中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构。1950年，中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处；1969年撤消，全部业务交江苏省科技主管部门管理。1978年11月，经批准建立中国科学院南京分院。
　　南京分院现下辖八家事业、企业单位：被誉为中国现代天文学摇篮的紫金山天文台，世界三大古生物研究中心的南京地质古生物研究所，研究实力雄厚、分支学科齐全的南京土壤研究所，我国唯一一家以湖泊----流域系统为研究对象的南京地理与湖泊研究所，承担着世界上大视场兼大口径之最、光谱获取率最高的天文望远镜工程的国家天文台南京天文光学技术研究所，国家纳米研究排头兵的苏州纳米所以及我国最大的天文仪器研制基地----南京中科天文仪器有限公司。另外还有江苏省中科院植物研究所。经过多年的努力，这些研究机构已在20多个学科领域、30多个专业形成了综合研究开发优势，在多个研究领域取得突出成绩
　　截止2006年底，南京分院系统共有人员2456人，其中在岗职工1217人，其中两院院士12人，科技人员780人，具有高级职称的科技人员438人，国家杰出青年基金获得者21人次，中科院“百人计划”入选者17人次，国家百千万工程入选者10人次。
　　2006年南京分院进一步深化院地合作工作，与江苏省及有关市共建了中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所和三个应用技术研发与产业化中心；与南京江宁滨江经济开发区签订了产学研合作协议；组织中科院12个研究所参加’2006江苏生物产业发展高层论坛；组织院内21个研究所、30多位专家学者携带500多项科技成果参加了8月在南京举办的“2006国家'863’计划'十·五’科技成果展示洽谈会”；据统计2006年度中科院在江苏、江西合作的691个项目为地方新增销售额99亿元，新增利税17、8亿元，社会效益53亿元。
　　南京分院积极争取地方科技资源，使中科院近百个项目与江苏企业签订合作协议；争取江苏省重大成果转化专项资金，中科院8个重大产业化项目获得了一亿多元资助；2006年南京分院系统单位共申请到219项科研课题，科研合同经费额近3亿元，获得国家自然科学奖二等奖1项、国家科技进步奖二等奖2项，省部级科技奖6项、其中一等奖1项。
　　南京分院系统各单位现编辑出版相关学术刊物十多个，其中两个刊物已进入SCI源刊行列。英文刊《Chinese Astronomy and Astrophysics》（CAA）， CAA已进入SCIE,《PEDOSPHERE》作为我国土壤科学唯一的一份英文学术期刊已被收录为SCI源刊。南京分院系统有现代古生物学和地层学、土壤与农业可持续发展两个国家重点实验室以及中科院射电天文、湖泊沉积与环境两个中科院重点实验室和中科院空间和碎片观测研究中心。
　　2006年南京分院组织力量，积极参与江苏省加强公民科学素质建设行动计划的组织领导工作，组织参加全国第六届科技活动周暨江苏省第十八届科普宣传周活动。
　　南京分院高度重视和加强人才工作与研究生培养工作，设立南京分院研究生“伍宜孙奖学金”，举行首次颁奖仪式，表彰奖励15位在读研究生。