中国科学院上海生物工程研究中心，原名中国科学院上海生物工程实验基地筹备处，成立于1983年8月1日，为“七五”国家投资建设的大中型项目之一。1986年5月24日动工新建，1991年11月28日建成验收（核定总投资为6417.4万元，建筑总面积30382平方米，整个基地占地面积为80.1亩），国家验收后的基地即改用现名。
　　上海生物工程研究中心是中国科学院上海生命科学研究院内一个高新技术研究基地型科研单位，根据我国国民经济和生物技术的发展，生物医药产业市场的需要，确定以基因资源与基因组工程、基因调控和基因工程、蛋白质功能和蛋白质工程、微生物代谢和代谢工程、生化工程为重点发展领域，开展生物技术的应用基础研究和高技术创新研究，坚持以生物技术创新为主导，以生物技术与工程的研究开发为核心，以强化转化、服务与孵化功能，推动生物技术产业化为重要目标，积极从事生物高技术的研究、中试、开发工作。中国科学院上海生物工程研究中心的目标是创造一流的生物技术成果，培养一流的生物技术人才，成为充满活力具有国际水平的国家级生物工程研究中心。上海生物工程研究中心是一个研究基地型科研单位，他根据中央和中国科学院关于知识创新工程的要求及我国国民经济和生物技术的发展，生物医药产业市场的需要，坚持以生物技术创新为主导，以生物技术与工程的研究开发为核心，以推动生物技术产业化为重要目标，积极从事生物高技术的研究、中试、开发工作。
　　中心现有职工204人，其中科技人员115人：中国工程院院士1人，研究员7人，副研究员、高级工程师22人，中级科技人员57人，初级科技人员28人。