用和工程学科，在各有关学科优势互补、相互合作的基础上，开展生物医学工程跨学科前沿领域的研究和人才培养，形成了北大新的学科生长点。 　　在北京大学各级领导和“创世界一流大学”计划的支持下，在北京大学“前沿交叉学科研究院”的组织协调下，通过各学科专家学者的积极参与和研究工作者的共同努力，北京大学生物医学跨学科在学术交流、科学研究和人才培养等方面必将取得更加丰硕的成果。

理论生物学中心

　　在数学、物理学、化学、信息科学等定量学科的交叉与渗透下，生命科学正在发生革命性的变化引^[1]。北京大学理论生物学中心就是在这样一个背景下，在李政道先生及北京大学有关领导的倡导和大力支持下，经过两年多的筹备，于2001年9月17日在北京大学正式成立的。理论生物学中心以北京现代物理中心为主要活动基地。中心的成员包括国内及国外两部份。国内成员以北京大学校内从事理论与系统生物学研究的有关课题组（分属物理学院、数学学院、工学院、化学学院、生命科学院等）为主，聘请其它高校及中国科学院各研究所的专家为客座人员。国外成员包括相关领域杰出的华人科学家。 　　生物网络研究 　　从细胞中蛋白质与基因调控网络的整体动力学性质出发，研究生物网络的稳定性，网络的多态性，网络的动力学性质及网络的进化规律，寻找生物网络设计与动力学的普适性规律，并通过细胞生物学实验加以验证或修正。分析研究执行不同生物学功能的蛋白质作用网络的动力学特性；研究基本蛋白质调控模块与基本网络结构之间的关系，及其在生物体进化和执行生物学功能的作用。利用已知的蛋白质网络动力学基本规律对未知蛋白质网络做预测，从已得到的蛋白质网络动力学规律，预测蛋白质网络中未知的蛋白的作用与蛋白质之间的未知相互作用关系，推测未知的蛋白质网络结构。用进化算法构造全新的蛋白质网络并用该网络讨论其特殊拓扑性质的原因，了解蛋白质网络的特殊拓扑性质是第一性的规律，还是由网络动力学性质所规定的第二性规律。 　　蛋白质序列、结构与功能的关系与蛋白质-蛋白质相互作用研究 　　研究蛋白质的序列与结构、结构与功能的关系，研究蛋白质折叠与错误折叠的机理，开展全新结构与功能的蛋白质设计；发展根据蛋白质空间结构进行功能预测的方法，建立蛋白质功能位点数据库；发展不依赖于蛋白质序列及结构同源性的蛋白质功能预测方法。研究蛋白质相互作用的基本规律，发展根据大量实验数据进行蛋白质网络及功能预测的方法，定量研究蛋白质间识别的热力学及动力学过程。 　　基因表达调控研究 　　研究基因调控网络的普遍规律，为生物网络研究提供基因表达层次的基础知识。将利用统计语言学方法，建立DNA序列的多层次信息结构模型，发展真核基因预测的新算法；发展利用语言学的方法进行调控序列分析，寻找转录因子结合位点的新算法；利用基因表达谱数据，结合启动子及其结合位点，利用Bayes网络及因果分析等统计方法，重构基因转录网络，认识基因的调控规律并进行基因协作功能的分析。 　　基于结构与生物网络的药物设计研究 　　发展基于蛋白质结构的药物设计新方法，选择重大疾病开展药物设计。将系统生物学的方法应用于药物设计，探索药物设计的新思路，发展基于生物网络进行药物靶分析、药物作用分析、最佳给药方案设计的方法。针对特定的生物学网络从理论与实验两方面开展研究，在此工作的基础上，提出用系统生物学观点进行药物设计的新思路。