从1949年开始，同济大学就经历多次院系调整,由一所学科齐全,各系均强的综合大学变成一所土木和建设类专长的学校。
　　主要的院系调整有:
　　* 文学院和法学院
　　1949年9月，文学院和法学院并入复旦大学,后来又随复旦大学支援了华东政法大学、上海财经大学等学校的建设。
　　* 理学院
　　1951年理学院生物系并入华东师范大学，数学化学物理等系除了保留基本的工科教学以外，全部并给复旦大学、华东化工学院等学校。
　　* 医学院
　　1950年，为了支援湘鄂粤桂豫赣六省（中南区）医疗卫生事业，全部医学院和附属同济医院迁往湖北武汉，与武汉大学医学院合并后改名中南同济医学院和武汉同济医院。1955年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。1985年7月，武汉医学院又改名同济医科大学。现为华中科技大学同济医学院。后将上海铁道医学院并入同济大学。
　　* 工学院
　　1956年，工学院测量系迁往湖北武汉，参与建设武汉测绘科技大学，现并入武汉大学。1952年工学院著名的机械系、电机系和造船系等并入上海交通大学,还支援了南京工学院等学校,后来一部分随上海交通大学西迁建设西安交通大学。1952年水利系与其他高校的水利专业在南京成立了华东水利学院，即现在的河海大学。
　　并入的有: 1952年上海交大、复旦、圣约翰等11所高校的土建系、科、组并入。

学校编年

　　* 1907年德国医生埃里希·宝隆（Dr. Erich Paulun）创办的同济德文医学堂成为同济大学的前身，设德文、医学两科。
　　* 1912年增设工科，更名为同济医工学堂，1917年收归国有，定名为同济医工专门学校。
　　* 1927年成为国立同济大学，是中国早期建立的著名高等学府之一，拥有医、工、理、文、法五个学院。
　　* 抗日战争爆发后，学校于1937年9月起从上海迁至浙江金华、江西赣县、广西八步、云南昆明等地，1940年迁到四川省南溪县李庄。
　　* 抗日战争胜利后，1946年5月迁回上海复校。
　　* 1949年以前，该校学制与课程设置均参照德国的教育制度。设有理、工、医、文、法5个学院及学习一年德语的新生院。
　　* 1949年6月25日市军管会接管同济大学
　　* 1949年9月，文学院和法学院并入复旦大学
　　* 1949年10月 建国后，为高教部直属院校
　　* 1951年理学院生物系并入华东师范大学,数学化学物理等系并给复旦大学。医学院迁往湖北武汉，为武汉同济医科大学，现为华中科技大学同济医学院。原校长夏坚白带领工学院测量系迁往湖北武汉，为武汉测绘科技大学,现并给武汉大学。
　　* 1952年工学院机械系、电机系、造船系等并入上海交通大学。上海交大、复旦、圣约翰等11所高校的土建系、科、组并入。
　　* 1954年恢复研究生教育。由高教部划归城建部和建工部双重领导。
　　* 1958年改由建工部领导
　　* 1960年6月被列为建工部重点高校
　　* 1960年10月被列为高教部重点工科院校
　　* 1966年重新划归高教部领导
　　* 1979年经国务院同意，恢复对德联系，成为中德科技、文化交流的窗口
　　* 1995年10月国家教委和上海市人民政府正式宣布共建同济大学
　　* 1996年7月原上海建材工业学院和上海城建学院并入
　　* 2000年原上海铁道大学与同济大学合并,同时成立新的同济大学医学院，重建医科。
　　* 2003年11月原上海航空工业学校划归同济大学,所有资产由同济大学接管。
　　* 2004年9月嘉定校区启用。(首批入住，同济大学软件学院以及汽车学院)
　　* 2004 年10 月11 日 法兰西共和国总统雅克·希拉克先生专程访问同济大学。
　　* 2005 年2 月25 日 著名桥梁工程与力学专家李国豪逝世。
　　* 2005 年7 月12 日～ 8 月22 日 机械、电信、交通等第二批搬迁学院顺利入住嘉
　　定校区。

学校精神

　　* 同济大学的学校精神：同舟共济，自强不息
　　* 同济大学的办学理念：济世兴邦，爱国奉献
　　* 同济大学的学术风格：脚踏实地，不鹜虚名
　　* 同济大学的校训：严谨，求实，团结，创新

历任校长

　　1. 埃里希.宝隆 1907─1909
　　2. 福沙伯 1909—1917
　　3. 贝伦子 1912—1919 1921—1927
　　4. 沈恩孚 1917—1923
　　5. 袁希涛 1923—1927
　　6. 阮尚介 1917—1927
　　7. 张仲苏 1927—1929
　　8. 张　群 1929
　　9. 胡庶华 1929—1932
　　10. 翁之龙 1932—1939
　　11. 赵士卿 1939—1940
　　12. 周均时 1940—1942
　　13. 丁文渊 1942—1944
　　14. 徐诵明 1944—1946
　　15. 董洗凡 1946—1947
　　16. 丁文渊 1947—1948
　　17. 夏坚白 1948—1952
　　18. 薛尚实 1953—1959
　　19. 王　涛 1959—1977
　　20. 李国豪 1977.10—1984.4
　　21. 江景波 1984.4—1989.2
　　22. 高廷耀 1989.2—1995.2
　　23. 吴启迪 1995.2—2003.6
　　24. 万钢 2004.7—2007.8 (2003.6-2004.7期间,万钢为主持工作的常务副校长，2007.4-2007.8中华人民共和国科技部部长兼任同济大学校长)
　　25. 裴钢 2007.8至今
　　
　　

院系结构

院系结构

　　* 建筑与城市规划学院
　　* 土木工程学院
　　* 机械工程学院
　　* 经济与管理学院
　　* 环境科学与工程学院
　　* 材料科学与工程学院
　　* 电子与信息工程学院
　　* 人文学院
　　* 法学院
　　* 政治与国际关系学院
　　* 马克思主义学院
　　* 外国语学院
　　* 理学部（含海洋与地球科学学院／