教学、成就蜚然，成为学界仰重的国内知名高等学府。 国立山东大学实行“学年学分制”，学制四年，学生毕业授学士学位。学校先后创办有学术刊物《科 学丛刊》、《文史丛刊》、《励学》、《刁斗》等。1937年，“七、七”事变，抗日战争爆发。11月国立山东大学由青岛迁往安徽安庆，不久再迁四川万县。图书、仪器、案卷分批运出，损失严重。1938年春学校在万县复课，不久教育部下令“暂行停办”。师生分别转入国立中央大学，图书、 仪器、机械分别暂交国立中央图书馆、国立中央大学、国立中央工业职业学校保管使用。1946年春，经国民政府教育部批准。国立山东大学在青岛复校，赵太侔再任校长。复校后设文、理、工、农、医五个学院，计有中国文学、历史学、外国文学、数学、物理学、化学、动物学、植物学、地质矿物学、土木工程学、机械工程学、电机工程学、农艺学、园艺学、水产学15个系，医学院不分系，并附设一个大学先修班和高级护士学校。各学院学生修业年限为四年，其中工学院五年，医学院六年，实行分学制和必修制、选修制。1946年10月25日举行开学典型。知名学者王统照、陆侃如、冯沅君、黄孝纾、丁山、赵纪彬、杨向奎、萧涤非、丁西林、杨肇、童第周、曾呈奎、王普、郭贻诚、王恒守、李先正、刘遵宪、朱树屏、严效复、杨宗翰、郑成坤、李士伟、沈福彭等应聘来校执教。1949年6月2日青岛解放、王哲、罗竹风、高剑秋率领军管小组进校，对学校进行接管整顿，山东大学从此进入新的时期。
　　1945年中共华中局决定，在华中党校基础上，创办华中建设大学。校址设于苏皖边区的旰眙县新埔由华中局宣传部长彭康兼任校长。设民政、财政、文艺三系和一个高干班。首届招生。同年5月4日，正式开学。8月份，首届学生结业，学校迁清江市。1946年初，校长彭康率领部分干部教师和学员北上并入临沂山东大学，华中建设大学校长由李亚农继任，解放区知名人士贺希明、张劲夫、张茜、夏征农、戴白韬、阿英、孙冶芳、范长江、车载、朱维基、黎冰鸿、黄源、陶官云等在校工作和执教。学校拟办成一所正规大学，设工、农、文、医、师范、社会科学等六个学院和预科。1945年8月，山东抗日人民政府在解放区临沂，创办了山东大学（为了区别国立山东大学）称临沂山东大学），由李澄之、田佩之任正副校长。设预科部，招收知识青年，进行思想政治教育。1946年初，华中建设大学校长彭康，率领该校师生400余人北上，并入临沂山东大学。师资力量 得到充实，学校规模有所扩大，设立政治、经济、教育、文艺四系，转入以专业为主的学习，解放区教育界的知名人士何封、薛暮桥、李仲融、王淑明、孙克定、刘力行、胡考、宋日昌、尚钺、宋之的等在校执教。1948年夏，中共华东局决定，以原临沂山东大学渤海地区的部分留守人员为基础，并集中原来的一些教师，会同华中建设大学的部分干部教师，在潍县组建成立华东大学，同年9月4日开学。韦悫任校长，张勃川、李宇超任副校长。济南解放后，于11月迁入济南。迁济后成立文学、社会科学、教育三个学院和一个研究部。另设附属中学。1949年5月，韦悫调任上海

市副市长，彭康接任校长，学校向正规化大学过渡。11月，教育学院划出，后成为山东师范学院。附属中学交济南市领导，改为实验中学。1950年全国教育工作会议后，学校调整为政治、文学、史地、艺术、俄文五系，转入正规化的业务学习。1950年冬奉命迁青岛，1951年在青岛与山东大学合校。华中建设大学、临沂山东大学和华东大学，都是短期训练班式的政治大学，在战火纷飞的年代，为国家培养了近一万名干部，为革命战争和建设作出了积极的贡献。
　　1951年3月，山东大学和华东大学合校，仍名为山东大学。华岗任校长兼校党委书记，童第周、陆侃如为副校长、设文、理、工、农、医五个学院，分中国文学、历史学、外国文学、数学、物理学、化学、动物学、植物学、地质矿物学、水产学、土木工程学、机械工程学、电机工程学、农艺学、园艺学、病虫害学、政治学、艺术学18个系。其中政治和艺术为两个直属系。学校积极贯彻党的教育方针，推进教学改革，大力开展科学研究。1951年创办《文史哲》杂志和《山东大学学报》，开辟了科学园地，促进了学术争鸣。从此山东大学又进入了学术繁荣的新阶段。1952年夏，进行全国高等院校调整。山东大学根据中央教委部关于高等学校院系调整的方案，调整出去的院系有：（一）政治系，迁至济南，组成山东政治学校，现为中共山东省委党校。（二）艺术系戏剧组，迁至上海，与上海戏剧专科学校合并，组建成中央戏剧学院华东分院，现 为上海戏剧学院。（三）艺术系音乐、美术两组，迁至无锡，与上海美术专科学校、苏州美术专科学校合并，组建 成华东艺术专科学校，现为南京艺术学院。（四）工学院和土木系，和原山东工学院的土木、纺织系合并，组建成青岛工学院，后又迁至武汉与有关系科合并，成立武汉测绘学院，现为武汉测绘科学大学。（五）工学院的机械、电机两系，迁至济南，与原山东大学合并，组建成新的山东工学院，即后来的山东工业大学。（六）农学院的农艺、园艺、植物病虫害学三系，迁至济南，与原山东农学院合并，组建成新的 山东农学院，现为山东农业大学。（七）医学院1956年独立，扩建为青岛医学院。（八）理学院的地矿系迁至长春，与有关院校系科合并，组建成长春地质学院。（九）1954年教育部拟改变高等学校的布局，指令由山东大学负责，在郑州筹建一所新的大学， 由山东大学支援师资，即现今的郑州大学。（十）在迁校济南时，留在青岛的系科，独立建院后，发展成为后来的中国海洋大学。山东大学在院系调整中，分出的系科和其他院校组建了十所高等院校，取消了院一级组织，留有 中文、历史、外文、数学、物理、化学、生物、水产八个系，增设海洋学系，建立文学历史和海洋物 理两个研究所，成为教育部直属的以文、理为主的综合大学。中文、历史两专业开始招收研究生，还接收朝鲜、越南、苏联等国的留学生，学校的影响扩及国外。1955年华岗受诬陷去职，稍后童第周调中国科学院工作。1956年7月山东省副省长晁哲甫出任校长兼党委书记。1957年外文系师生进入上海外国语学院，外文系撤销。1958年夏晁哲甫奉调回省，国务院任命成仿吾为校长兼校党委书记。1958年7月，山东大学归由山东省领导，同年10月奉命迁校济南。文科的中文、历史两系和理科 数学、物理、化学、生物四系搬迁济南，海洋、水产和正筹建的地矿三系留在青岛（后独立为山东海 洋学院）。这期间根据科学发展和国家建设事业的需要。于1959年秋恢复了外文系，1960年重设政治系，建成原子能系和电子系，学校由迁济时的6个系10个专业，增至政治、中文、历史、外文、数学、物理、化学、生物学、原子能（后学生并入复旦大学，该系撤销）、电子10个系。建立了中国古典文学、中国现代文学、美国文学、中国古代史、微分方程（控制论）、磁学、晶体、微生物九个校属研究室。有八个专业接受培养研究生。设有三个专业业余大学，六个专业函授班，并招收函授研究生，在校业余和函授生达到4000人。同时，恢复了外国留学生培养工作。学校迁济后，从1959年开始兴建新校舍，到1966年“文革”前七年，共建成文史、化学两栋教学校，6栋学生宿舍楼，三个食堂，13栋教工宿舍楼和部分辅助用房，总面积五万平方米。全校九个系分住两地，校部机关和外文、物理、电子、生物四系仍住原处，称老校；政治、中文、历史、 数学、化学五系迁新校舍，称新校。1961年学校复归中央教育部领导，学校在文史见长的优势中，向社会科学领域开拓；在理科的扬长避短中，突出数学、磁学、晶体、微生物的六十年代新特色，为学校以后的发展打下了良好的基础。1966年开始了“文化大革命”。6月殃及山东大学校园，全校机构随之瘫痪。1967年后，校内山头林立，学校的一派组织夺权后，把校名改为“鲁迅大学”