历史沿革： 筹建于1958年10月，1959年8月正式成立，时称中国科学院上海理化研究所，2003年6月经国家批准定为现名。拥有两大园区，分别坐落于上海市科技卫星城嘉定区和浦东张江高科技园区，占地面积共约700亩。是专业从事民用非动力核技术科学研究的国立研究所，以同步辐射等先进光源技术、束线技术及离子束技术研究，标记化合物与放射性药物、辐照新材料及辐照装置、先进探测与成像技术等民用非动力核技术科学的基础、应用研究及其相关交叉、边缘学科研究为主，同时积极推进民用非动力核技术科学研究成果的产业化。
　　学科领域与方向： 学科领域为：先进光源和束线、先进离子束的科学与技术研究，核物理及交叉、边缘学科研究，核技术科学的应用研究等。主要学科方向包括：先进光源和束线的科学与技术研究，基于N&NBIU（核科学与纳米科技、生命科学、信息技术、超快技术）汇聚技术的交叉科学研究，核物理实验和理论研究，核技术科学的应用研究等。
　　机构设置： 分为基础研究部门、应用研究中心、技术支撑部门、管理部门、科技企业五大类，基础研究部门中包括专门从事上海光源工程工作的技术部。建有“中国科学院核分析技术重点实验室”、“上海市低温超导高频腔技术重点实验室”。
　　人员状况： 截止2006年底，全所共有在职职工698人，其中科技人员470人，中国科学院院士1人，研究员61人。设有粒子物理与原子核物理、核技术及应用、无机化学博士、硕士学位培养点，光学工程、电磁场与微波技术、信号与信息处理硕士学位培养点，设有物理学、核技术及应用博士后流动站。共计在学研究生319人，其中博士生160人；另有在站博士后11人。
　　在研（建）重大项目： 上海光源（SSRF）国家重大科学工程，国家973项目“基于超导加速器SASE自由电子激光的关键物理及技术问题研究”，国家发展改革委民用非动力核技术高技术产业化专项“辐射改性功能型高分子新材料高技术产业化示范工程”和“辐射加工用新型电子加速器系列产业化示范工程”，中科院创新重大项目“核技术应用的关键技术”等。
　　突出成果： 建所以来共取得科研成果600余项，获各类科技奖项163项，其中国家科技进步奖5项、国家自然科学奖4项。“重离子核反应的集体效应、奇异核产生及其性质研究”、“重质量丰中子新核素的合成鉴别和研究”获国家自然科学二等奖。
　　交流与合作： 重点围绕光源技术和自由电子激光技术，与国际上拥有同步辐射装置的研究单元开展全面合作；同时开展其他相关交叉学科及高新技术领域的多元化国际合作。在光源技术领域，与英国、日本、意大利、瑞士、新加坡、澳大利亚、俄罗斯、韩国等光源实验室签订所级合作协议；在交叉学科研究领域，与德国德勒斯登Rossendorf研究中心、莱比锡大学LIPSION实验室开展了良好的国际合作研究工作；在核物理研究领域，2001年加入RICH-STAR国际合作计划（项目）。与中科院高能物理所、中国科技大学建立了所级合作关系，并与中科院理化所、长春光机所、西安光机所、沈阳科仪公司等就上海光源工程建立了相关合作。
　　学术刊物： 主办《核技术》《核科学技术（英文版）》《辐射研究和辐射工艺学报》等学术刊物。上海市原子核学会、中国物理学会同步辐射专业委员会、中国核学会辐射研究与辐射工艺学分会挂靠本所。
　　2006年是研究所实施创新三期方案的开局之年，也是上海光源工程建设关键的攻坚之年。上海光源工程建设现场已经从土建为主转为设备安装调试为主的阶段，工程建设取得了又好又快的进展。其中，建筑安装工程基本完成；公用设施工程设备安装基本完成，开始调试和试运行；加速器工程启动批量生产，进入设备安装调试阶段；光束线站工程全面进入工程设计，关键设备启动样机制造和采购。科学研究工作成绩斐然，争取科研项目38项，全年发表影响因子5以上的高水平论文16篇。核物理领域RHIC-STAR国际合作相关项目争取到基金委、中科院等多项支持，国内外合作研究和交流进一步加强；基于N&NBIU的交叉学科研究继续呈现良好发展态势，取得一批高水平的研究成果；核技术应用研究在调整中不断强化特色。完成所党委和纪委班子的换届选举工作；建立管理例会制度，着手研究与摸索“一所两园区”的管理模式。完成所级ARP系统建设并正式运行，大力推进网页建设，加强上海光源科普工作，持续深入开展创新文化建设。与英国DIAMOND光源、澳大利亚同步辐射光源、俄罗斯西伯利亚核物理研究所（BINP）签订了所级合作协议，并与韩国浦项加速器实验室（PAL）就原有的合作备忘录签署补充合作协议。成功举办6次大中型国际学术会议，包括为期7天的“第19届超相对论性核-核碰撞国际会议”