在国外发表《钡、锶、铈对水绵属的特殊作用》，同样这是我国应用近代科学方法研究植物生理学的第一篇文献。他还首次写出了中国植物生态学和地植物学的论文《安徽黄山植被区系的初步研究》。钱崇澍还在国内第一个选择了在植物分类工作中难度较大的兰科、荨麻科、豆科、毛茛科等植物进行系统的研究。为了更快传播新技术和新的科学知识，1917年他发表了《介绍新著动植物显微镜法》一文，1929年翻译了《细胞的渗透性质》、《自养植物的光合作用》等植物生理方面的论文。钱崇澍早期的论著和译文，大多数发表在《科学》、《中国科学社生物研究所论文集》、《中央研究院植物学文集》等刊物上。除上述文章外，他所发表的《森林之种类与分布》、《植物疏密之试验》、《植物之天演》、《浙江之兰科三新种》、《中国植物之新种》等也都是当时的代表作。钱崇澍在植物分类学、植物生理学及植物生态学和地植物学所作出的贡献，为我国近代植物学的建立奠定了基础。
　　钱崇澍非常重视野外考察工作。回国不久，他就不畏千辛万苦，深入浙江和江苏南部进行植物区系的研究，采集植物标本1万多号，特别是对浙江省植物做过系统的收集和整理。20年代后又对南京钟山的森林和岩石植物进行过专门的观察和研究。他还制定了江苏、浙江、安徽、四川各省的植物调查规划。他所组织的采集队走遍了这些地区的山山水水，积累了丰富的资料，为我国东南、西南植物分类、区系和植被等方面的研究开辟了道路，也为以后编写地区植物志、全国植物志以及研究植物地理学等创造了条件。通过这些考察活动使钱崇澍进一步认识到祖国丰富的绿色宝库，开阔了视野，更坚定了他献身科学的信念。

出色的科学组织者

　　钱崇澍还是一位出色的组织者和领导者。他认为要使近代植物学在祖国大地上扎根，必须建立研究基地，组织培养研究力量。为此，他放弃了国立大学的教授职位，于1922年与植物学家胡先骕合作，依靠中华文化教育基金会的补助，在南京秉志教授创立的中国科学社生物研究所内组建植物部，建立起实验室、标本室、图书馆，并开展调查研究，出版刊物图谱，使该所植物学的研究工作取得了迅速进展，为我国培养和造就了不少第一流的植物学家。
　　30年代，植物学的科学研究和教学队伍逐渐扩大，迫切需要将全国从事植物学研究的工作者组织起来，更好地开展学术交流和科研工作。为此，钱崇澍与胡先骕、陈焕镛、张景钺教授等共同倡议组织中国植物学会，经过积极筹备，该学会于1933年8月20日在四川重庆北碚中国西部科学院宣布诞生。会上，钱崇澍被选为评议员。翌年，在江西庐山莲花谷召开的学会年会上，他又被选为《植物学杂志》（现《植物学报》的前身，我国最早以中文发表的植物学学术刊物）的编辑。从那以后，他一直是植物学会的领导人之一。
　　抗日战争爆发后，为了保存中国科学社生物研究所初步形成的科研队伍，在中国西部科学院卢作孚的帮助下，钱崇澍率领中国科学社生物研究所一部分科技人员，迁往西南大后方重庆北碚，找到了一个落脚点。生物研究所迁到北碚后，那时经费更加困难，物价飞涨，而国民党又以不改为国立就不发给平价米来威胁，企图控制这个研究所。许多职工难以维持生活。为了摆脱困境，钱崇澍带领大家种菜、养猪等，还和一些高级职员到外面兼课，以所得平价米来补助困难的职工，维持最低限度的生活，保存了这支队伍。在这种极端艰难的境遇中，他还坚持研究工作，写出了《四川北碚植物鸟瞰》、《四川的四种木本植物新种》、《四川北碚之菊科植物》等论文。此外，钱崇澍在青城山一带采集的植物标本为科学研究和教育提供了宝贵的资料，至今仍在使用。
　　中华人民共和国建立以后，党对科学事业的重视和关怀，使钱崇澍深受鼓舞。他更加辛勤地工作，除担任中国科学院植物所的领导工作外，还亲自参加了植被与植物区划的研究工作，取得了许多新的成果，如《黄河流域植物分布概况》（与吴中伦合作）、《中国植物区划草案》（与吴征镒等合作）、《中国植被类型》（与吴征镒、陈昌笃合作）、《中国森林植物志》等重要著作。《黄河流域植物分布概况》一文，对于黄河流域的人工造林和做好水土保持工作提供了科学依据，至今仍有一定的参考价值。在他古稀之年又主持了《中国植物志》的编撰工作，任主编并担任荨麻科部分的编写工作。我国是世界上植物种类最多的国家之一，植物志编写任务十分艰巨。从1959年到1965年他任主编期间，《中国植物志》共出版了3卷。全书预计80卷125册，约4000万字，它是发展我国农、林、牧、渔、医药、环境保护等事业以及进行植物学研究的基本资料，也将是我国植物学发展史上一项划时代的成就。

呕心沥血，培养人才

　　钱崇澍是教育界的一位老前辈，为我国培养植物学人才倾注了大量的心血。
　　他曾多年在大学任教，教过很多课程，如生物学、树木学、植物分类学、植物生理学等。为了使学生对每门课都有一个完整的认识，他十分注意认真备课和编写教材。即使是在抗日战争时期的艰苦条件下也始终坚持不懈，常在暗淡的桐油灯下工作到深夜。为了使学生更快学习到新的植物学知识，1923年他与邹秉文、胡先骕合作编写了我国第一部生物学教科书《高等植物学》，书中内容新颖，改正了旧教科书中不科学的名称，如将隐花植物改为孢子植物（孢子植物分孢子体和配子体时期，常以孢子体形式存在，不产生种子）；显花植物改为种子植物；藓苔植物改为苔藓植物（在进化上苔比藓原始）；羊齿植物改为蕨类植物（我国很早就叫蕨类植物，羊齿植物可能是从日本名词翻译的）。这在当时还没有教科书的时代，对青年学习植物学有很大帮助，在教育界产生了很大的影响。
　　在教学中，他重视培养学生独立工作能力和树立专业思想。他教植物分类课，让学生自己采集标本，查阅图鉴、检索表，自己定名，然后根据他们的工作情况评定成绩，讲授时不是只教一科、一属或一种，而是将某些地区的植物进行综合讲解，阐述它们之间的亲缘关系以及在自然系统中的地位。他十分重视野外实习，每周带领学生到野外实习一次，认识自然界的植物和丰富多彩、千姿百态的植物景观，使学生进一步理解了课堂内容，唤起同学们极大的兴趣和采集热情，并逐渐养成了他们热爱植物和植物学的兴趣。同样，在北京农业大学教授生理学时，钱崇澍从植物和水、土壤、阳光的关系，再谈到植物的生命活动，并通过室内和田野对植物的观察，增加学生的感性知识。他的讲课言辞生动、条理分明，深受学生的欢迎。植物学家仲崇信、汪振儒都是在他影响下学的植物学。植物分类学家秦仁昌的启蒙老师也是钱崇澍，秦仁昌的毕业论文《南京木本植物》就是在他的指导下完成的。每当秦仁昌谈起这段往事时，对钱崇澍老师充满了崇敬和怀念的心情。
　　钱崇澍为了帮助成绩优秀的青年出国深造，到处奔波，争取国内外的奖学金。如方文培、裴鉴教授30年代出国留学，都曾得到他的帮助。他还热情支持青年人发表著作，如裴鉴的《中国药用植物》就是在他的建议下写成的；吴中伦翻译的《植物群落学》，是由他帮助修改、校对的。对于勤奋好学的人，只要向他求教，他总是热情相待，耐心帮助。他审阅各种文稿，都是逐字逐句，包括学名的拼法，文字的修辞，以及标点、符号等都认真审查、修改，并给批注。直到他晚年养病期间，仍然为《植物学报》审阅和校对稿件。
　　他还非常珍视助手和学生的劳动以及彼此之间的友情。中国科学社采集员陈长年在野外工作中不幸逝世，钱崇澍为失去了一位业务助手而痛心。为了纪念他，特以陈长年的名字作为兰科中的一个新属名，这就是长年兰属（Changnienia）定名的由来。
　　钱崇澍呕心沥血，为我国培养了许多植