中国科学院南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。自成立以来，南京土壤研究所一直肩负着为中国农业发展和生态环境建设服务的重任，凝聚和培养了一大批优秀人才，面向全国的土壤资源，开展了一系列卓有成效的研究工作，先后荣获国家级科技奖励40余项，省部级科技奖励200余项，逐步发展成为在土壤科学领域研究实力雄厚、分支学科齐全并在国际上享有较高声誉的国家级研究中心和高级人才培养基地，为我国乃至世界土壤科学的发展做出了重要贡献。
　　一、发展目标
　　作为中国科学院知识创新工程试点研究所，该所确定的战略发展目标是：针对农业发展与生态环境建设中国家急需解决的重大问题和土壤学的发展需要，面向我国主要土壤类型，围绕土壤资源与管理、土壤肥力与调控、土壤环境与健康三大研究领域，为我国食物安全、土壤生产力的提高和环境质量的改善提供决策依据和关键实用技术；积极参与国际土壤科学前沿的竞争，丰富和发展现代土壤学理论，建成国际一流的土壤科学研究中心。
　　二、人员状况
　　现有固定人员：252人，其中专业技术人员：193人。研究员：32人（含院士2人），副高级研究人员：68人，中初级人员：93人。国家杰出青年基金获得者：3人，"百人计划"及"引进国外杰出人才"入选者：4人。（以上数据截止至2005年9月30日）
　　三、博士后流动站及学位授予点
　　现有1个博士后流动站以及农业资源利用一级学科博士学位和3个二级学科硕士学位授予点，拥有研究生180人，其中博士86人，硕士94人。在站博士后18人。（以上数据截止至2005年9月30日）
　　四、研究及技术支撑机构设置
　　该所围绕土壤资源与管理、土壤肥力与调控、土壤环境与健康三大研究领域现设有9个研究室，分别为土壤与农业可持续发展国家重点实验室、土壤资源与遥感应用研究室、土壤－植物营养与肥料研究室、土壤化学与环境保护研究室、土壤物理与盐渍土研究室、土壤生物与生化研究室、土壤与环境生物修复研究中心、土壤利用与环境变化研究中心、农业生态与区域发展研究中心，其中农业生态与区域发展研究中心包括中科院生态系统研究网络(CERN)土壤分中心、封丘农业生态国家实验站、鹰潭红壤生态开放实验站、常熟农业生态实验站、三峡工程生态环境秭归实验站。此外，该所还主办被SCI收录为源刊的《PEDOSPHERE》（土壤圈）以及《土壤学报》、《土壤》等3份中英文学术期刊；图书馆是联合国粮农组织的特约图书馆，藏有中外文书籍和期刊23万册；土壤标本馆保存和陈列了我国不同类型及部分其他国家的近6万号土壤标本；土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位，拥有20多台大型分析测试仪器。中国土壤学会和江苏省土壤学会均挂靠在该所。
　　五、在研重大项目
　　目前该所正主持承担着"土壤质量的演变规律与持续利用"、"长江、珠江三角洲地区环境质量演变机制与调控原理"2个国家重点基础研究发展规划（973）项目、"太湖河网区面源污染控制成套技术"、"南方季节性缺水灌区节水农业综合技术体系集成与示范"2个国家"十五"重大科技专项（863）项目，以及国家自然科学基金重大项目"主要农田生态系统氮素行为与氮肥高效利用的基础研究"等一批国家和有关部门下达的重大科研任务。
　　六、交流与合作
　　该所先后与30多个国家和地区建立了合作研究关系，同如英国洛桑试验站、日本农业环境研究所等一批国际著名研究机构签订了长期全面合作协议。设有由中国国家自然科学基金委员会和德国德意志研究联合会共同资助的"中德土壤与环境联合实验室"以及与香港浸会大学共建的"土壤与环境联合开放研究实验室"，并是"全球土壤修复网络（GSRN）"亚洲分中心的挂牌单位。