青藏高原研究所是根据国家经济社会发展重大战略需求，面向世界科学前沿，按照新的体制和模式，经院党组决定，新组建的研究单元之一。2003年3月3日，中科院正式任命了青藏高原研究所的领导班子成员，姚檀栋院士为现任所长，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立。
　　青藏所实行“一所三地”的特殊运作方式，分别在拉萨、北京、昆明设“部”。其中，拉萨部主要负责野外实验研究和支撑系统台站的运行与管理；北京部主要负责建立高水平的研究室和开展室内科研工作，以及提供便利的国际学术交流舞台，吸引国际一流研究人才，组建具有国际水平和创新能力的科研队伍等工作；昆明部主要负责开展极端环境生物种质资源研究和建立种质资源库等工作。
　　2003年10月，院人教局《关于下达2003年事业编制控制数的通知》（人教字〔2003〕43号）中核定了我所拉萨部及北京部的创新岗位编制数。随后，批复了青藏所《关于上报创新人员编制组成的报告》。在人员编制组成之中，管理人员10人，占编制总数的14%（拉萨部和北京部各占7%，主要是考虑到青藏所两地办公的特殊性）；8人为技术支撑系统人员；剩余62人为科研技术人员。其中，高级科研人员为50人，20人为研究员，30人为副研究员（包括昆明部），剩余12人为助理研究员等中初级人员。为搭建一支与国际化研究机构相适应的队伍，研究所本着“立足高原，研究高原”的宗旨，在人员招聘中，始终坚持“高标准、严要求，宁缺勿滥”的原则，组建了管理队伍，并招聘了第一批研究员、副研究员来所工作。2004年，计划招生18位博士生、12位硕士生。并已经完成了博士、硕士点的申报工作。
　　2003年12月31日，中国科学院发了科发人教字〔2003〕374号文件《关于成立中国科学院青藏高原研究所等四个单位的通知》文件，确定青藏高原研究所的研究方向是：围绕青藏高原隆升过程及其对亚洲和北半球气候环境影响这一核心科学问题，研究青藏高原地球动力、地表过程与环境变化和极端环境下生物的生态适应性及生物遗传资源等若干领域的国际前沿科学问题，做出独创性的、有重大国际影响的新成果，为适应和改善东亚地区人类生存环境服务。青藏高原研究所的主要任务是：受中国科学院委托，站在国家青藏高原研究重大科学问题需求的高度，组织围绕青藏高原研究的综合项目和计划，协调有关青藏高原研究的长期科研活动，有意识地促进各部门（单位）间优势力量的联合。调动国内外积极因素，充分利用现有资源，有力地推动青藏高原科学研究的发展。在支撑平台方面，加强数据采集平台建设，加强有特色、高水平的实验室建设，组建一支具有国际水平和创新能力的科研队伍，将青藏高原研究所建设成为开放型的、组织管理与国际接轨的国际一流水平的研究机构，逐步成为国际青藏高原研究的中心。科学目标是：通过第一手原始数据和国际前沿的研究手段，在青藏高原岩石圈结构与演化、青藏高原环境演变与全球变化、青藏高原地表与大气过程、生物遗传资源等方面形成原创性的具有重大国际影响的研究成果，持续产出有重要影响的研究论文，形成国际一流的科研团队，建成国际青藏高原研究中心。研究所还进一步明确了近期的主要科研任务；论证了全球变化与地球动力学野外监测平台建设实施计划；持续在前沿领域研究和综合研究方面取得重大进展。根据院《改进和完善各项人才计划的实施意见》文件要求及我所研究方向战略部署，研究所组建了环境变化与地球动力学等科学家小组，实现学科交叉，进行团队作战，促进成果产出。
　　建所以来，我所获得了院重要方向项目“青藏高原全新世以来的环境变化与生态系统关系研究”、“青藏高原北部陆内俯冲与造山作用”等重大项目，同时，获得了国家自然科学基金委、中科院院长基金的资助，获准5位“百人计划”名额。目前，研究所积极组织继续申请973、杰出青年基金、自然科学基金等项目，通过各种渠道争取院外经费的支持。学术会议方面，我所成功承办了“全国人大副委员长、中科院院长路甬祥一行西藏考察活动”和“青藏高原综合科学考察研究30年”“第四届青藏高原国际学术研讨会”等学术活动，树立了研究所开展青藏高原研究学术活动的地位。我所的一大核心问题是野外台站和实验室建设工作。青藏高原野外台站将是青藏所最大的亮点之一。姚檀栋所长强调：青藏高原的研究必须是建立在“三高”的基础上，即大量高精度数据的观测、高分辨率信息的提取和高水平成果的产出。青藏高原野外台站网的布局以地球物理与地质、高分辨率记录与现代过程、高原大气三方面的观测台站为基础，在青藏高原建成北、南、中、东、西五个基本观测基地。
　　青藏高原研究所自成立以来，坚定不移地贯彻执行院制定的办所方针，加强国际合作与交流。并在以下几方面取得了重要进展：
　　一、根据院长办公会议精神指示，瞄准国际化研究所的办所思路，积极、稳妥地进行学术合作副所长（Academic Co-Director）遴选工作，分别与美国、欧盟、日本等国家相关领域知名专家达成了共识。
　　二、路院长在德国进行高层互访时指示：在一开始便应该举行国际研讨会，使之更加国际化。研究所积极策划、举办由院与西藏自治区政府联合主办的“第四届青藏高原国际学术研讨会。”
　　三、推动“2＋2”方案，加快国际化研究所建设进程。即：德国马普学会（MPG）联系的科研机构的研究力量和德意志研究联合会（DFG）联系的大学为主的研究力量，与中国科学院（CAS）下属研究机构的研究力量和国家自然科学基金委员会（NSFC）联系的大学和其它部门的研究力量，通过国际合作项目的带动，实现国际团队的高水平研究。
　　四、完成了与美国、日本等国科学家多个国际合作研究项目的论证，并签署了科技合作协议。