航空航天部科技委员光电子专业组副组长，同年担任国家自然科学基金委学科评议组成员
　　1991年 他担任航空航天部科技委员会委员。
　　1994年 他创建了国家级重点实验室（可调谐激光技术重点实验室），任主任。
　　1996年 他任哈工大光电子研究所名誉所长。
　　2001年 他被评为中国科学院院士。从1982年开始 他分别担任《光学学报》编委、《光谱学与光谱分析》常务编委、《量子电子学》编委和黑龙江省光学学会理事长。
　　2003年7月15日 因病逝世于北京，享年75岁。

马祖光精神

　　马祖光为我国的教育科研事业殚精竭虑，奋斗了一生。他给我们留下的，不仅仅是大批优秀的科技人才、众多的科学发明创造和世界一流的科研机构，更有他在多年生活和工作中体现出来的克己奉公、淡泊名利的崇高美德和甘为人梯、谦逊质朴的无私襟怀。这种伟大的人格力量感人至深，催人奋进。
　　以史为镜，可以知兴替；以人为镜，可以明得失。综观马祖光平凡而伟大的一生，就如一面镜子，闪耀着炫目的理性光芒，折射出了人世间最美好的东西，使我们感悟，给我们人生的启迪。
　　马祖光是一面镜子，它真实地反映了当代知识分子求真务实的作风和崭新精神风貌。不论是教书育人，还是搞科学研究，都是非常艰苦的事业，只有那些耐得住寂寞的人，才有可能建功立业，造福于社会。马祖光抱负远大，从青年起就立志于科技创新上，把毕生精力献给了教育事业。崇高的追求激发出了超人的潜能，伟大的目标催生出了巨大的勇气，使他克服了重重险阻，终于铸就了人生的辉煌。
　　学品如人品，为学先为人。马祖光的感人事迹同时告诉我们，一个人，不管水平有多高、能力有多强、地位有多高，如果不能树立正确的人生观、世界观和价值观，摆不正自己的位置，不愿吃苦，不想奉献，没有一个良好的学风文风，甚至居功自傲，恃才，追求名利，习惯于拿资历作资本，把义务当施舍，那么，不但很难在事业上有所成就，甚至会沦为平庸的历史过客。
　　马祖光是一面镜子，它放大了新时期共产党员在各项事业中的中流砥柱作用和伟大的道德情操。作为一名共产党员，不论在任何时候、在任何岗位上都应该身先士卒，争做先锋和表率，努力把党组织的先进性和战斗力表现出来。在这一点上，马祖光堪称是楷模。在他的心目中，从来都是祖国和人民利益高于一切。他始终牢记着“共产党员要处处走在前面”，工作中勇挑重担，百折不回，诲人不倦，用心血浇灌出春色满园；他在生活中克勤克俭，严于律己，正确处理个人与集体关系；他公而忘私，披肝沥胆，用行动在广大群众中塑造了当代共产党人的良好形象，为党徽增添了光彩。
　　桃李不言，下自成蹊。马祖光的身体力行提醒我们，共产党员时刻都不要忘了自己扮演的角色，要始终保持强烈的社会责任感和历史使命感，不管在工作上还是在生活中都从严要求自己，以为人民大众谋福利为己任，吃苦在前，享乐在后，忘我投入，用朴实无华的行动认真去实践“三个代表”的重要思想。只有这样，才会赢得百姓衷心的爱戴，我们的各项事业才会破浪前进，快速发展。
　　马祖光是一面镜子。在他的身上，党性与人性得到了完美结合，做人与做事实现了和谐统一。他无愧于一个高尚的人、一个纯粹的人、一个有道德的人、一个脱离了低级趣味的人，一个有益于人民的人。每个人都应该认真对照检查一下：作党员，我是否合格？作职员，我是否称职？是否不折不扣地履行了工作职责，是否无愧于人民群众的期盼？应该看到，当前有一些人的精神状态、思想面貌与面临的任务、肩负的责任相去甚远。有的对工作缺乏热情、斗志衰退，碌碌无为；有的贪图奢侈享乐，放荡无束，沉湎于歌舞酒色；有的追名逐利，拉关系跑门子，为达个人目的不惜弄虚作假……这些歪风邪气，极大地损害了我们的事业，误国害民，与以马祖光为代表的奉献者们的高风亮节形成了强烈的反差。
　　生如春花之烂漫，死如秋水之静美。马祖光走了，但他精神未灭。他为祖国教育科研事业立下的彪炳业绩、他身上体现出的崇高人格魅力和感人的故事正在他工作过的校园里、在他无比热爱的这片黑土地上广为传颂。
　　当前，全省上下正投身于改造东北老工业基地、全面建小康的艰巨征程中。伟大的时代呼唤伟大的人格，崇高的事业需要高尚的情操。马祖光给我们留下了一笔宝贵的精神财富，广大党员干部一定要好好珍惜，结合各自不同行业、不同岗位的实际，认真学习，对照找差距，从中汲取力量陶冶情操，提高觉悟，老老实实做人，踏踏实实干事，同心同德，艰苦奋斗，投身到伟大的民族振兴事业中去实现自己的人生价值。

马祖光奖学金

　　2003年6月，为进一步弘扬马祖光院士的精神，哈尔滨工业大学（威海）决定将学校设立的奖励十佳大学生的最高学生奖项——特等奖学金命名为“马祖光奖学金”。这是该校为加强和改进大学生思想政治工作而推出的又一项措施，目的是以马祖光院士的先进事迹提升广大师生的思想觉悟。