中国的水产种质资源保护区，是指为保护和合理利用水产种质资源及其生存环境，在保护对象的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等主要生长繁育区域依法划出一定面积的水域滩涂和必要的土地，予以特殊保护和管理的区域。水产种质资源保护区分为国家级和省级，其中国家级水产种质资源保护区是指在国内、国际有重大影响，具有重要经济价值、遗传育种价值或特殊生态保护和科研价值，保护对象为重要的、洄游性的共用水产种质资源或保护对象分布区域跨省（自治区、直辖市）际行政区划或海域管辖权限的，经国务院或农业部批准并公布的水产种质资源保护区。
　　迄今全国共有103处国家级水产种质资源保护区。

国家级水产种质资源保护区列表

　　河北省 阜平中华鳖国家级水产种质资源保护区 山西省 圣天湖鲶鱼黄河鲤国家级水产种质资源保护区 内蒙古自治区 黄河鄂尔多斯段黄河鲶国家级水产种质资源保护区 额尔古纳河根河段哲罗鱼国家级水产种质资源保护区 呼伦湖红鳍鲌国家级水产种质资源保护区 达里诺尔湖雅罗鱼国家级水产种质资源保护区 辽宁省 双台子河口海蜇中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区 吉林省 密江河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区 鸭绿江集安段石川氏哲罗鱼国家级水产种质资源保护区 嫩江大安段乌苏里拟鲿国家级水产种质资源保护区 鸭绿江云峰段斑鳜茴鱼国家级水产种质资源保护区 牡丹江上游黑斑狗鱼国家级水产种质资源保护区 珲春河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区 黑龙江省 黑龙江萝北段乌苏里白鲑国家级水产种质资源保护区 盘古河细鳞鱼江鳕国家级水产种质资源保护区 黑龙江嘉荫段黑斑狗鱼雅罗鱼国家级水产种质资源保护区 松花江乌苏里拟鲿细鳞斜颌鲴国家级水产种质资源保护区 黑龙江李家岛翘嘴鲌国家级水产种质资源保护区 江苏省 海州湾中国对虾国家级水产种质资源保护区 太湖银鱼翘嘴红鲌秀丽白虾国家级水产种质资源保护区 洪泽湖青虾河蚬国家级水产种质资源保护区 阳澄湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区 长江靖江段中华绒螯蟹鳜鱼国家级水产种质资源保护区 蒋家沙竹根沙泥螺文蛤国家级水产种质资源保护区 长江大胜关长吻鮠铜鱼国家级水产种质资源保护区 固城湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区 高邮湖大银鱼湖鲚国家级水产种质资源保护区 长江扬州段四大家鱼国家级水产种质资源保护区 白马湖泥鳅沙塘鳢国家级水产种质资源保护区 浙江省 乐清湾泥蚶国家级水产种质资源保护区 安徽省 泊湖秀丽白虾青虾国家级水产种质资源保护区 长江安庆江段长吻鮠大口鲶鳜鱼国家级水产种质资源保护区 武昌湖中华鳖黄鳝国家级水产种质资源保护区 破罡湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区 焦港湖芡实国家级水产种质资源保护区 福建省 官井洋大黄鱼国家级水产种质资源保护区 江西省 鄱阳湖鳜鱼翘嘴红鲌国家级水产种质资源保护区 桃江刺鲃国家级水产种质资源保护区 庐山西海鳡国家级水产种质资源保护区 太泊湖彭泽鲫国家级水产种质资源保护区 泸溪河大鳍鳠国家级水产种质资源保护区 抚河鳜鱼国家级水产种质资源保护区 山东省 崆峒列岛刺参国家级水产种质资源保护区 南四湖乌鳢青虾国家级水产种质资源保护区 长岛皱纹盘鲍光棘球海胆国家级水产种质资源保护区 海州湾大竹蛏国家级水产种质资源保护区 莱州湾单环刺螠近江牡蛎国家级水产种质资源保护区 靖海湾松江鲈鱼国家级水产种质资源保护区 泰山赤鳞鱼国家级水产种质资源保护区 马颊河文蛤国家级水产种质资源保护区 蓬莱牙鲆黄盖鲽国家级水产种质资源保护区 黄河口半滑舌鳎国家级水产种质资源保护区 灵山岛皱纹盘鲍刺参国家级水产种质资源保护区 河南省 黄河郑州段黄河鲤国家级水产种质资源保护区 淇河鲫鱼国家级水产种质资源保护区 光山青虾国家级水产种质资源保护区 宿鸭湖褶纹冠蚌国家级水产种质资源保护区 湖北省 梁子湖武昌鱼国家级水产种质资源保护区 西凉湖鳜鱼黄颡鱼国家级水产种质资源保护区 淤泥湖团头鲂国家级水产种质资源保护区 长湖鲌类国家级水产种质资源保护区 长江黄石段四大家鱼国家级水产种质资源保护区 汉江沙洋段长吻鮠瓦氏黄颡鱼国家级水产种质资源保护区 汉江钟祥段鳡鳤鯮鱼国家级水产种质资源保护区 湖南省 东洞庭湖鲤鲫黄颡国家级水产种质资源保护区 南洞庭湖银鱼三角帆蚌国家级水产种质资源保护区 湘江湘潭段野鲤国家级水产种质资源保护区 南洞庭湖大口鲶青虾中华鳖国家级水产种质资源保护区 南洞庭湖草龟中华鳖国家级水产种质资源保护区 广东省 西江广东鲂国家级水产种质资源保护区 上下川岛中国龙虾国家级水产种质资源保护区 石窟河斑鳠国家级水产种质资源保护区 流溪河光倒刺鲃国家级水产种质资源保护区 增江光倒刺鲃大刺鳅国家级水产种质资源保护区 海陵湾近江牡蛎国家级水产种质资源保护区 西江赤眼鳟海南红鲌国家级水产种质资源保护区 广西壮族自治区 漓江光倒刺鲃金线鲃国家级水产种质资源保护区 海南省 西沙东岛海域国家级水产种质资源保护区 重庆市 长江重庆段四大家鱼国家级水产种质资源保护区 四川省 黄河上游特有鱼类国家级水产种质资源保护区 * 大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区 郪江黄颡鱼国家级水产种质资源保护区 渠江黄颡鱼白甲鱼国家级水产种质资源保护区 嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区 云南省 弥苴河大理裂腹鱼国家级水产种质资源保护区 南捧河四须鲃国家级水产种质资源保护区 元江鲤国家级水产种质资源保护区 槟榔江黄斑褶鮡拟[鱼晏]国家级水产种质资源保护区 澜沧江短须[鱼芒]中华刀鲶叉尾鲶国家级水产种质资源保护区 陕西省 黑河多鳞铲颌鱼国家级水产种质资源保护区 黄河洽川段乌鳢国家级水产种质资源保护区 甘肃省 黄河刘家峡兰州鲶国家级水产种质资源保护区 黄河上游特有鱼类国家级水产种质资源保护区 * 白水江重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区 洮河扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区 大夏河裸裂尻鱼国家级水产种质资源保护区 青海省 青海湖裸鲤国家级水产种质资源保护区 黄河上游特有鱼类国家级水产种质资源保护区 * 扎陵湖鄂陵湖花斑裸鲤极边扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区 玛柯河重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区 宁夏回族自治区 黄河卫宁段兰州鲶国家级水产种质资源保护区 黄河青石段大鼻吻鮈国家级水产种质资源保护区 渤海 辽东湾渤海湾莱州湾国家级水产种质资源保护区 * 东海 东海带鱼国家级水产种质资源保护区 南海 北部湾二长棘鲷长毛对虾国家级水产种质资源保护区 注：标“*”者，为跨省际行政区划或海域管辖权限的国家级水产种质资源保护区。