中国科学院地球化学研究所成立于1966年2月，由北京地质研究所的地球化学部分、昆明地质工作站和贵阳化学研究所合并组成。1999年底在职职工总数337人，其中在职科技人员249人，有中国科学院院士2人，研究员44人，副研究员64人，中级科技人员92人，初级科技人员47人。现有在学博士生48人，硕士生39人。另有博士后19人。
　　地球化学研究所以资源、环境科学问题为主要研究内容，以矿床地球化学、环境地球化学、行星地球物质演化及地质流体作用地球化学为主攻方向，主要研究地球物质循环的地球化学过程及其与矿产资源形成分布和人类生存环境变化的内在联系以及这一过程在地球历史中的演化规律。现设有地球化学、矿物学博士点，应用地球化学、地球化学、矿物学硕士点和地质学博士后流动站。
　　研究机构现设有：中国科学院矿床地球化学开放研究实验室、环境地球化学国家重点实验室、国土资源整治和灾害预测遥感开放中心、地球与行星物质演化研究部以及流体作用地球化学研究部。
　　科技开发方面现有2个公司和2个中心，即新技术开发公司、科技开发公司和非金属材料研究开发中心以及超临界CO2萃取研究开发中心。
　　重要的科研设施及装置有：X荧光光谱实验室、电子探针实验室、高分辨离子体质谱实验室、分析电镜实验室、包裹体成分实验室、岩矿鉴定实验室、稳定同位素实验室、放射性核素实验室、同位素质谱实验室、元素分析实验室、分子光谱实验室、原子吸收光谱实验室、化学分析实验室、微生物检测室、X衍射实验室、红外光谱实验室、构造地球化学实验室、成岩成矿实验室、深部地质高温高压实验室。
　　围绕“知识创新工程”，1999年地球化学研究所根据调整后学科方向和近期发展目标，进一步加强和深化改革，调整机构、分类管理实行量化考核，实行绩效分配制度，突出自己学科特色，集中科研力量，完成了1999年科研任务。
　　1999年地球化学研究所共有在研项目(课题)138个，经费909.964万元。其中国家攻关与攀登划项目(课题)22个，国家自然科学基金项目47个，院重大与重点项目17个，贵州省和云南省科学技术基金项目18个，国际合作项目4个，部门委托课题15个，博士后课题5个，开放室3个，所长择优支持基金7个。1999年新增课题共38个，经费1000万元。其中有国家基础研究发展规划项目1个；国家自然科学基金面上项目8个；国家杰出青年基金项目1个；国际科技部专项项目1个；中科院“西部之光”项目1个；贵州省和云南省项目5个；国家“863”项目子专题1个；国际合作项目2个；其他项目2个。
　　1999年地球化学研究科研人员分别在《中国科学》、《科学通报》、《自然科学进展》、《矿物学报》、《地球化学》、《环境科学》等国内国外重要的75种学术期刊发表学术论文315篇。外文期刊发表130篇，其中国外学术期刊发表12篇。被《SCI》收录的论文有103篇。出版著作4部，168.90万字，其中专著3部，论文集1部。
　　学术活动与国际合作交流方面，1999年地球化学研究所共派出11批14人次前往美国、加拿大、英国、日本、比利时等国家进行学术交流和合作研究。接待了来自美国、加拿大、英国、日本、俄罗斯、德国、朝鲜等国家的专家、学者9批20人次到我所进行学术交流和合作研究。邀请国内专家、学者来所作学术报告和讲座20余次。
　　1999年地球化学研究所招收博士生16人，硕士生15人。博士后进站7人。
　　地球化学研究所是中国矿物岩石地球化学学会和科学时报贵州记者站的挂靠单位。编辑出版“Chinese Journal of Geochemistry”、《矿物学报》、《地质地球化学》和《矿物岩石地球化学通报》。