复旦大学公共卫生学院的历史可追溯至1927年。中国著名医学教育家、公共卫生学家颜福庆于1927年创办医学院时，就非常重视公共卫生的教学，次年7月在医学院内组建了公共卫生科，并亲任科主任兼公共卫生教授，逐步开展疾病预防、环境卫生和妇幼保健等工作。1928年，由胡宣明负责建立了“吴淞(今宝山区)卫生公所”作为公共卫生教学实验区，1929年9月与上海市卫生局合作，改建为“吴淞卫生模范区”，同时建立了“高桥(今浦东新区)卫生事务所”。
　　此后，历经抗战直至解放，机构名称数易，由公共卫生科更名为公共卫生学院、卫生系等。先后担任院系主任、院长的有苏德隆、李穆生、顾学箕、俞顺章、詹绍康、姜庆五等。
　　2000年4月上海医科大学与复旦大学合并后，成立复旦大学公共卫生学院。姜庆五任院长．郭红卫、徐勋、钱序、周志俊、陈文先后任副院长。傅华任党委书记。毛惠琴、包江波先后任党委副书 记。
　　公共卫生学院在我国的疾病防治、预防保健及卫生政策的决策工作中发挥了重要作用，涌现出一批国内外知名的专家教授。
　　1956年起，苏德隆任全国血吸虫病防治委员会副主任兼预防组主任，4次受到毛泽东同志的接见。在苏德隆的带领下，通过实验室研究和现场实践相结合的方法，发现钉螺的分布规律，提出预防为主、防治结合的区域性防治血吸虫病的科学理论。在这些理论的指导下，在血吸虫病重灾区上海青浦县建立了“血吸虫病试验田”进行血吸虫病的防治并加以推广，1966年青浦县消灭血吸虫病，随后在安徽、江西、湖南血吸虫病防治和控制流行的实践中也取得了显著成效。1985年上海市宣布要消灭血吸虫病。流行病学教研室筛选和推广多种灭螺药物、研制成“防蚴笔”等，在国内和非洲索马里的血吸虫病流行区域应用取得了良好的效果，使疫区居民的血吸虫病感染率和湖水钉螺的感染率迅速下降，对控制血吸虫病的流行做出了重要贡献。80年代，袁鸿昌对江湖洲滩地区血吸虫病流行因素、规律和对策的研究，先后作为国家“七五”、“八五”攻关课题。学院对霍乱弧菌越冬机理与2号病发生发展关系的研究取得了重大突破。
　　1951年起，许世瑾等开展了对上海市的人口资料进行死亡率、出生率、期望寿命和年龄分布的统计分析工作，至60年代，对上海市人口进行了预测，为政府计划生育政策提供了技术资料。
　　20世纪50年代中期开始，在防治职业病过程中，顾学箕等经常组织师生下厂矿和农村，通过现场卫生学调查，结合实验室研究，在防治和控制苯中毒、铅中毒、农药中毒，改善生产环境包括高温条件下工人的作业等方面均取得成效。通过广泛的调查，发现了我国矿山企业工人中的矽肺问题，并提出了相应的参考标准。王掺兰等负责的“工业铅中毒研究”，在山东淄博蓄电池厂工业铅中毒的研究中，通过现场调查、诊断、防治、建立实验动物模型等方法揭晓了铅中毒的机理，为我国防治工业铅中毒做出了贡献，获1986年卫生部科技进步甲等奖。
　　同时期，徐达道等通过对河南、安徽等省的调查，发现了赤霉病麦的病原菌、感染途径、分布区域、预防措施、处理方法等。至80年代初，严文钰等开展了辐照食品的研究，先后对大米、洋葱、土豆、苹果、牛肉干、香肠等辐照后的食品进行了动物试验和120余人的人群试验，为国家和平利用原子能进行食品保藏提供了技术数据和科技标准。
　　同时期，杨铭鼎等开展了上海市环境质量包括大气、水体和土壤的卫生研究，对上海市空气污染、饮水中致突变物质的研究，调查了环境污染的源头、途径等，提出了大气污染的解决方案，上海市区居民饮用水临江取水口的合理位置，大气质量评估的方法等，为市政府实现城市煤气化以及黄浦江上游引水取水口选择的决策提供了科学依据。
　　1981年，根据中美两国卫生部医药卫生科技合作议定书“中美卫生服务研究合作项目”中的条款，学院与美国霍普金斯大学公共卫生学院进行科技合作，对中国上海县和美国华盛顿县的卫生服务做了对比研究。1981年7月在上海召开工作研讨会．，美国助理卫生部长布来恩特(J．Bryant)博士等6位专家到会，根据对第一手资料的科学分析，美方对我国卫生工作的方针政策、三级医疗保健网、合作医疗制度和上海县的卫生服务，给予了较高的评价。上海县的人口预期寿命从1950年的44．7岁提高到1980年的72.4岁，30年人均寿命提高了27.7岁，而美国1900年的49.2岁提高到1980年的73.2岁经过了80年才提高24岁。上海县1980年人口出生率为14．8‰。，而美国是16.3‰。上海县1980年的人口死亡率为6.2‰，而美国为9.5‰。1982年在华盛顿举行的中美联合委员会会议上，美方对这项合作深表满意，认为中国的经验值得学习借鉴，调查结果的20多篇论文在1982年及1983年先后在《上海第一医学院学报》(增刊)及美国公共卫生杂志上专辑发表。学院与上海县联合拍摄的《上海县初级卫生保健>>系列电视教学片，得到了世界卫生组织的高度赞扬，并向其他国家推荐。通过合作研究，有关人员业务上得到了培训和提高，促进了卫生事业的发展，上海县由此提前达到WH()提出的“2000年人人享有健康保健”的卫生目标。
　　1988年，上海市甲型肝炎(甲肝)爆发流行，患病30万人。徐志一等深入防治第一线，在以往病毒性肝炎研究的基础上，对这次甲肝爆发流行规律、临床特征、病毒检测技术以及甲肝流行对上海市经济发展的影响等方面进行了专题研究。调查了近3万例毛蚶食用者，获得了毛蚶传播这次甲肝爆发的血清流行病学证据，应用核酸分子杂交、细胞培养、绒猴感染实验等研究，获得毛蚶传播这次甲肝爆发的病原学证据。李子华等运用分子生物学方法分析了一株从毛蚶分离到的甲肝病毒核酸序列，为我国首次提出了甲肝病毒基因分析图谱。这些研究成果，为上海市政府禁止毛蚶上市和食用提供了科学依据，及时控制了甲肝爆发的流行，并获1991年国家科技进步三等奖项。
　　我国肝癌高发地区的预防研究上，苏德隆、俞顺章、顾杏元等深入高发区域，用流行病学理论和方法，对肝癌高发因素进行系统研究，提出了饮水污染、黄曲霉毒素污染、病毒性肝炎是肝癌高发的主要因素的理论，采用“管水、管粮、防肝炎”的七字方针进行预防。经过不断的实践和研究，肝癌高发因素的理论和预防措施被过过同行认可和接受。
　　社会医学和卫生事业管理学是20世纪80年代发展起来的一门新兴学科。李婉先、顾杏元、龚幼龙、胡善联、郝模等针对我国的实际情况，开展软课题包括“卫生政策”、“卫生资源使用及效益”、“控制医疗费用增长”、“农村合作医疗制度”、“卫生事业改革途径与效果”、“总量控制、结构调整政策评价课题”和“1995—2010年上海市卫生人力发展战略研究”等研究。
　　20世纪80年代起，学院与美国哈佛大学公共卫生学院、霍普金斯大学、瑞典乌米尔大学等国际知名大学建立了校际学术交流联系。
　　近年间，公共卫生学院围绕保障人群健康，控制重大疾病的目标和需求，在长期的科研与教学活动中，形成了“重大疾病的流行规律与控