（2003年4月3日上海市人民政府令第2号发布）
　　第一条（目的和依据）
　　为了加强崇明东滩鸟类自然保护区的建设和管理，保护鸟类及其赖以生存的自然环境，根据《中华人民共和国自然保护区条例》和有关法律、法规的规定，制定本办法。
　　第二条（含义）
　　本办法所称崇明东滩鸟类自然保护区（以下简称保护区），是指经市人民政府批准为保护鸟类及其赖以生存的自然环境、在崇明东滩划定一定区域经上海市人民政府（以下简称市政府）批准在崇明东滩划定的特殊保护区域，对鸟类及其赖以生存的自然环境予以特殊的保护和管理。
　　第三条（适用范围）
　　本办法适用于保护区的规划、建设及其相关的管理活动。
　　第四条（管理部门）
　　上海市农林局（以下简称市农林局）会同崇明县人民政府负责保护区规划的编制、保护区的建设及相关管理活动。市农林局所属的上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理处（以下简称保护区管理处），负责保护区的日常管理工作。
　　上海市环境保护局（以下简称市环保局）负责保护区的综合管理，对保护区环境保护实施指导和监督检查。
　　本市其他有关行政管理部门应当按照各自的职责，协同做好保护区的管理工作。
　　第五条（保护原则）
　　保护区的建设和管理应当以保护鸟类及其赖以生存的自然环境为宗旨，实行科学规划、分区控制、动态保护，并妥善处理好与当地经济建设和居民生产、生活的关系。
　　第六条（保护区规划）
　　市农林局应当根据鸟类资源、自然环境状况和保护的需要，会同崇明县政府及有关行政管理部门编制保护区建设和发展规划，组织进行环境影响评价，经规划部门平衡后，纳入本市国民经济和社会发展计划，报市政府批准后实施。
　　保护区管理处应当制定与鸟类资源和自然环境保护有关的保护区年度控制计划，报市农林局批准后实施，并报市环保局备案。
　　第七条（保护区功能区域的划分）
　　根据鸟类栖息地管理的不同要求，保护区划分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区域。
　　临海人工围堤以外的海三棱藨草带、盐渍藻类光泥滩以及吴淞高程零米线外侧一定水域，为白头鹤、小天鹅等珍禽以及迁徙水鸟集聚及其赖以生存的天然湿地，划为核心区。
　　临海人工围堤至海三棱藨草带内侧的一定区域，为迁徙鸟类经常觅食和活动区域，划为缓冲区。
　　保护区内除核心区、缓冲区以外的其他区域，划为实验区。
　　第八条（保护区及区内功能区域范围的调整）
　　保护区及区内功能区域范围的调整，应当根据滩涂淤涨和植被演替等造成鸟类栖息地变化的实际情况，由市农林局会同崇明县政府及相关行政管理部门提出方案，经自然保护区评审委员会评审后，由市环保局进行协调，提出审批建议，报市政府批准并予以公布。
　　第九条（界标的设置）
　　市农林局应当按照市政府批准并公布的保护区及区内功能区域范围，在保护区内各功能区域边界的显着位置，设置区域界标。
　　第十条（保护区生产活动和设施的管理）
　　核心区和缓冲区内不得建设任何生产设施。
　　实验区内不得建设污染环境、破坏资源的生产设施。已建成的设施，其污染物排放应当低于国家和本市规定的排放标准。
　　第十一条（进入保护区的人员控制）
　　核心区、缓冲区的人员进入，实行数量控制。
　　每年9月至翌年4月的鸟类迁徙高峰期，保护区管理处对核心区、缓冲区采取封区管理措施，除科研人员和必需进入的相关管理人员外，禁止任何人员进入核心区和缓冲区。
　　保护区管理处应当根据批准的年度控制计划，确定鸟类迁徙高峰期和非迁徙高峰期每日进入核心区、缓冲区的人员数量，报市农林局批准后，于每年8月上旬公布。
　　第十二条（进入保护区进行科研教学活动的管理）
　　凡需在核心区内从事科学研究观测、调查或者在缓冲区内从事科学研究、教学实习和标本采集活动的，应当事先向保护区管理处提交书面申请；境外组织或者个人进入保护区从事科学研究的，应当向市农林局提出书面申请。书面申请包括以下内容：
　　（一）申请人的基本情况；
　　（二）预定活动的时间、内容、规模、人数、范围及使用的相关设备等；
　　（三）计划捕捉动物或者采集动物标本的名称、数量。
　　市农林局或者保护区管理处按照规定受理申请的，应当自受理之日起10个工作日内作出审批决定。经审批同意的，发给《保护区通行证》，其中涉及捕捉动物或者采集动物标本的，还应当发给相应的狩猎或者采集证件；不同意的，应当书面通知并说明理由。
　　保护区管理处认为申请者开展的科研活动对鸟类资源保护有价值的，可以与申请者签订相关协议，约定科研成果的归属及使用等事项。
　　第十三条（禁止行为）
　　禁止任何单位或者个人在保护区内从事下列行为：
　　（一）未经批准擅自进入核心区、缓冲区；
　　（二）采用投毒、网捕、射杀等方式猎捕鸟类，或者携带猎捕鸟类工具进入保护区；
　　（三）破坏、损毁或者擅自移动保护区标志物及保护设施；
　　（四）引入对鸟类及其赖以生存的自然环境造成或者可能造成严重危害的外来物种；
　　（五）其他损害自然环境的活动。
　　第十四条（非常状态下的进入）
　　因防汛抗灾或者灾害性天气影响紧急避险等进入保护区的，应当遵守保护区的各项规定。相关情形消除后，应当立即退出保护区。
　　第十五条（治安管理）
　　保护区所在地的公安机关可以根据需要在保护区设置公安派出机构，维护保护区内的治安秩序。
　　第十六条（经费）
　　保护区的经费，来源于以下渠道：
　　（一）财政拨给的专项资金；
　　（二）接受的国内外组织或者个人的捐赠；
　　（三）国家允许的其他方式筹集的资金。
　　第十七条（表彰和奖励）
　　对在保护区的保护、建设、管理和有关的科学研究工作中做出显着成绩的单位和个人，应当给予表彰或者奖励。
　　第十八条（超标排污的法律责任）
　　违反本办法规定，在实验区内建设的项目设施，超过国家和本市规定标准排放污染物的，由环保行政管理部门按照有关法律、法规、规章的规定处理。
　　第十九条（损坏标志物或者保护设施的法律责任）
　　违反本办法规定，破坏、损毁或者擅自移动保护区标志物及保护设施的，由保护区管理处责令其恢复原状或者赔偿损失，并可根据情节处以100元以上5000元以下罚款。
　　第二十条（猎捕鸟类的法律责任）