教学机构调整。撤消电子与信息工程系、机械与电气工程系，成立计算机科学与技术系、机电工程系、电子与电气工程系；工艺美术系更名为艺术设计系。形成目前的院系格局。
　　2000年，年初新征180亩土地、投资2亿元的校园扩建一期工程项目开始实施。“机械设计制造及其自动化”等部分专业开始举办本科教育。专业数量增加到27个，全日制普通本专科在校生人数达到6223人，生源范围扩大到全国19个省（区、市）。
　　2001年4月，院党委提出“132”发展战略。 第三届教代会通过《<南阳理工学院1996-2010年事业发展规划总体方案>第二阶段（2001-2005年）实施计划（“十五”计划）纲要》。
　　2001年9月，学院设置32个专业，其中本科专业4个。全日制普通本、专科在校生人数超过7082人，其中本科生413人，专科生6669人。生源范围扩大到全国22个省（区、市）。 扩建校区部分投入使用。
　　2004年5月，经国家教育部批准，南阳理工学院升格为本科学院。 学院设有10个系，2个教学部，1个成人教育学院，1个软件学院。
　　2005年，原南阳一师并入理工学院成立基础教育学院，6月24日基础教育学院揭牌仪式举行。撤消数理教学部成立应用数学系。
　　2006年3月，学院党委对二级机构进行调整理顺，对处级和科级干部进行调整和聘任。全院设置党政管理机构17个，群团组织机构2个，教辅及后勤服务机构7个，基层教学单位17个。
　　2006年12月，学院建校近20年来首次党代会成功召开，选举出由安身健、姚锡远、黄荣杰、郭建生、刘荣英、刘振山、黄林江、董至仁、周礼春等9名委员组成的中国共产党南阳理工学院第一届委员会，选举出由黄林江、赵中然、李晓彦、卢志文、李厚刚等5名委员组成的中共南阳理工学院纪律检查委员会。

国际交流与合作

　　先后与日本国山梨大学、大分大学、美国艾奥瓦（IOWA）州立大学、新西兰惠灵顿维多利亚大学等国外高校建立了初步合作关系，陆续向国外派遣了30余名教师进行学习和交流，累计有50余名外籍教师来院任教和讲学。同时，学院承担了中美河南可持续发展合作计划在南阳的实施项目；与新西兰惠灵顿维多利亚大学实施了本科教育“2+2”合作项目；1996年日本大太（DAITA）株式会社在本院设立了1000万日元的首家海外企业家奖励

基金，并投资2000万日元合作兴建了国际交流会馆。

校园位置图

　　南阳是全省人口最多、面积又极大的地级市，又是全国历史文化名城。
　　随着全国性的产业结构调整升级和西部大开发战略的实施，特别是宁西铁路、南水北调工程、许（昌）南（阳）襄（樊）高速公路等大型项目完成后，南阳的中间枢纽作用将日趋重要，以南阳盆地为中心，必将发展成为辐射鄂、豫、陕周边数十万平方公里的区域经济中心。
　　南阳理工学院坐落在南阳市区白河游览区。