中国科学院自然科学奖一等奖，1993年荣获国家自然科学一等奖。
　　秦仁昌教授从事我国植物学研究60多年，对数千种蕨类植物，一一进行多方面的考察和深入细致的分析、研究。著有许多关于中国蕨类植物的专著和论文。同时，在林业学、植物学、蕨类分类植物学方面为祖国培养了不少人才。对蕨类植物学形成了自己的学派，对中国蕨类植物提出了更客观的分类观点，从而创建了最完整的中国蕨类植物分类系统。对中国的科学事业作出了卓越的贡献。
　　

　秦仁昌1940年发表的《水龙骨科的自然分类》，对国际蕨类植物学界产生了历史性的影响，其科属概念大都被世界蕨类植物学家所采用；1978年发表的新系统，形成了秦仁昌系统学派；1959年编辑出版的《中国植物志》（第二卷），是《中国植物志》这部历史性巨著的第一本，为其他卷册的编写起了典范作用，对发展中国和世界的植物系统学作出了重要贡献。
　　秦仁昌20年代曾任东南大学理学院生物系植物学助教、中央大学理学院生物系植物学讲师、中央研究院自然历史博物馆植物部主任。在此期间他还访问了瑞典、德国、法国、奥地利和捷克斯洛伐克的标本馆，并在英国皇家植物园标本馆和大英自然历史博物馆工作过。回国后任静生生物调查所研究员兼植物标本室主任。1933年和其他中国植物学老前辈共同发起成立了中国植物学会，被选为副理事长。1934年创建了静生生物调查所庐山森林植物园并任主任。抗日战争期间辗转流亡到云南，又创建了静生生物调查所云南丽江植物工作站并任主任。1940年发表的《水龙骨科的自然分类》，解决了当时世界蕨类植物系统分类中的最大难题，当年获荷印隆福氏生物学奖金委员会颁发的奖金。抗日战争胜利后至1948年到云南大学生物系和森林学系任教授兼主任。中华人民共和国成立后，1955年当选为中国科学院学部委员，被聘为中国科学院植物研究所研究员兼植物分类与植物地理学研究室主任，并任中国科学院植物研究所及华南植物研究所学术委员会委员。1979年以后一直任中国科学院植物研究所顾问、《植物分类学报》主编。先后任中国植物学会理事、副理事长及名誉理事长。1954年以后被连续选为第一、二、三届全国人民代表大会代表。1957年为国家科委林业组成员；1958年被聘为新疆综合考察队植物组组长，并赴新疆进行考察。1959年被选为《中国植物志》编委会委员兼秘书长。曾被选聘为国际植物学会分类和命名委员会名誉副主席及蕨类植物学小组成员，被印度蕨类植物学会授予名誉会员。此外，他还出席过全苏植物学会第二届代表大会。

立志研究，奋发学习

　　秦仁昌于1914年考入江苏省第一甲种农业学校林科后，在校长陈嵘、教授钱崇澍的熏陶下，立志学习植物分类学。1919年农校毕业后考入金陵大学林学系，由于他勤奋好学，成绩优异，在毕业前两年就被陈焕镛教授介绍到东南大学任助教。那时现代植物学的教学和研究工作才刚刚传入我国，在教学过程中，他发现中国的蕨类植物全是外国人在研究，包括英、法、美、德、意、日、俄、奥、瑞士等国的学者、军医、传教士、外交官和旅行家等，涉及中国蕨类植物的文章有250篇，全是用拉丁文或英、法、德、日、俄等国文字发表的，模式标本也全都分散在国外，而我们的学校却连腊叶标本都没有。他决心白手起家，锲而不舍地把蕨类植物的研究工作搞起来。他希望研究蕨类植物的这一想法得到了陈焕镛的支持，并于1926年随同陈焕镛到香港植物园标本室工作，查阅了许多标本和文献资料，更坚定了他研究蕨类植物的信心。为了研究各国的文献，他努力学习外语，熟练地掌握了英文、拉丁文和法文，还能阅读德文和俄文，他广泛查阅文献资料，并与外国学者和书商通信，通过交换、购买或照相等方式，搜集和积累文献资料，并采集标本。

赴欧研究，奠定基础

　　1927年他受聘于中央研究院自然历史博物馆，任植物学技师。经过几年的努力，他基本上掌握了180多年来外国学者发表的有关中国及邻近国家（特别是日本、中印半岛和印度）的蕨类植物文献。但因中国植物的模式标本都保存在欧洲各国的标本馆内，许多问题在国内无法澄清，于是他决定要到欧洲进修和考察。在胡先骕的支持下，1929年到丹麦哥本哈根大学植物学博物馆，在当时世界著名的蕨类植物学权威科利斯登生指导下研究蕨类植物分类学。在学习期间，他和导师讨论并共同认为，当时世界流行的Diels和胡克两个分类系统都是不自然的，这一点可以说是秦仁昌1940年建立新系统的思想启蒙。其间他还经常与其他蕨类植物学家广泛交流联系，并得到他们的帮助，如美国的C．B．科泼兰特（Copeland）、C．U．摩尔通（Morton）、瑞士的H．克利斯特（Christ）和英国的R．E．霍尔通（Holttum）等，奠定了他研究蕨类植物的坚实基础。翌年秋，他代表中央研究院出席在英国剑桥大学召开的第五届国际植物学会议，会上又结识了许多国家的植物学家。会后，为了彻底查清中国蕨类植物的模式标本，他又到瑞典、德国、法国、奥地利、捷克斯洛伐克等国的标本馆作了短期访问研究，查阅标本。最后在英国皇家植物园标本馆及大英博物馆进行了系统研究。为了发展中国的植物分类学，他查阅了皇家植物园标本馆所收藏的全部中国产的蕨类和种子植物标本以及邻近国家的蕨类植物标本，拍摄模式照片18300张，并作了详细记录，大量阅读了该馆珍藏的植物学名著和各种刊物，积累了大量珍贵资料。经过几年的努力，自1753年林奈首次发表中国蕨类植物以来，180多年以来各国学者所发表的中国蕨类植物标本，除了一张存放在巴黎自然历史博物馆的地下室无法找到以外，其余全部都被秦仁昌观察过，作了详细研究并写了笔记或卡片。这些宝贵的资料为产生他的新系统以及今天中国的植物分类学研究都奠定了良好的基础。

采集建园，功绩卓著

　　要研究好中国的蕨类植物就要充分掌握中国的蕨类植物标本材料。从1923年到1928年他调查了江苏南京附近、浙江南部、安徽南部、湖北西部、青海、甘肃、内蒙古、广西及广东等地的植物，实地考察和采集了大量标本，探索蕨类植物的特性与生长条件，并对标本进行鉴定。1932年回国后任静生生物调查所研究员兼标本室主任期间，他将从国外收集的资料综合整理，结合自己采的标本资料，修定了他1930年编写的《中国蕨类植物志初稿》。此志的打印稿虽然一直未正式发表，但这是中国人研究蕨类植物最早的两本专著之一。全稿70多万字，参阅了280多篇有关文献，记载了11科86属1200多种中国蕨类植物，是第一部比较完整的中国蕨类植物专著，被永久保存在中国科学院植物研究所图书馆供国内外学者参考。1934年他被胡先骕派去江西庐山创建森林植物园，任植物园主任，他在短短的时间内就引种栽培了国内外植物7000多种，并完成了约30万字的《中国与印度及其邻邦产鳞毛蕨属之正误研究》一文，第一次清晰地阐明了这群植物的发育系统和亲缘关系，这篇专著中颇为新颖的见解立即引起了各国蕨类植物学家的重视，也为他日后在世界性研究上取得更大的成就打下了基础。抗日战争爆发后一年，科研停顿。1938年他辗转流亡到云南，他久闻云南植物惊人的丰富，一直想亲自去看看，正好趁此机会对云南植物调查一番。在云南，他又建立了庐山植物园丽江工作站，充分利用云南这个“植物王国”的有利条件，不畏山高水急、路险人稀，广泛进行蕨类植物调查和采集，获取了大量的第一手资料。这批珍贵的标本为他以后对那些以我国西南山地为分布中心的蹄盖蕨、鳞毛蕨、水龙骨等几个大类群的世界性研究准备了重要的物质基础。在抗日战争的艰苦时期，秦仁昌却在昆明逐渐