1、依据国家发展和改革委员会“关于国家重大科学工程中国西南野生生物种质资源库可行性研究报告的批复”（发改高技[2004]408号）和中国科学院“关于中国西南野生生物种质资源库科学目标验收依据的批复”（科发计字[2009]189号）中批复的验收指标，经过5年的建设，中国西南野生生物种质资源库建设的科学目标已全部达到。
　　2、共收集保存野生生物种质资源8444种74641份/株。其中，植物种子166科1337属4781种31199份；植物离体材料844种9123份；植物总DNA 1235种11075份，cDNA 111种1080份，cDNA文库17种18个，分离和鉴定功能基因12个,建立BAC和YAC库各1个；微生物菌种1119种8359株；动物种质资源354种13805份。种质资源圃收集保存的野生种质资源437种49580株（丛）。正式备份保存来自英国千年种子库204份种子、以及国际混农林中心（ICRAF）收集的来自19个国家386份林木种子。超额完成国家发展改革委批复的科学目标和中国科学院批复的科学目标验收细化指标。
　　3、该项目建成了冷库680立方米、干燥间570立方米和6间步入式培养间等设施，达到了国际公认保存种子的“双15”和-20 ℃ 低温保藏指标；编制并验证标准规范76个；建立了种质资源信息共享管理系统。同时，通过设备的集成创新，形成了在野生生物种质资源分类鉴定评价、种质保存研究和种质资源持续利用三个方面上，集功能基因检测、克隆和验证为一体的技术体系和科研平台。具备了强大的野生生物种质资源保藏能力和科研能力，达到了批复的验收指标。
　　4、在种质资源库信息管理系统和数据库建设方面，完成了数据规范化整理和数据提交工具程序的开发；建立了种质资源采集数据库，收录种质资源采集信息22365条，图片78142张，实现了保藏种质资源的信息化管理；完成了共享服务信息系统的开发和发布，页面访问量超过400万人次；建立了中国高等植物基础数据库和云南高等植物基础数据库并提供应用。
　　5、建立了30余人组成的种质资源保藏中心和分子生物学实验中心两个支撑系统，引进5名高层次人才（4人入选中科院“百人计划”、1人入选云南省高端科技人才），组建了“植物种质资源与基因组学研究中心”，参与组建了“青藏高原研究所昆明部”。通过组织辐射到包括全国58个单位627人的团队，与全国13个自然保护区建立了合作关系，培训450余人次。形成了国际上有竞争力的野生种质资源保藏建设和研究团队。
　　6、广泛开展国际合作。签署了《中国科学院与英国皇家丘植物园董事会关于野生植物种质资源保护和研究的合作协议》，培养了7名专业人才，20余人次的外国专家参与项目建设，正式备份保存了20个国家的种子资源，在全球生物多样性的保护中发挥了重要作用。

作用意义

　　云南拥有中国50％以上的生物种类，是誉满全球的植物王国和动物王国，从科学角度来看，保护好云南及周边地区和青藏高原的生物种质资源，对中国生物多样性的保护至关重要。资源库的建立不仅可以确保野生生物种质资源特别是我国的特有物种、极度濒危物种、具有重要经济价值和科学研究价值的物种安全性，而且可以使得中国野生生物种质资源的研究和快速、高效、持续开发利用真正成为可能。同时这也是中国政府履行《生物多样性公约》、实施可持续发展战略的重要内容。
　　通过5年建设，中国西南野生生物种质资源库已完成国家发展和改革委员会和中国科学院批复的科学目标，成为世界上两个按国际标准建立的野生生物种质资源保藏设施之一，产生了重要国际影响，将在人才培养、全球生物多样性保护、生物产业发展中发挥重要作用。
　　中国西南野生生物种质资源库已逐渐成长为一个国际性的生物种质资源的保护平台，将在全球生物多样性的保护中发挥重要作用。中国西南野生生物种质资源库已经成为世界上除挪威诺亚方舟种子库和英国皇家植物园之外的第三个保存世界重要树种种质资源的机构，将在全球生物多样性的保护中不断发挥出重要作用。