54年，4月，江苏省人民政府决定撤销江苏省南通博物馆，馆藏文物、家具大部分移交江苏省博物馆筹备处。
　　1956年， 5月21日，文化部副部长郑振铎在全国博物馆工作会议中提出：“中国博物馆事业的历史并不太久，最早的公共博物馆，除了帝国主义者们在沿海地区所办的几个之外，要算是张謇他们办的南通博物苑了。” 6月9日，江苏省人民政府决定恢复南通博物馆。
　　1957年，4月，江苏省人民委员会决定重建南通博物馆，作为南通市文化事业机构之一，由南通市领导。8月，南通博物馆筹备处成立。9月，开始维修馆舍。
　　1958年，10月1日，南通博物馆正式恢复，由尤勉斋任馆长。
　　1968年，9月，南通博物馆与南通市图书馆、文化馆、市劳动人民文化宫、唐闸工人俱乐部合并为南通市劳动人民文化馆，成立革命委员会。
　　1972年，12月，南通市革命委员会决定将图书馆、博物馆从劳动人民文化馆划出，成立南通市图书、博物馆革命委员会。
　　1973年，4月，建立中共南通市图书、博物馆支部。
　　1976年，10月，南通市革命委员会决定撤销图书、博物馆革命委员会，分别成立南通博物馆革命委员会和南通市图书馆革命委员会。
　　1977年，1月，启用“南通博物馆革命委员会”印章。
　　1978年，12月，市委组织部任命：穆烜同志任南通博物馆党支部书记，徐冬昌同志任南通博物馆馆长。
　　1979年，1月，恢复“南通博物馆”名称，同时启用新印章。
　　1984年，4月，江苏省文化厅同意恢复南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢复“南通博物苑”名称。
　　1999年，12月28日，南通市人民政府决定：人民公园成建制并入博物苑，结束了原博物苑长期分为两个单位的状况，恢复到创苑初的包括园林部分的南通博物苑。
　　2000年，11月，国家文物局批复《南通博物苑保护利用规划》。
　　2001年，2月，南通市文化局副局长周德芝兼任南通博物苑苑长。
　　2002年，8月14日，南通博物苑委托吴良镛院士为我苑设计新展馆。
　　2003年，3月，南通博物苑总体规划和新馆建设论证会在北京举行。5月，南通市市文化局副局长王栋云兼任南通博物苑苑长。7月，国家文物局批复《南通博物苑规划设计+单体方案》。
　　2004年，3月15日，中华人民共和国文化部和国家文物局同意共同举办：南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年庆典活动。
　　2005年，9月24日至26日，南通博物苑百年暨中国博物馆事业发展百年纪念大会庆典在江苏南通隆重召开，该活动由中华人民共和国文化部、江苏省人民政府、国家文物局主办，江苏省文化厅、南通市人民政府、江苏省文物局、中国博物馆协会、中国自然科学博物馆协会协办。中共中央政治局常委李长春、全国政协副主席刘延东发来贺电，向大会表示祝贺。全国政协副主席张克辉为“南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年纪念牌”揭牌。大会当天，隆重举行了中国博物馆事业发展百年展暨南通博物苑新馆的开馆仪式。庆典期间，在南通博物苑新馆的学术报告厅内举行了主题为“博物馆与城市发展”的中外博物馆馆长高层论坛。中国博物馆学会于9月25日在南通市行政中心举行了年会暨学术研讨会。来自国内外的文博、文化界人士及国际相关机构的代表300余人出席了盛会。