中国医学基金会是在改革开放的新形势下，为促进我国医疗卫生事业的发展，由我国医学界知名专家、学者及社会知名人士发起，在中国国际友谊促进会和社会各界的支持下，于1987年9月正式成立。我国著名社会活动家、全国人大常委会原副委员长、中国国际友谊促进会理事长朱学范任主席，公安部原副部长、中国国际友谊促进会副理事长李善卿任会长，常务副会长程克如任法人代表。中国医学基金会成立以后，逐步开展了引进先进医学技术，促进学术交流，捐赠医疗设备用于支持老少边穷地区及其它急需地区，支持中医药发展等项活动。
　　1990年7月中国医学基金会进行组织调整，卫生部原副部长郭子恒接任会长、法人代表。1992年完成社团重新登记工作后，1993年1月召开了第二届理事会，选出郭子恒等同志的新一届领导班子，通过了新的基金会章程。1993年中国医学基金会推出防治碘缺乏病的“智力工程”。
　　1996年3月召开第三届理事会，科学院院士、工程院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平接任基金会主席，郭子恒连任会长。经过全体同仁团结努力，基金会工作不断向卫生防疫、医疗科研、国际交流、人才培养等领域拓宽。
　　1998年2月召开第三届第二次理事会，贯彻了领导班子年轻化的要求。中国市长协会秘书长陶斯亮接任会长，常务副会长华俊东任法人代表。在新的历史条件下，中国医学基金会坚持两个文明一起抓。1998年6月建立了医德医风奖励基金，1998年10月建立了戒毒专项基金。
　　2000年3月召开第四次理事会，中国市长协会秘书长陶斯亮继续任会长。常务副会长张浩然任法人代表。2000年5月建立杨崇瑞妇幼卫生奖励基金。随着中国医学基金会工作的开展，理事成员不断增加。其中科学院院士、工程院院士达二十余名，2000年11月中国医学基金会建立了专家指导组。2001年11月在十堰市人民医院建立了我会的中西部培训基地。2001年5月常务副会长殷子烈接替张浩然任法人代表。2001年8月建立了新药发展基金。
　　2002年9月召开第四次理事会二次会议，接受陶斯亮因市长协会工作繁忙辞去会长的请求，原卫生部副部长殷大奎同志接任会长。在“三个代表”思想的指引下，中国医学基金会广泛募集资金。2002年建立了企业家健康工程；爱心病房基金；王叔先肾病基金。与此同时中国医学基金会大力加强了信息工作，2003年1月中国医学基金会主办的“中国医药指南”杂志正式发行。2003年3月中国医学基金会网站正式开通。
　　2003年上半年，我会紧密围绕抗击“非典”斗争开展了一系列的活动，及时表彰了战斗在一线的优秀医务工作者。并于2003年5月建立了健康饮食文化基金及三元健康关爱基金。
　　2003年7月建立了基层卫生发展扶持基金。
　　2003年7月中华人民共和国民政部授予我会为“抗击非典先进社会团体”称号。