中国科学院合肥物质科学研究院的前身是成立于1978年的中科院合肥分院，合肥分院拥有四个研究所，是一个以基础研究和高技术应用和开发研究并重的基地型分院。占地约2800多亩，拥有有科技人员约1200人，科研生产用房20万平方米，固定资产4亿多元，拥有大型仪器设备约50台套。多年来，一代又一代科学岛人在这里辛勤耕耘，默默奉献，奋力拼搏，不断开拓，取得了一大批令人瞩目的科研成果，研究所也形成了自己独特的学科优势，在国内外相关领域的研究中占领了宝贵的一席之地。
　　安徽光学精密机械研究所成立于1970年12月，经过30余年艰苦创业已形成了以大气光学、环境光学及环境监测技术和激光技术等应用基础研究为主的特色优势学科领域，在激光大气传输和激光大气探测、激光光谱学、环境光学和环境监测技术、遥感和辐射定标与修正、新型激光器和晶体材料、医学光电子和激光医疗仪器、光电子学和光电工程等方面承担了大量国家重点科技攻关项目；在环境监测技术、工业和医用激光技术、激光晶体材料等方面开发出了系列高技术产品。
　　成立于78年9月的等离子体物理研究所现已发展成为中国主要核聚变研究基地之一并成为世界实验室在中国设立的核聚变研究中心。拥有我国第一个超导托卡马克核聚变实验装置HT－7、托卡马克实验装置HT－6M、2MW离子回旋共振加热系统、2MW低杂波驱动电流系统、总功率达20万千瓦的交直流脉冲发电机组、中国最大的低温液氦系统、20万高斯稳态混合磁体以及先进的计算机控制和数据采集及处理系统。该所首创的离子束生物工程，现已发展成为一门新兴交叉学科分支－低能离子生物学。
　　由著名物理学家、中科院院士葛庭燧担任第一任所长的固体物理所成立于1982年3月，主要从事凝聚态物理和材料物理的实验和理论研究。研究领域包括纳米材料与纳米结构、机械振动吸收能谱学、计算凝聚态物理理论和计算材料科学、氧化物的电子输运等。该所现已拥有国际一流、频谱齐全、温度范围宽的内耗测量装置和一批材料制备及其物性和微结构分析测试设备，其科研人员的论文发表数和被引用数在全国研究机构中位于前列，并成为主持国家"九七三"项目"纳米材料与纳米结构"的首席科学家单位之一。
　　合肥智能机械研究所建所于1979年10月，其前身为五十年代成立的中科院华东自动化元件及仪表研究所。经过几代人不懈的努力与奋斗，智能所现已成为我国传感器技术和智能技术研究的重要基地之一，建立起一支既能承担国家重大科研任务，又 能适应社会主义市场经济体制，善于联合攻关的科技队伍。其主要学科方向为传感技术与智能技术，研究领域包括厚膜敏感材料与传感器、化学传感器与智能材料、微传感器与微系统、机器人传感器和智能传感器以及农业信息技术、物流自动化、图像处理与模式识别等。该所是传感技术国家重点实验室厚膜专业点和国家"863"智能机器人技术实验室的依托单位。
　　乘着中国科学院知识创新工程全面推进的东风，在跨入新世纪的第一年，合肥分院进行了跨所跨学科的全面整合，中科院合肥物质科学研究院于2001年12月正式成立，新成立的研究院将进一步凝炼科研目标，优化资源配置，促进学科交叉，增强创新能力，争取在等离子体物理与磁约束核聚变；大气光学；纳米科技与材料物理；环境光学与环境监测；离子束生物工程；应用激光技术；强磁场科学与技术；低温超导磁体和电力节能应用等领域为国家作出基础性、战略性、前瞻性的成果，为国民经济的可持续发展和"科技兴皖"战略作出实质性的贡献 。
　　中国科学院合肥物质科学研究院坐落在合肥市西郊风景秀丽的蜀山湖畔的“科学岛”上，这里三面碧水环绕，四季绿树成荫，长3.4公里，宽1公里，面积约2.26平方公里，距市区15.8公里，是一个以承担国家重大项目为主，高技术应用开发研究与人才培养并重的综合性科学研究基地。
　　中科院合肥物质科学研究院是由成立于七、八十年代的安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所、合肥智能机械研究所和原中科院合肥分院五个独立法人单位整合而成。中科院合肥研究院成立后，以体制创新带动学科发展，打破了原有研究所的界限，在管理机构、科研体制、技术支撑、后勤保障、园区建设等方面进行了统一的布局和优化，学科目标进一步凝炼，科技资源得到有效配置，促进了多学科的交叉和综合，增强了科技创新能力和承担国家重大任务的实力。
　　人才队伍：合肥物质科学研究院作为国家科学研究的骨干力量，科技力量雄厚，先后拥有四名院士，现有职工1500余名，科技人员约1000人，其中研究员117人，副研277人，有博士生导师85名，硕士导师161名，国家杰出青年基金奖获得者2人，引进国外杰出人才以及科学院“百人计划”入选者24人，客座研究员和访问学者17人。在职人员中，具有大学本科以上学历者约占职工总数的41％。设有博士后流动站3个，博士点6个，硕士点18个。已为国内外科研机构、高校和企业等输送了1500多名具有硕士、博士学位的高科技人才，现有博士后人员20多名，在学硕士研究生524名，博士研究生414名，包括港、澳、台和外国留学生20多名。
　　实验室设置与学科方向：设有国家“八六三” 计划大气光学重点实验室、中科院材料物理重点实验室、中科院离子束生物工程学重点实验室、国家光学辐射定标与表征技术创新实验室、国家“八六三”计划智能机器人传感技术实验室；环境光谱学联合开放实验室；安徽省环境光学监测技术重点实验室、等离子体物理与磁约束核聚变研究中心、安徽省纳米材料工程研究中心、应用激光技术研究中心、低温超导磁体和电力节能应用技术研究中心等20多个装备优良的研究室和研究中心； 主要研究方向有：等离子体物理与磁约束核聚变、大气光学、纳米科技与材料物理、环境光学与环境遥感监测技术、强磁场科学与技术、离子束生物工程、应用激光技术、低温超导磁体和电力节能应用、农业信息技术和传感与人工智能技术等。
　　技术支撑与后勤保障：现有科研设备总值2.7亿多元，十万元以上的大型仪器180台，百万元以上的大型装备25台；拥有完善的技术支撑条件和一流的的网络环境，新建了一个每秒浮点运算能力达两千多亿次的超级