中国科学院上海交叉学科研究中心（以下简称“交叉学科研究中心”），于2001年11月由中国科学院正式批准组建，是中科院知识创新工程试点全面推进阶段首批启动新建的非法人研究单元之一。其目标是建设成面向国内外、具有国际先进水平的、围绕生命科学的多学科交叉的前瞻性和战略性理论研究场所，成为培养我国具有多学科视野领衔式学术带头人的摇篮。
　　科学家们不仅有责任致力于现阶段的科学研究，更重要的是必须为适应未来经济和社会发展需要的科学研究提出新的假设或概念，促进超前思想引导下的科学探索。这种超前思想来自于不同学科和不同研究领域科学家之间的共同探讨和思想碰撞。为此，国际学术界总是有意识地组织多学科交叉的前瞻性和战略性研究，促使超前思想的产生，从而带动一批新的交叉学科前沿领域和方向的诞生和发展，为实现科学理论和技术手段的新突破奠定基础。美国普林斯顿大学的高级研究所（Institute for Advanced Study，Princeton）是最早建立的这类研究机构。德国、荷兰、瑞典等也有这样的研究机构。
　　面向我国经济和社会发展的需求，为超前探索创造契机和土壤，中国科学院决定建立一个中国的多学科交叉的超前探索研究中心。2000年11月，中国科学院和马普学会共同在上海举行“交叉学科研究机构论证会”，就在上海建立一个交叉学科研究机构达成了初步意向。中国科学院路甬祥院长、德国大众基金会秘书长Wilhelm Krull博士与国内外著名专家参加了会议。2001年5月，中国科学院陈竺副院长率团赴德国柏林出席了筹备委员会会议，会议确定了交叉学科研究机构的基本组织框架和运行模式。
　　2002年3月，交叉学科研究中心正式成立。该中心挂靠中科院上海生命科学研究院，实行理事会领导下的主任负责制，设立学术委员会作为理事会的高级学术咨询机构。中心已聘任原德国马普学会生物与医学部主任、马普发育生物学研究所所长、著名发育生物学家乌里·施瓦茨教授为首任主任，旅美华裔科学家饶毅教授为副主任。
　　交叉学科研究中心主要围绕生命科学的多学科交叉的前瞻性和战略性理论研究，涉及的主要学科包括生命科学和非生命科学，如数学、物理、化学、信息科学等。该中心的主要作用是：通过研讨形成发展战略报告，供国家、地方和中国科学院有关科技规划部门参考；通过研讨形成前瞻性创新研究项目建议，供部署新的学科生长点或布局时参考；通过中心客座研究人员及院内外有关科学家的交流和共同探索，促进国内外和中国科学院内外多学科联合与协作；培养具有多学科视野的领衔式学术带头人，为多学科交叉人才的引进奠定基础；培养青年科学家的创新思维。
　　交叉学科研究中心已成功举办了五次交叉学科科学家“圆桌会议”，会议主题分别为“对认知科学的认识”、“中国古代的高科技”、“传染病生物学的探讨及展望”、“作为工程师和指导者的自然”以及“自然生态学”。来自中国、德国、瑞士、韩国、美国等国家和地区，生命科学、心理学、哲学、医学等多个学科领域的知名专家参加了会议。