中国科学院沈阳应用生态研究所的前身是中国科学院林业土壤研究所，成立于1954年，由东北林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处、中国科学院长春综合研究所农产化学研究室土壤微生物部分合并组成，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的生物学、地学研究所；1987年更改为现名。半个世纪来，本所积极投身于国民经济建设主战场，为国家林业和农业发展、生态环境保护和经济建设做出了重大贡献，共获得科技成果498项，其中：国家级科技奖24项，省、部级科技奖179项，出版专著267部，发表论文6108篇，其中SCI论文545篇，授权专利101项。
　　2001年，本所被中国科学院批准为国家知识创新工程试点单位，进一步凝炼了学科发展方向：围绕国家农业、林业可持续发展及生态环境建设中急需解决的重大问题和应用生态学的发展需要，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程领域开展应用基础性研究工作，丰富和发展森林生态学、农田生态学和污染生态学的基础理论，为我国主要退化生态系统恢复与重建，改善生态环境，保障食物安全提供科学依据与关键技术。本所二十一世纪的发展目标是：建设成为国家应用生态学研究基地和高级人才培养基地，成为国际上有重要影响的应用生态学研究中心。
　　一、历史贡献
　　沈阳应用生态研究所创建于建国初期，由东北林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处和中国科学院长春综合研究所农产化学研究室土壤微生物部分合并组成，拥有一支以生物学、地学为主的综合性科研队伍，能够为解决国家经济建设中自然资源和生态环境方面重大综合性问题贡献力量。几十年来，面对国家经济建设中的战略需求，该所注意发挥多学科综合优势，积极承担国家科研任务，在区域整治规划、自然资源综合考察、农林业建设、植物和微生物资源开发利用、环境质量评价和生物工程治理以及若干基础研究领域取得一批重要成果。其中一批应用研究成果已在国家经济建设中推广应用，取得了显著的经济效益、社会效益和生态效益。如腾格里沙漠固沙造林技术、阔叶红松林采伐更新方式、三北防护林营造工程技术、苏打盐土种稻改良、内蒙古半干旱风沙地区综合治理、农用抗菌素和菌肥在农林业生产中的推广应用、新型肥料的研制与应用、污染农田生态工程治理及污水处理技术等；一批基础性研究成果，在我国生态学科发展中占有重要地位。如非豆科树木固氮、森林生态系统结构功能、农业生态系统水份养份循环、土壤-植物系统污染生态过程、种群生态模型以及东北地区土壤发生分类和东北地区植物资源调查研究等。建所以来共获得国家级科技奖励22项，省部级科技奖励154项，有108项专利技术获得授权。编辑出版《红松林》、《东北落叶松林》、《农田防护林学》、《东北木本植物图志》、《东北草本植物志》、《东北藓类植物志》、《中国东北土壤》、《生态动力学》、《土壤-植物系统污染生态研究》、《生物固氮研究方法》、《污染生态学》和《中国土壤肥力》等专著100多部，发表学术论文4000多篇。
　　该所与德国、美国、英国、比利时、日本、奥地利、丹麦、俄罗斯等30多个国家和地区的科研机构开展了卓有成效的学术交流和合作研究。
　　该所具有生态学、微生物学、土壤学硕士、博士学位授予点和植物学硕士学位授予点，并设有生态学、微生物学博士后流动站，已发展成为我国生态科学高层次专门人才的重要培养基地。
　　二、创新目标与举措
　　近年来，该所以国家战略需求为导向，以自身学科优势为基础，集思广益、反复论证、不断凝炼，明确了研究所的学科方向、重点研究领域、发展目标和新学科生长点。研究所的战略定位是：“针对林业和农业可持续发展、生态环境建设中国家急需解决的重大问题和应用生态学的发展需要，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程领域开展应用基础性研究工作，丰富和发展森林生态学和农田生态学基础理论，为我国主要退化生态系统恢复与重建、改善生态环境、保障食物安全提供科学依据和关键技术，将研究所建设成为国家应用生态学研究基地和高级人才培养基地。到2005年，成为国家森林生态学、区域农田生态学研究中心；到2010年争取成为中国科学院30个国际知名研究所之一。”
　　研究所科技创新目标是：“瞄准国家重大需求和国际学科前沿，以主要陆地生态系统为研究对象，重点开展森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程领域研究，探明森林生态系统和农业生态系统主要生态过程，建立生态系统健康评价指标体系与管理模式，提供生态系统管理和退化生态系统恢复重建关键技术，为我国生态安全和生态建设提供科学依据，发展应用生态学”。同时在东北主要类型森林资源管理、东北典型退化生态系统恢复、黑土培育与环境友好控释肥料研究方面取得创新性成果。
　　为保证创新目标的实现，研究所调整了科研结构，集中优势力量，将原有的10个研究室调整整合为“一室三中心一基地”的科研体系，即：一室为“中国科学院陆地生态系统生态过程重点实验室”；三中心为“森林生态与林业生态工程研究中心”、“土壤生态与农业生态工程研究中心”、“生物与环境技术研究开发中心”；一基地为由不同地带、不同类型的四个生态系统定位研究站（中国科学院长白山森林生态系统定位研究站、中国科学院会同森林生态系统定位站、中国科学院乌兰敖都荒漠化试验站、中国科学院沈阳生态试验站）和中国科学院东北生物标本馆、东亚苔藓中心、中国科学院沈阳生态植物园组成。
　　科技创新队伍建设是实施知识创新工程的根本，沈阳应用生态研究所近年来遵循“按需设岗、按岗聘任、公开招聘、择优录用”的原则，建立新型用人机制，到2001年末，全所在编职工313人，其中中国工程院院士1人，研究员37人，副研究员80人，中级职称人员104人。首批进入创新试点人员92人，其中具有硕士、博士学历57人，占创新科技人员71%，进入创新试点研究员岗位23人，具有博士学历占83%，进入创新试点人中45岁以下81人，占创新试点人员总数68%，青年科技人才成为研究所创新工作的主体力量。在分配机制上实行“三元结构”工资制，对创新岗位人员和项目聘用人员设置岗位津贴，并加大绩效奖励力度，吸引了人才和稳定了科技创新队伍；相应出台了定量考核评估制度和10%末位淘汰制度，对科技创新队伍实行科学和严格的考核，使科技队伍保持创新活力。在流动队伍建设上，积极扩大以博士研究生为主的研究生队伍，目前有在学研究生166人，其中博士研究生100人，硕士研究生66人，在站博士后17人。积极吸引国内外高级访问学者来所短期工作，并先后与东北林业大学、安徽师范大学、沈阳建筑工程学院、沈阳师范大学联合共建，互聘兼职教授，使该所创新固定岗位人员与流动人员的比例达到1：1.7，优化配置了人才资源。
　　加强实验室建设和科研园区建设是沈阳应用生态研究所实施知识创新工程