中国科学院生物物理研究所创建于1958年，是国家生命科学基础研究所。其前身是1957年建立的北京实验生物学研究所。该所拥有一支高水平的创新队伍。现有科技人员316人，其中进入知识创新工程196人，包括中国科学院院士11人、第三世界科学院院士5人、研究员68人、副研究员32人。该所是国家首批批准的博士和硕士学位授予单位、博士后流动站建站单位和自行增列博士生导师单位。设有生物化学与分子生物学、生物物理学两个学科专业博士、硕士学位授予点。现有在学博士研究生（含硕博连读研究生）406人，在站博士后14人，访问学者110人。
　　2005年，该所集中优势、超前部署，形成了“两大学科领域、五大战略重点”的学科布局。其中，蛋白质科学研究领域将实施“蛋白质复合体100”计划，部署蛋白质复合体结构、感染与免疫识别和蛋白质网络调控三大战略重点；脑与认知科学研究领域将实施“感知觉与认知的分子细胞基础”研究计划，部署感知觉与认知的物质基础、蛋白质结构异常与认知功能障碍两大战略重点。国家依托该所设置了“生物大分子国家重点实验室”和“脑与认知科学国家重点实验室”。生物大分子国家重点实验室以其历次评估均为优秀、两次评为先进集体并获金牛奖的优异成绩，被科技部批准免于参加2006年评估并视为“优秀”。该所正以该室为基础筹建“蛋白质科学国家实验室”。该所还建立了结构与分子生物学研究中心、计算与系统生物学研究中心、脑与认知科学研究中心、感染与免疫学研究中心和交叉科学研究中心。成立了感染与免疫学、蛋白质与多肽药物两个所级重点实验室。该所牵头申报的蛋白质科学研究设施被国家发改委列入“十一五”重点建设的国家重大科技基础设施建设项目。
　　2005年，该所知识创新工程取得了良好进展和成效：
　　—— 全面实现了创新二期科技创新和改革目标，制定了目标高远的中长期科技战略规划，提出了切实可行创新三期方案，以优异的成绩通过了中国科学院对该所进入创新三期的考核评估。形成了由中国科学院院士领衔，“百人计划”、“国家杰出青年基金”等优秀中青年人才为基础的高水平创新队伍。该所已引进和自主培养优秀人才49名，其中，入选中国科学院“百人计划”及同等水平的优秀人才24名。王志珍院士当选第三世界科学院院士，王大成、常文瑞研究员当选为中国科学院院士。该所培养的研究生获各类奖学金的人数连年位居中国科学院京区生物口首位。
　　—— 主持或承担国家、部委、中国科学院和地方各类科研课题121项。其中“973”、“863”和国家科技攻关计划30项，自然科学基金重大重点项目和国家杰出青年基金项目17项，院知识创新工程项目24项，北京市科委重大攻关项目1项。依托我所，由陈霖院士主持的973项目“特征捆绑和不变性知觉的脑认知功能成像”研究获得批准。
　　—— 发表SCI收录论文149篇，影响因子总和575，其中国外SCI收录论文131篇，影响因子总和为564，篇平均影响因子为4.3；影响因子大于10的科研论文6篇，包括Cell 1篇，Nature 1篇，Science 1篇，Nature Structure Biology 1篇，PLOS Biology 1篇，PNAS 1篇；影响因子大于5的科研论文37篇。申请专利14项(其中包括11项发明专利)，申请软件登记5项，授权专利2项(1项发明专利)，授权软件登记2项。获得北京市科学技术奖二等奖1项，“何梁何利基金科学与技术进步奖”1项，中国科学院杰出成就奖1项（已通过专家评审，目前正在公示中）。该所科技产出在数量和质量上继续位居全国生物学研究机构前列。
　　—— 与中国科技大学、解放军302医院、首都医科大学和中国农业大学等多家单位签署了全面合作协议。与四川绵阳市政府合作成立了蛋白质产业中心。与中生北控、百奥药业和中关村科技园联合成立了生物医药孵化器。与江苏省泰州市政府共同创建了生物物理所泰州分所。该所依托自身成果和技术创办的中生北控、百奥药业等高技术企业创造了良好的社会效益和经济效益。这些企业已经发展成为以蛋白质为产品主要原料的包括诊断试剂和治疗药物的生物医药集团公司，拥有国内日产同类产品的最大市场份额。
　　—— 与德国马普学会生物化学研究所、日本东京大学医学科学研究所、日本理化学研究所等签署了科技合作协议或合作意向书。联合承办了中德科学中心“中德细胞膜生物物理和生物化学特性研究双边研讨会”，中国科学院和日本学术振兴会亚洲研讨会，科技部“首届国际生物经济高层论坛”基础生命科学分会。联合主办了“第五届蛋白质科学国际会议”，“中日分子医学北京论坛”。饶子和院士当选国际纯粹与应用生物物理联合会(IUPAB)理事会理事。与美国佐治亚大学建立了结构蛋白质组学联合研究中心，与日本东京大学医学科学研究所联合建立了结构病毒学联合实验室。接待了诺贝尔奖获得者Wüthrich和田中耕一、美国驻华大使Clark T. Randt、泰国公主诗琳通以及30余批科技代表团。
　　生物物理研究所是中国生物物理学会的挂靠单位。编辑出版的《生物化学与生物物理进展》、《生物物理学报》已成为我国自然科学的核心期刊。《生物化学与生物物理进展》是SCI收录的期刊。