的有齿叶黑桫椤、金毛狗、金钱松、香榧、樟树、闽楠、浙江楠、野大豆等8种；此外，兰科植物有21种。经济资源植物1821种，其中主要有材用植物120种，纤维植物104种，芳香植物43种，食用植物98种，密源植物176种，药用植物750种。区内名木古树繁多，有目前已知胸径为世界之最的檵木王（胸径63cm）、胸径为福建省之最的南方红豆杉王（胸径223cm）、深山含笑（胸径140cm）、青钱柳（胸径104cm）、香榧（胸径180cm），还有柳杉王（胸径230cm）、红楠（胸径68cm）等；特殊保护群落有大胸径南方红豆杉群落、柳杉群落、面积达2 00hm2的黄山松纯林、成片的闽楠林等。
　　龙栖山自然保护区是我国东部亚热带森林植被保存比较完好、植物种类较为复杂的地区之一，被誉为“天然植物园”。植物区系成份属于北极植物区、中国—日本森林植物亚区、亚热带植物区系。区系组成复杂，植被类型较多，地带性植被为典型的常绿阔叶林，依据植物群落的种类组成、外貌结构和生态生理分布，按照《中国植被》的分类系统，将龙栖山森林植被类型分成6个植被类型，21个群系。植被类型主要有：常绿针叶林（暖性针叶林）、落叶阔叶林、常绿阔叶林、竹林、灌丛以及草丛与草坡。据初步调查，龙栖山有大型真菌资源60多种，据估计有200多种，其中有珍稀的莘克莱虫草、灰树花、蚂蚁草等，还有较大经济价值的大型真菌资源如红菇、泥菇、竹荪等。龙栖山保护区素有“天然植物园”、“珍稀濒危野生动物的基因库”之美称。
　　龙栖山属亚热带森林生态系统类型，其自然生态系统主要有如下特点：
　　生物区系古老。龙栖山生物区系起源古老，由于本区成陆历史悠久，地形复杂，环境条件优越，加上第四纪冰川未直接袭击本区，使得第四纪前植物能得以繁衍延续，但冰川进退引起的冷暖交替对第四纪前植物区系组成及其稳定有一定的影响，使得本区的现代植物区系成分较为复杂，而许多孑遗植物，如卷柏、柳杉、三尖杉、南方红豆杉等珍稀物种得以保留，这些古老植物是经过长期的地质和气候变迁而遗留下来的活化石植物，对植物地理研究有重要意义。
　　典型性。保护区地处中亚热带和南亚热带的交汇处，森林繁茂，在局部地段还保存了一定面积的原始性较强森林和次生林，中国特有属、种占有一定的比例，这在同一纬度中低海拔地区是罕见的，在一定程度上反映出我国东部中亚热带南缘地区森林的原貌，具有重要的生物地理学意义。
　　自然性。区内植被以原始林和次生林为主，森林覆盖率高达97%，特别是在低海拔地段还保存了大面积的常绿阔叶林，具有各种代表性的天然生态系统和自然景观；并且，保存了较好的原始南方红豆杉、柳杉等大胸径群落。这些原始林、次生林和原生性的珍稀植物群落具有极高的科研价值，对进一步研究我国的植物区系的起源、发展和植被的演替均具有重大意义。
　　生物多样性。区内生境复杂多样，适宜不同习性的生物生长和繁衍，生物物种达3 892种，包含着物种和遗传基因多样，其中含有大量的珍稀濒危物种和当地特有种。龙栖山生物多样性及丰富度在我国东部有一定的代表性，成为我国亚热带地区的一个重要的生物资源基因库。
　　脆弱性。本区石牛栏一带的草丛（华南虎的重要栖息地）、十字坳附近的黄山松纯林都生长在高海拔区域，这些区域土壤较薄，地势陡峡、峡谷深切，水流落差大，植被一旦遭到破坏，就极难恢复，这在一定程度上说明龙栖山保护区内的生态系统本身就极其脆弱。又由于保护区内的人为活动和生产经营频繁，特别是毛竹的经营，片面追求经济效益，对原始林和次生林的破坏没有从根本上得到控制，乱砍滥伐、乱捕滥猎、乱采滥挖现象有时还存在。生态环境已遭受一定的破坏，急需加以严格保护。
　　面积适宜性。保护区总面积15693hm2，保存较完整的区域有近9000hm2。其面积能维持该区森林生态系统的稳定性，为南方红豆杉、闽楠和黄腹角雉、白颈长尾雉等珍稀物种提供良好的生存环境。
　　感染力。龙栖山区域地层发育较全，自前震旦系至第三系均有出露，保存了大量生物化石；该区地貌奇特，经风化形成孤峰、陡壁，构成丹霞地貌，断崖林立，山间泉水奔流；保存了大胸径的南方红豆杉、闽楠、柳杉群落；其自然景观，具有极强的感染力，适合开展生物多样性保护、科研、宣传教育、旅游，前景广阔、意义深远。
　　龙栖山以古传龙潜于此而得名，将乐县境内的国家重点风景名胜区玉华洞和国家级自然保护区龙栖山，与毗邻的武夷山风景区和金湖风景区形成闽西北旅游“金三角”。区内群峰列屏，山峦叠翠，林木葳蕤，秀丽峻美，孤峰陡壁，深潭瀑布。区内主要景点有：仙人堂、植物园、十字坳、石牛栏、龙潭飞瀑、山前云海、手工造纸作坊等8处。同时还有古厝桥、百龙壁等，这些都成为当地重要的人文景观，是开发生态旅游的重要资源之一。
　　根据保护区的实际情况，为了便于自然资源与生态环境的保护和管理，做到重点突出，目标明确，充分发挥各功能区的作用，将保护区分成两个区域，即保护区域和经营区域。保护区域包括核心区面积4 172.2hm2,占总面积的33.1%；缓冲区面积3 838.4hm2，占总面积的30.5%；实验区面积4 89。4hm2,占总面积的36.4%。以保护森林生态系统和国家重点保护的野生动植物为目的，始终保持自然状态。
　　缓冲区的作用是缓解外界压力、防止人为活动对核心区的影响，对核心区生态环境的保护具有必不可少的意义。该区内可进行有组织的科研、教学、考察等工作。
　　自管理局成立以来，积极会同县人大、周边乡镇，根据保护区及周边社区的特点与具体情况，制定并实施《福建龙栖山国家级自然保护区管理办法》，使保护区的保护与管理有法可依、有章可循。同时以村规民约、保护公约的形式，组成群护群防，基本形成共同保护、相互监督、齐抓共管的局面，积极为保护区野生动植物资源和生态环境的保护提供良好的外部环境，当地农民也为此作了不少贡献，区内的野生动物种群数量得到大幅增长。
　　2003－2005年，本着从实际出发，坚持高起点、高标准的原则，用3年的时间，建立起较为完备的管护体系，建成森林生态系统完整稳定、环境优美、保护、科研、宣教和附属设施较为完善、服务一流的自然保护区雏形。具体方案有：建立健全资源管护体系，最大限度地保护森林生态系统，使之免遭人为干扰和破坏。采取多种措施，保护和拯救国家重点保护的野生动植物物种，逐步扩大珍稀濒危植物群落和动物种群，保持生物物种的多样性。积极开展科学研究和科学试验，加强宣传教育，提高科技水平和公众的环保意识。合理利用自然资源和景观资源，建立以生态环境旅游和种植业为主的社区经营体系。完善保护区机构建设，加强人员培训，引进专业技术人才，努力培养造就一支思想素质好、政策水平高、业务能力强、爱岗敬业的保护管理队伍和科研技术队伍。搞好保护区附属设施建设，改善工作和生活条件，解决保护区干部和职工工作的后顾之忧，充分调动职工积极性，为保护区的建设和发展做贡献。
　　在保护区内初步建成以保护亚热带森林生态系统及国家重点保护野生动植物为主的管护体系