首都儿科研究所前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以研究儿童保健、儿科疾病为重点，兼有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。1983年归属北京市卫生局并在中国医学科学院肿瘤医院旧址上组建附属儿童医院，1986年附属儿童医院正式开院。全所现有员工830余人，其中专业技术人员占87%，高级专业技术职务110余人。所内有国家级和市级突出贡献专家6人。研究所和附属儿童医院地处朝阳区雅宝路2号，占地面28815平方米，建筑面积50649平方米。90年代以来，首都儿科研究所先后8次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖。8次获得“首都文明单位”称号。
　　附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、北京高等医学专科学校教学医院、规范化服务达标医院。
　　医院编制床位300张，设有内科、外科、急诊科、保健科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、中医科、皮肤科等临床科室，并根据儿童发病特点开设了呼吸、神经、心血管、新生儿、血液、消化内科，新生儿外科、普外、泌尿外科，生长发育、营养、智力测查等20多个专业，及哮喘、血管瘤等6个专病门诊。
　　为满足不同层次患者的需求，医院还建有特需门诊、A 级病房及计算机远程医疗咨询会诊中心。医院拥有CT、彩超、动态心电、脑电图系统、诱发电位、自动生化分析仪等各种先进的检查、诊断设备。专家门诊应诊专家80余人，其中特级专家12人。医院平均年门诊量70余万人次，年住院病人6000余人次。
　　2002年初，在北京市政府、市卫生局及社会各界的关心支持下，附属儿童医院11000平方米的新门诊楼落成，新门诊楼的建设颇具现代儿童医院特点，突出“以人为本”的新理念，为小患者营造了温馨、舒适、便利的就诊环境和就医条件。