自然保护区植物区系组成有68科273属745种。湿地是自然保护区的主要组成部分，是水生植物生长的优良场所。组成本区湿地水生植被的植物有18科41种，水域分布主要为眼子菜科、金鱼藻科、睡莲科和浮萍科植物；沼泽地分布则以香蒲科、禾本科和莎草科植物为多。水生植物中有世界广布种11种，如芦苇、水烛、杂狐尾藻、金鱼藻和浮萍等；温带分布种6种，亚热带至温带分布种12种，如眼子菜、茨藻、莎草等；热带至温带分布种12种，如莲、线叶眼子菜、黑藻等。陆生植物包括分布于农田、沙丘、盐渍、荒地、湖泊周围和沿黄河大堤生长的植物。

管理状况

　　自然保护区从1988年建立到现在，已经走过了15年的历程。保护区经历了从省级自然保护区晋升为国家级自然保护区；经历了从全国名不见经传的保护区发展为在中国有较高知名度的保护区；经历了管理机构从科级到处级的变更；面积也由原来的 3030公顷扩大到24780公顷。15年来，自然保护区从小到大，稳步发展，已经引起了国内外有关部门、组织和专家学者的极大重视和关注。
　　黄河故道湿地鸟类国家级自然保护区管理处，为副处级全供事业单位，隶属于新乡市环境保护局，编制13人，设有处长1人，书记1人，副处长2人，副书记1人，内设两科一室，其中：高工7人，工程师2人，助工2人，行政人员2人。为了支持自然保护区的建设和管理，十几年来，国家环保总局、财政部、河南省环保局相继投入了300多万元专项经费，用于自然保护区管理处的基础能力建设，对提升自然保护区的管理水平和科研能力起到了很大作用。湿地资源的保护和利用已成为当今国际社会关注的重要课题。2002年3月10日，江泽民主席在中央人口资源工作座谈会上就湿地保护作出了重要指示:"加强湿地保护刻不容缓,要采取抢救性措施,建立一批湿地保护区,同时要管好已建立的湿地保护区"。由此提出恢复湿地工程的有效途径和可持续利用的保护对策。
　　管理措施
　　1、开展了广泛的自然保护方针政策和法规的宣传教育。在保护区周边交通要道、路口建立了16块大幅永久性宣传牌、书写标语、张贴布告、印刷和散发保护区的宣传材料；加强与新闻媒体的联系，搞好保护区新闻报道；每年坚持搞好“爱鸟周”宣传活动，通过形式多样的宣传，提高了各级领导和广大群众的自然保护意识。
　　2、妥善解决保护区与周围地方群众的关系。保护区地处人口稠密的农业区，与周围的村落、农田、牧场、果园、林地等交错在一起，正确处理、协调当地政府和群众同保护区建设管理的矛盾，争取地方政府与广大人民群众对保护事业的支持，是做好保护区工作的基础条件。
　　3、严禁在保护区核心区内进行捕猎、垦荒、放牧、滥伐林木、拉沙、打鱼塘等有害于野生动植物生存的各种活动。
　　4、搞好自然保护区的水源监测，定期测量地下水位，加强水环境的监测，严防工业生产废水污染保护区。
　　5、定期观测鸟类资源的消长动态，掌握珍稀水禽活动规律，种群数量的变化状况，建立资源档案，发现问题及时采取有效措施。
　　6、加大自然保护区的巡护管理频次，及时发现和处理破坏保护区的违法行为。
　　7、加强自然保护区的管理，保护自然生态环境的完整性，造福后代，经河南省及新乡市人民政府批准，自然保护区范围调减工作已经开始，相关文本资料已通过省环保局组织的专家评审论证，并呈报国家环境保护总局。新的规划对保护区的范围、面积进行了适当调整。
　　保护区湿地恢复及保护一期工程
　　这项由国家与地方政府共同投资1250万元兴建的鸟类自然保护区“南片区”湿地恢复及保护工程，将很快进入建设实施阶段。豫北黄河故道湿地鸟类国家级自然保护区位于新乡市东部，其核心区面积7127公顷。保护区内水域、滩涂广阔、野生动植物资源丰富，鸟类众多，是黄河下游平原人口稠密区交通发达地带遗存下来的较大的一块湿地，是我国冬候鸟的越冬北界。该工程主要建设内容包括建设南片区湿地恢复与保护工程引水渠20.178公里；管护工作站１座、管护点２个、哨卡３个，总建设面积683平方米；科研检测及宣教工程1000平方米等。项目建成后，可有效保持区内湿地生态环境，保护各类动植物资源，促进人与自然和谐发展，生态效益和社会效益均十分显著。