1950年5月，在前中央研究院化学所和前北平研究院化学所与药物所合并的基础上成立了中国科学院有机化学研究所。1952年中科院生理生化研究所的有机化学组调入；1953年药物研究室调出，组建药物研究所；1956年高分子化学组和物理组调迁北京，参建中科院化学所。1970年易名为中国科学院上海有机化学研究所。1991年建立了生命有机国家级重点实验室；1989年建立了中国科学院金属有机化学开放实验室，2002年升级为金属有机化学国家重点实验室；1989年与中国科学院北京化冶所联合建立了中国科学院计算机化学开放实验室。1993年2月成立上海有机高科技发展公司；1994年建立了分析测试中心。1995年3月与上海三维制药公司联合成立了三维药物研究中心。1995年9月与英国联合利华公司合作建立了联合利华研究室。1998年与香港大学、香港中文大学等联合组建了沪港化学合成实验室。
　　1958年建立了实验工厂，1985年实验工厂改名为开发公司，1998年又改称为上海中科合臣化学公司。1997年在开发公司中又成立了有机新材料中试基地，1998年建立了工程研究中心。2000年中科合臣化学公司投资组建了中科合臣股份有限公司，目前正在积极争取上市。
　　现有职工近六百人，先后拥有12位中国科学院院士，目前健在的有8位；有近百位高级科技人员，在学研究生323人，博士后28人。